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- PDB-6cit: Crystal Structure of MVM NS2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cit
タイトルCrystal Structure of MVM NS2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • NS2
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Karyopherin / CRM1 / XPO1 / Exportin-1 / MVM / NES / Nuclear Export
機能・相同性
機能・相同性情報


exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette ...exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / host cell nucleus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Non-structural protein NS2 / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.027 Å
データ登録者Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)International Student Research Fellowship 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP150053, RP170170 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Welch FoundationI-1532 米国
University of Texas Southwestern Medical CenterEndowed Scholars Program 米国
引用ジャーナル: Mol. Biol. Cell / 年: 2018
タイトル: Correlation of CRM1-NES affinity with nuclear export activity.
著者: Fu, S.C. / Fung, H.Y.J. / Cagatay, T. / Baumhardt, J. / Chook, Y.M.
履歴
登録2018年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: NS2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,16413
ポリマ－163,0304
非ポリマー1,1359
水15,619867
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Coelutes in size-exclusion
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area58080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.570, 106.570, 304.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1104-

GOL

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: PGEX-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGex-4T3-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド NS2


分子量: 2290.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Minute virus of mice (マウス微小ウイルス)
遺伝子: NS2 / プラスミド: pMAL-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJZ2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 876分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% PEG3350, 100 MM Bis-Tris, pH 6.4, 200 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.027→50 Å / Num. obs: 114290 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 2.027→2.07 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.327 / Num. unique obs: 5641 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.46 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HB2

4hb2


解像度: 2.027→40.226 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.92
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 2000 1.83 %Random
Rwork0.1881 ---
obs0.1885 109505 95.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.027→40.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10891 0 70 867 11828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50415447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8926928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0273-2.0780.2862800.26824337X-RAY DIFFRACTION55
2.078-2.13410.31251300.24766972X-RAY DIFFRACTION88
2.1341-2.19690.23821450.23217746X-RAY DIFFRACTION98
2.1969-2.26780.24421470.227914X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.34890.24841460.20537877X-RAY DIFFRACTION100
2.3489-2.44290.24761480.20457942X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.55410.22241480.20197950X-RAY DIFFRACTION100
2.5541-2.68870.22521480.19427953X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-2.85710.19891480.19137974X-RAY DIFFRACTION100
2.8571-3.07760.22321490.18958003X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.38720.22061490.188033X-RAY DIFFRACTION100
3.3872-3.8770.2011500.16898084X-RAY DIFFRACTION100
3.877-4.88330.14481530.15218197X-RAY DIFFRACTION100
4.8833-40.23430.23091590.18688523X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1178-0.6757-0.32960.981-0.50940.98720.06950.21140.0483-0.06680.0042-0.4694-0.25570.3441-0.0370.1519-0.07610.07190.3476-0.13890.45319.152648.514533.111
21.5755-0.6582-0.03570.4881-0.24410.31190.03180.0681-0.36460.03290.0313-0.29670.12280.244-0.06760.04430.0312-0.05370.3106-0.13950.50237.972237.116537.3455
32.233-0.6835-0.56483.2828-1.00341.96480.00760.1148-0.3006-0.20190.0717-0.12580.1244-0.1413-0.07470.07660.0161-0.00590.1902-0.09120.2495-3.526938.608436.5626
41.63740.3763-0.8372.8042-2.0183.76650.03910.09970.0853-0.18790.06720.1236-0.0329-0.1509-0.07860.10570.0332-0.02550.1947-0.0720.1612-7.003646.422537.6399
52.81491.1947-0.67887.63991.64351.86160.0191-0.22960.28390.239-0.0214-0.1233-0.45730.06640.00260.1546-0.025-0.00850.2391-0.08440.21751.914354.312443.8548
60.2028-0.09070.03620.3789-0.17610.08120.04550.19380.011-0.17070.1684-0.1996-0.56240.7227-0.13070.5236-0.22570.1670.7201-0.14650.506610.629263.368818.3322
70.6097-0.0328-1.46930.09590.75078.30050.1898-0.02760.2281-0.22320.2113-0.273-0.580.4566-0.39190.9882-0.08840.08860.70960.08890.71542.140982.157351.0931
83.5949-0.7042-0.01995.61630.57753.4533-0.07080.1583-0.24690.03090.0396-0.1212-0.21060.55030.02660.356-0.15080.16940.4669-0.02760.44037.333862.757417.4211
92.21410.47810.52043.4204-1.0520.5903-0.0904-0.02390.32970.1257-0.03220.067-0.58410.41450.15940.6569-0.27160.20150.4157-0.05460.4546.710473.08625.1432
103.05192.43240.18542.76410.41130.2911-0.08560.0250.231-0.2310.05110.0075-0.74450.64490.09290.6391-0.29590.15850.5391-0.03810.4178.355970.541113.2406
110.5133-0.06250.16280.89470.29590.2208-0.0146-0.2603-0.06770.87750.1701-0.82740.33280.29030.07380.16530.1977-0.34750.3066-0.08240.6417.903725.523453.6369
120.8956-0.37640.49751.0014-0.13262.09340.0468-0.00320.0640.03190.0192-0.0114-0.2481-0.2795-0.04980.16280.0410.01210.2821-0.07540.086-26.47954.405148.5088
130.7708-0.31120.20521.10350.15131.73030.1020.00840.2836-0.15620.1495-0.0897-0.703-0.31390.20130.52790.22510.08760.41390.12020.142-33.239762.83529.7357
141.9804-0.6435-0.49551.22540.00910.9714-0.00540.29160.0499-0.23380.1599-0.0699-0.2391-0.0586-0.14910.25750.02220.0670.3039-0.01770.1299-18.510147.8065-1.9797
150.5971-0.68140.64540.9946-1.05431.59490.16050.1062-0.3453-0.13720.06540.2720.1610.0409-0.17390.15730.01830.02290.2261-0.08510.301-8.953717.397414.627
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 158 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 159 through 169 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 83 through 106 )
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid -1 through 268 )
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 77 through 93 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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