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Yorodumi- PDB-6cc3: Crystal structure of ykoY-mntP riboswitch chimera bound to cadmium -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cc3 | ||||||
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Title | Crystal structure of ykoY-mntP riboswitch chimera bound to cadmium | ||||||
Components | RNA (101-MER) | ||||||
Keywords | RNA / Riboswitch / yybP-ykoY | ||||||
Function / homology | : / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactococcus lactis (lactic acid bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.698 Å | ||||||
Authors | Bachas, S. / Ferre-D'amare, A.R. | ||||||
Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2018 Title: Convergent Use of Heptacoordination for Cation Selectivity by RNA and Protein Metalloregulators. Authors: Bachas, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cc3.cif.gz | 226.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cc3.ent.gz | 181.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cc3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6cc3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6cc3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6cc3_validation.xml.gz | 9.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6cc3_validation.cif.gz | 12.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/6cc3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6cb3C 6cc1C 4y1iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 32672.500 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Lactococcus lactis (lactic acid bacteria) #2: Chemical | ChemComp-CD / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM Magnesium Formate, 15% PEG 3350, 5mM Cadmium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.99 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.698→50 Å / Num. obs: 19403 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.698→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 / Num. unique obs: 877 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4y1i Resolution: 2.698→46.658 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.698→46.658 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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