PDB-2l9a: Solution structure of LAK160-P12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l9a

タイトル

Solution structure of LAK160-P12

要素

LAK160-P12

キーワード

DE NOVO PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / cationic / proline / ampiphatic

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model 2

データ登録者

Vermeer, L.S. / Bui, T.T. / Lan, Y. / Jumagulova, E. / Kozlowska, J. / McIntyre, C. / Drake, A.F. / Mason, J.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The role of proline induced conformational flexibility in determining the antibacterial potency of linear cationic alpha-helical peptides
著者: Vermeer, L.S. / Bui, T.T. / Lan, Y. / Jumagulova, E. / Kozlowska, J. / McIntyre, C. / Drake, A.F. / Mason, J.A.

履歴

登録	2011年2月3日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l9a.cif.gz	85.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l9a.ent.gz	70.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2l9a_validation.pdf.gz	346.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2l9a_full_validation.pdf.gz	387.6 KB	表示
XML形式データ	2l9a_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	2l9a_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/2l9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/2l9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2l96C 2l99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rj1-d 2khf-d 5m9u-d 1wo9-d 1y4e-d 4g4l-3 6ry9-d 2k10-d 1bh1-d 1d9j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 17442

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

X: LAK160-P12

2.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	LAK160-P12 分子量: 2666.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized by solid phase synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: synthetic cationic antimicrobial peptide LAK160-P12

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1mM LAK160-P12; 100mM SDS; 5mM TRIS; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1 mM	LAK160-P12-1	1
100 mM	SDS-2	1
5 mM	TRIS-3	1

試料状態

イオン強度: 100mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Sparky	3.113	Goddard	peak picking
Sparky	3.113	Goddard	chemical shift assignment
CNSSOLVE	1.21	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
Python	2.6.5	Python Software Foundation	データ解析
ProcheckNMR	3.5.4	Laskowski and MacArthur	データ解析
ARIA	2.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	2.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
AQUA	3.2	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	データ解析
TopSpin	3	Bruker Biospin	collection
TopSpin	3	Bruker Biospin	解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Default ARIA refinement in water

NMR constraints

NOE constraints total: 81 / NOE intraresidue total count: 23 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 28 / NOE sequential total count: 30

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 2

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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