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万見
- PDB-6civ: Lactam cyclised mimetic of a fragment of p21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6civ
タイトルLactam cyclised mimetic of a fragment of p21
要素p21
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PIP-box motif / p21 / constrained / peptidomimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of phosphorylation / intestinal epithelial cell maturation / tissue regeneration / PCNA-p21 complex ...: / cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of phosphorylation / intestinal epithelial cell maturation / tissue regeneration / PCNA-p21 complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / import into nucleus / Transcriptional regulation by RUNX2 / negative regulation of DNA biosynthetic process / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to arsenic-containing substance / oncogene-induced cell senescence / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / positive regulation of programmed cell death / AKT phosphorylates targets in the cytosol / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / stress-induced premature senescence / response to corticosterone / molecular function inhibitor activity / cellular response to UV-B / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to aldosterone / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / protein kinase inhibitor activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / keratinocyte proliferation / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / positive regulation of protein kinase activity / response to hyperoxia / animal organ regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / keratinocyte differentiation / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of B cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / cyclin binding / molecular function activator activity / positive regulation of DNA replication / cellular response to ionizing radiation / wound healing / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / response to toxic substance / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cyclin D associated events in G1 / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / cellular senescence / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Neddylation / cellular response to heat / heart development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / fibroblast proliferation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / regulation of cell cycle / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wegener, K.L.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Rational Design of a 310-Helical PIP-Box Mimetic Targeting PCNA, the Human Sliding Clamp.
著者: Wegener, K.L. / McGrath, A.E. / Dixon, N.E. / Oakley, A.J. / Scanlon, D.B. / Abell, A.D. / Bruning, J.B.
履歴
登録2018年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: p21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8011
ポリマ－1,8011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2120 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド p21


分子量: 1801.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38936*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D TOCSY
131isotropic12D COSY
141isotropic11D 1H

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.3 mM NA ACR2, 0.1 mM NA DSS, 90% H2O/10% D2O / Label: ACR2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMACR2NA1
0.1 mMDSSNA1
試料状態イオン強度: 0 M / Label: ACR2 / pH: 5.95 / PH err: 0.01 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
AnalysisCCPNchemical shift assignment
AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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