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- PDB-1bh1: STRUCTURAL STUDIES OF D-PRO MELITTIN, NMR, 20 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bh1
タイトルSTRUCTURAL STUDIES OF D-PRO MELITTIN, NMR, 20 STRUCTURES
要素MELITTIN
キーワードTOXIN / HEMOLYTIC POLYPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / molecular function inhibitor activity / porin activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Melittin/ Api allergen / Melittin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Barnham, K.J. / Hewish, D. / Werkmeister, J. / Curtain, C. / Kirkpatrick, A. / Bartone, N. / Liu, S.T. / Norton, R. / Rivett, D.
引用ジャーナル: J.Protein Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and activity of D-Pro14 melittin.
著者: Hewish, D.R. / Barnham, K.J. / Werkmeister, J.A. / Kirkpatrick, A. / Bartone, N. / Liu, S.T. / Norton, R.S. / Curtain, C. / Rivetta, D.E.
履歴
登録1998年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MELITTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8501
ポリマ－2,8501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000LOWEST STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MELITTIN


分子量: 2850.495 Da / 分子数: 1 / 変異: PRO 14 REPLACED WITH D-PRO / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
参照: UniProt: P01501
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
141E-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: METHANOL
試料状態イオン強度: 2mM / pH: 5.2 / 圧: 1 atm / 温度: 277 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
DYANA1.4構造決定
X-PLOR3.8構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: 1000 STRUCTURES WERE INITIALLY GENERATED USING THE DISTANCE GEOMETRY PROGRAM DYANA 1.4. THESE STRUCTURES WERE REFINED USING SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR3.8 WITH THE DISTANCE GEOMETRY FORCE ...詳細: 1000 STRUCTURES WERE INITIALLY GENERATED USING THE DISTANCE GEOMETRY PROGRAM DYANA 1.4. THESE STRUCTURES WERE REFINED USING SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR3.8 WITH THE DISTANCE GEOMETRY FORCE FIELD, THEN ENERGY MINIMIZED USING THE CHARMM FORCE FIELD WITH A DISTANCE-DEPENDENT DILECTRIC. THE 20 BEST STRUCTURES BASED ON THEIR STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES WERE CHOSEN FOR ANALYSIS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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