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- PDB-6cfx: Bosea sp GapR solved in the presence of DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfx
タイトルBosea sp GapR solved in the presence of DNA
要素UPF0335 protein ASE63_04290
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Caulobacter / DNA binding / NAP / DNA twist
機能・相同性GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / PHOSPHATE ION / UPF0335 protein ASE63_04290
機能・相同性情報
生物種Bosea sp. Root381 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: A Bacterial Chromosome Structuring Protein Binds Overtwisted DNA to Stimulate Type II Topoisomerases and Enable DNA Replication.
著者: Guo, M.S. / Haakonsen, D.L. / Zeng, W. / Schumacher, M.A. / Laub, M.T.
履歴
登録2018年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0335 protein ASE63_04290
B: UPF0335 protein ASE63_04290
C: UPF0335 protein ASE63_04290
D: UPF0335 protein ASE63_04290
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3756
ポリマ－36,1854
非ポリマー1902
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
2
A: UPF0335 protein ASE63_04290
B: UPF0335 protein ASE63_04290
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1873
ポリマ－18,0922
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
3
A: UPF0335 protein ASE63_04290
C: UPF0335 protein ASE63_04290
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1873
ポリマ－18,0922
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
4
B: UPF0335 protein ASE63_04290
D: UPF0335 protein ASE63_04290
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1873
ポリマ－18,0922
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
5
C: UPF0335 protein ASE63_04290
D: UPF0335 protein ASE63_04290
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1873
ポリマ－18,0922
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.328, 44.483, 107.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
UPF0335 protein ASE63_04290


分子量: 9046.187 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bosea sp. Root381 (バクテリア) / 遺伝子: ASE63_04290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q9HY32
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate, MES buffer pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50.24 Å / Num. obs: 29676 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1921 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.0105 / Rrim(I) all: 0.0174 / Rsym value: 0.0137 / % possible all: 69.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CG8

6cg8


解像度: 2→50.24 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2010 6.77 %
Rwork0.1985 --
obs0.2001 29676 91.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 51.82 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.75 Å2 / Biso mean: 38.24 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0987 Å20 Å20.6938 Å2
2--7.6529 Å20 Å2
3----4.5541 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 10 341 2748
Biso mean--32.9 42.58 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5043253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.297967
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.07160.29591390.20881921206064
2.0716-2.15450.22381750.19272421259681
2.1545-2.25260.26952020.21562865306795
2.2526-2.37130.22912120.19962874308696
2.3713-2.51990.25992080.1912877308596
2.5199-2.71440.22282170.19822928314597
2.7144-2.98760.2352100.20762912312297
2.9876-3.41980.2172150.19932925314096
3.4198-4.30820.18892090.17462942315197
4.3082-50.25550.21552230.2133001322496
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2251 Å / Origin y: 0.2868 Å / Origin z: 25.4108 Å
111213212223313233
T0.1331 Å2-0.0206 Å2-0.0015 Å2-0.092 Å20.0012 Å2--0.1304 Å2
L0.5276 °2-0.045 °2-0.0718 °2-0.0779 °20.2154 °2--0.6578 °2
S0.0172 Å °-0.1168 Å °0.0006 Å °0.0204 Å °-0.0564 Å °0.0138 Å °0.0029 Å °-0.0044 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 78
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 78
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 78
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 80
5X-RAY DIFFRACTION1allW833 - 834
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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