[日本語] English
万見
- PDB-6cc3: Crystal structure of ykoY-mntP riboswitch chimera bound to cadmium -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cc3
タイトルCrystal structure of ykoY-mntP riboswitch chimera bound to cadmium
要素RNA (101-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / Riboswitch (リボスイッチ) / yybP-ykoY
機能・相同性: / グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.698 Å
データ登録者Bachas, S. / Ferre-D'amare, A.R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Convergent Use of Heptacoordination for Cation Selectivity by RNA and Protein Metalloregulators.
著者: Bachas, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (101-MER)
B: RNA (101-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,12932
ポリマ－65,3452
非ポリマー2,78430
水81145
1
A: RNA (101-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,25020
ポリマ－32,6731
非ポリマー1,57719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (101-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,87912
ポリマ－32,6731
非ポリマー1,20711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.531, 68.288, 83.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (101-MER)


分子量: 32672.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactococcus lactis (乳酸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Magnesium Formate, 15% PEG 3350, 5mM Cadmium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.698→50 Å / Num. obs: 19403 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.63
反射 シェル解像度: 2.698→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 / Num. unique obs: 877

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4y1i

4y1i


解像度: 2.698→46.658 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1916 9.99 %
Rwork0.1958 --
obs0.2011 19173 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.698→46.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4114 92 45 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5137284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9022323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6983-2.76580.43051260.39731132X-RAY DIFFRACTION91
2.7658-2.84050.40031320.35751179X-RAY DIFFRACTION95
2.8405-2.92410.36241330.29711205X-RAY DIFFRACTION99
2.9241-3.01850.29811360.25361223X-RAY DIFFRACTION99
3.0185-3.12630.28811420.23531267X-RAY DIFFRACTION100
3.1263-3.25150.2561360.21641242X-RAY DIFFRACTION100
3.2515-3.39940.28161350.19761230X-RAY DIFFRACTION99
3.3994-3.57860.2561370.18981232X-RAY DIFFRACTION100
3.5786-3.80270.24611380.181250X-RAY DIFFRACTION99
3.8027-4.09610.22991370.16341228X-RAY DIFFRACTION100
4.0961-4.5080.20511400.15011260X-RAY DIFFRACTION100
4.508-5.15960.19681410.15541266X-RAY DIFFRACTION100
5.1596-6.49780.20311390.17461258X-RAY DIFFRACTION100
6.4978-46.66480.24231440.19211285X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33610.86621.56791.10261.0110.9966-0.08030.01050.0912-0.16140.06790.3246-0.0084-0.25010.05650.3746-0.1573-0.00380.72790.03510.512228.7236-6.779121.8418
25.64312.1439-0.01732.60940.52070.0462-0.0204-0.34250.104-0.1788-0.13590.0157-0.0621-0.23910.13550.3546-0.0914-0.00580.58010.02270.374917.668-20.683925.9236
30.59231.0495-0.10781.80980.55874.4793-0.2310.0444-0.1374-0.1979-0.00640.29470.1259-0.17850.17520.3021-0.0120.00390.5591-0.11670.512342.1062-0.581140.4958
47.11122.0614-1.12172.55831.32665.449-0.17-0.4152-0.2432-0.1395-0.18250.1061-0.0988-0.40670.30710.5935-0.0281-0.28970.48110.10750.75196.5979-4.91127.0502
54.88832.9314-3.84372.0899-2.11595.2424-0.4260.245-0.554-0.56640.05170.22320.4286-0.03350.42620.5731-0.01680.12440.8292-0.05490.662738.5434-26.83937.4112
63.8654-0.2157-1.15865.3849-1.34945.90420.1044-0.425-0.2458-0.2415-0.4184-0.13540.54550.43170.32660.4324-0.07460.08770.7084-0.01850.413255.914-15.686313.4515
75.8601-1.714.53211.9984-3.2817.3791.5317-0.6332-0.73643.06870.8778-0.54921.0558-0.0008-2.01964.92740.20030.17181.39960.23712.64457.1034-43.2827.5869
85.4016-0.1281-0.23425.36710.06332.5375-0.63020.5277-0.2006-1.33250.06060.44940.2718-0.06980.61520.8918-0.0770.03470.9223-0.23880.642445.3134-23.3017-4.1872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:71)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 72:91)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 92:102)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 3:28)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 29:74)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 82:85)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 86:101)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る