PDB-6ozz: N terminally deleted GapR crystal structure from C. crescentus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ozz

タイトル

N terminally deleted GapR crystal structure from C. crescentus

要素

UPF0335 protein CC_3319

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding / cell-division

機能・相同性

GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / UPF0335 protein CC_3319

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.304 Å

データ登録者

Tarry, M. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structures of GapR reveal a central channel which could accommodate B-DNA.
著者: Tarry, M.J. / Harmel, C. / Taylor, J.A. / Marczynski, G.T. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2019年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ozz.cif.gz	201.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ozz.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ozz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/6ozz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ozxC 6ozyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ozy-1 6cfx-d 5iw3-1 3fop-3 1h3v-d 3dnk-d 1m46-2 1h3u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0335 protein CC_3319

B: UPF0335 protein CC_3319

C: UPF0335 protein CC_3319

D: UPF0335 protein CC_3319

E: UPF0335 protein CC_3319

F: UPF0335 protein CC_3319

70 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UPF0335 protein CC_3319

B: UPF0335 protein CC_3319

A: UPF0335 protein CC_3319

B: UPF0335 protein CC_3319

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UPF0335 protein CC_3319

D: UPF0335 protein CC_3319

E: UPF0335 protein CC_3319

F: UPF0335 protein CC_3319

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.410, 106.410, 139.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	chain A	A	A	12 - 87	24 - 99
2	GLU	GLU	chain B	B	B	12 - 88	24 - 100
3	GLY	GLY	chain C	C	C	12 - 87	24 - 99
4	ILE	ILE	chain D	D	D	12 - 86	24 - 98
5	GLY	GLY	chain E	E	E	12 - 87	24 - 99
6	ILE	ILE	chain F	F	F	12 - 86	24 - 98

#1: タンパク質	UPF0335 protein CC_3319 分子量: 11673.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C 由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_3319 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A385

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.31 % / 解説: Elongated arrowheads
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 4 % PEG 3350 0.16 M ammonium sulfate 0.6 % 1,2-butanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 9555 / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 49 / CC_1/2: 0.88 / % possible all: 5.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.304→49.703 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 43.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3221	475	4.97 %
R_work	0.2852	-	-
obs	0.2871	9554	76.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 416.6 Å² / B_iso mean: 146.0421 Å² / B_iso min: 21.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.304→49.703 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3661	0	0	0	3661
残基数	-	-	-	-	455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	4892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	630
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.951	1490

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL
1	2	B	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL
1	3	C	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL
1	4	D	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL
1	5	E	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL
1	6	F	2317	X-RAY DIFFRACTION	1.063	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.3039-3.7818	0.4024	57	0.3731	1055	1112	27
3.7818-4.764	0.3688	196	0.3131	3900	4096	99
4.764-49.7086	0.2952	222	0.265	4124	4346	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9166	0.2531	-1.0552	2.4138	3.0106	5.0351	0.0296	0.4541	0.3003	-0.1318	-0.4781	0.039	-1.206	0.523	-0.0321	1.0068	-0.4342	-0.2377	0.9081	0.1093	0.5928	15.3993	16.7049	15.8372
2	7.5135	0.9554	1.3076	4.8005	0.4108	5.6037	-0.2235	0.1535	1.5706	-0.1971	-0.3713	-0.6977	-0.2564	0.2983	0.2744	0.5099	0.1788	-0.0208	0.6014	0.1437	0.9799	20.0699	-13.4247	8.4468
3	3.5066	-0.607	-0.4222	2.6323	0.0927	2.8573	-0.3472	-0.4558	0.2383	0.7909	-0.1463	0.6945	0.2648	-0.3671	-0.091	0.2416	0.0192	0.3656	0.2563	0.3999	0.0805	-4.2155	-6.1753	18.6242
4	1.7739	-0.1663	1.9047	1.1689	1.8199	6.613	0.3654	0.0201	-1.1618	0.1411	0.4989	0.3082	0.8766	1.1642	-0.0923	0.1867	-0.0445	-0.02	0.8459	0.1956	1.2232	19.6619	-2.5618	-2.1897
5	3.2142	-1.1378	2.8685	0.3933	-1.0145	2.5196	-0.657	0.1005	1.4737	-0.1833	0.1469	-1.1608	0.3911	0.1394	-0.063	1.3754	0.3228	-0.5729	2.0669	0.1449	1.4278	59.1381	-17.1204	23.8836
6	6.1543	-0.3493	-0.9946	6.8328	0.2223	6.814	-0.3272	1.5561	1.2384	0.0053	-0.4694	-1.0788	0.2852	0.3368	0.2262	0.2184	-0.014	0.0444	0.905	-0.074	1.0202	37.6604	-22.279	14.6192
7	3.0542	1.7251	1.3662	4.9779	-0.494	4.9581	-0.0896	-0.7126	0.2333	-0.3148	-0.2384	-1.2216	-0.5049	-1.1629	0.5252	1.3604	0.1451	0.2457	0.6734	0.0205	0.6565	28.3214	-36.7507	17.2648
8	3.8325	0.702	3.01	4.9248	1.1794	7.2125	0.2308	-1.6796	0.0875	0.8285	-0.0287	0.3309	0.262	0.6401	-0.2957	0.4911	0.0547	0.2454	1.6563	-0.2768	0.9968	33.6507	-28.6759	42.2631
9	2.3826	1.0318	-2.6633	4.974	1.2247	4.7051	-0.8376	-0.1185	0.7183	1.3982	1.1259	1.399	0.1997	0.2762	-0.612	0.592	0.6131	0.2016	1.3113	0.6158	1.0731	26.2719	-21.1371	13.4734
10	2.0866	-2.0196	1.6058	1.9767	-0.9496	3.3867	0.511	-0.5739	0.0181	-0.5682	0.0443	-0.7338	0.5267	-1.0749	-0.4614	0.7384	-0.0986	-0.3018	1.5375	0.2388	1.3108	53.5986	-22.3186	21.0414
11	0.575	0.0538	-0.0774	1.0272	0.2408	0.1853	-1.0919	0.5652	0.1475	0.5171	0.7245	-2.2587	0.2894	-0.317	0.2052	1.5454	-0.1904	-0.0966	2.8577	-0.5633	1.5801	54.8502	-11.0585	50.3891
12	1.4787	-1.0127	-0.3833	2.0976	-1.2577	5.5435	-0.1598	-0.9428	0.1181	-0.0565	0.3516	0.5123	1.1909	-1.4651	0.8189	0.7593	-0.3204	0.4928	1.6969	-0.41	1.1591	26.4604	-28.1701	39.1169
13	9.436	1.2	-3.9589	3.3552	-1.0097	5.4501	0.41	-1.0274	-0.1266	0.1183	-0.2451	0.4707	-0.3044	-0.5888	1.0273	0.895	0.3043	-0.0063	2.5327	-0.4158	0.6077	46.9414	-18.6795	49.4683
14	0.3501	-1.6377	-0.7538	8.3933	5.8414	9.0763	-0.1759	-0.3086	-0.1113	1.6951	-0.6527	0.372	0.9172	-1.5216	-2.5336	1.1355	-0.0756	-0.1924	3.087	-0.3875	0.7884	62.523	-24.9042	47.1416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 68 )	A	12 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 87 )	A	69 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 12 through 68 )	B	12 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 69 through 88 )	B	69 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 12 through 51 )	C	12 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 52 through 68 )	C	52 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 69 through 87 )	C	69 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 12 through 68 )	D	12 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 69 through 86 )	D	69 - 86
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 12 through 68 )	E	12 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 69 through 87 )	E	69 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 12 through 51 )	F	12 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 52 through 68 )	F	52 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 69 through 86 )	F	69 - 86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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