PDB-1emz: SOLUTION STRUCTURE OF FRAGMENT (350-370) OF THE TRANSMEMBRANE DOM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1emz

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF FRAGMENT (350-370) OF THE TRANSMEMBRANE DOMAIN OF HEPATITIS C ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1

要素

ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1

キーワード

VIRAL PROTEIN / transmembrane domain / envelope protein E1 / hepatitis C virus

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell lipid droplet / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamic, energy minimization

データ登録者

Op De Beeck, A. / Montserret, R. / Duvet, S. / Cocquerel, L. / Cacan, R. / Barberot, B. / Le Maire, M. / Penin, F. / Dubuisson, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The transmembrane domains of hepatitis C virus envelope glycoproteins E1 and E2 play a major role in heterodimerization.
著者: Op De Beeck, A. / Montserret, R. / Duvet, S. / Cocquerel, L. / Cacan, R. / Barberot, B. / Le Maire, M. / Penin, F. / Dubuisson, J.

履歴

登録	2000年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1emz.cif.gz	13.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1emz.ent.gz	7.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1emz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1ont-d 2mu6-d 1odq-d 6mpn-2 2mag-d 2m3f-d 1f0e-d 6cmh-d 1bts-d 2mua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1

2.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 50	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	ENVELOPE GLYCOPROTEIN E1 分子量: 2237.581 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSMEMBRANE DOMAIN (RESIDUES 350-370) / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide is naturally found in hepatitis C virus. 参照: UniProt: Q9Q3N3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: sodium 2,2 dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS) in the internal nmr reference

-
試料調製

詳細	内容: 4 mM E1(350-370), 50% H2O, 50% D2 trifluoroethanol (v/v) 溶媒系: 50% H2O, 50% D2 trifluoroethanol (v/v)
試料状態	pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	Varian Inc.	collection
X-PLOR	3.1	Brunger A.T.	構造決定
X-PLOR	3.1	Brunger A.T.	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamic, energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structure is based on 337 Noe derived distance constraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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