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- PDB-6cg8: Structure of C. crescentus GapR-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cg8
タイトルStructure of C. crescentus GapR-DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*A)-3')
  • UPF0335 protein B7Z12_12435
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / GapR / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / UPF0335 protein B7Z12_12435 / UPF0335 protein CCNA_03428
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: A Bacterial Chromosome Structuring Protein Binds Overtwisted DNA to Stimulate Type II Topoisomerases and Enable DNA Replication.
著者: Guo, M.S. / Haakonsen, D.L. / Zeng, W. / Schumacher, M.A. / Laub, M.T.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0335 protein B7Z12_12435
B: UPF0335 protein B7Z12_12435
D: UPF0335 protein B7Z12_12435
E: UPF0335 protein B7Z12_12435
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6756
ポリマ－42,6756
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.913, 35.579, 115.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-104-

HOH

21E-127-

HOH

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要素

#1: タンパク質
UPF0335 protein B7Z12_12435


分子量: 8993.409 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 13-89 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: B7Z12_12435, CA606_13135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A258D3B4, UniProt: B8H4R9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3364.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 3337.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, CaCl2, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→57.8 Å / Num. obs: 32492 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.299→2.34 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 3035 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.267 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 98

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.299→57.779 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 26.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 2419 7.44 %
Rwork0.249 --
obs0.251 32492 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 59.91 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 197.7 Å2 / Biso mean: 57.27 Å2 / Biso min: 20.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.0362 Å20 Å2-0.6789 Å2
2--16.9343 Å20 Å2
3----7.8981 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.299→57.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 445 0 103 3010
Biso mean---44.88 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.694072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8751219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.299-2.38120.27082400.23493056329695
2.3812-2.47650.29112330.2532801303491
2.4765-2.58930.35062360.25212943317994
2.5893-2.72580.2892400.25683118335897
2.7258-2.89650.29542430.25233063330698
2.8965-3.12020.27522480.27292983323196
3.1202-3.43410.32672360.28922980321694
3.4341-3.9310.26082500.23823133338398
3.931-4.95220.24172370.21272923316094
4.9522-57.79740.26592560.2573073332997
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.9818 Å / Origin y: 6.3674 Å / Origin z: 28.8691 Å
111213212223313233
T0.1741 Å20.0077 Å20.0011 Å2-0.1581 Å2-0.0121 Å2--0.1771 Å2
L0.2302 °20.0938 °20.2132 °2-0.1494 °20.0674 °2--0.2685 °2
S-0.0678 Å °0.0137 Å °-0.007 Å °0.0119 Å °0.0013 Å °-0.0042 Å °0.0057 Å °-0.0387 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA12 - 88
2X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 88
3X-RAY DIFFRACTION1allD12 - 88
4X-RAY DIFFRACTION1allE12 - 89
5X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1allF7 - 17
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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