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- PDB-6cb3: Crystal structure of the L.Lactis YkoY riboswitch bound to cadmium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cb3
タイトルCrystal structure of the L.Lactis YkoY riboswitch bound to cadmium
要素RNA (99-MER)
キーワードRNA / Riboswitch / Cadmium / yybP-ykoY
機能・相同性: / : / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.891 Å
データ登録者Bachas, S. / Ferre-D'amare, A.R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Convergent Use of Heptacoordination for Cation Selectivity by RNA and Protein Metalloregulators.
著者: Bachas, S.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (99-MER)
B: RNA (99-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,54861
ポリマ－65,2992
非ポリマー7,24959
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.141, 73.141, 117.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 RNA (99-MER)


分子量: 32649.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactococcus lactis (乳酸菌)

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非ポリマー , 5種, 402分子

#2: 化合物...
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40 mM Sodium Cacodylate pH 7.0, 80 mM NaCl, 20 mM BaCl2, 5 mM CdCl2, 12 mM spermine hydrochloride, 12% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 56296 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 57.98
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4y1i

4y1i


解像度: 1.891→43.096 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 4.6 / 位相誤差: 36.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 3133 5.57 %
Rwork0.14 --
obs0.1468 56199 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.891→43.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4244 121 343 4708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6567516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2642398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8918-1.92440.29331650.25722709X-RAY DIFFRACTION94
1.9244-1.95940.25421350.24992606X-RAY DIFFRACTION95
1.9594-1.99710.26971580.24662654X-RAY DIFFRACTION94
1.9971-2.03780.26561610.23522710X-RAY DIFFRACTION94
2.0378-2.08210.27961480.22912624X-RAY DIFFRACTION95
2.0821-2.13060.27891710.21972674X-RAY DIFFRACTION94
2.1306-2.18380.27391790.21962589X-RAY DIFFRACTION94
2.1838-2.24290.22781510.20932640X-RAY DIFFRACTION95
2.2429-2.30890.25922110.20482646X-RAY DIFFRACTION93
2.3089-2.38340.25441540.19412641X-RAY DIFFRACTION94
2.3834-2.46850.26221450.1912668X-RAY DIFFRACTION95
2.4685-2.56740.22271420.18682623X-RAY DIFFRACTION95
2.5674-2.68420.24441550.18462682X-RAY DIFFRACTION95
2.6842-2.82560.22051510.17482688X-RAY DIFFRACTION95
2.8256-3.00260.18841380.15492622X-RAY DIFFRACTION95
3.0026-3.23430.15831330.13582695X-RAY DIFFRACTION95
3.2343-3.55950.15141890.12552615X-RAY DIFFRACTION93
3.5595-4.0740.12591490.10462679X-RAY DIFFRACTION95
4.074-5.13060.12141470.09422651X-RAY DIFFRACTION95
5.1306-36.57730.13931510.09712637X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1671-0.4010.03630.78540.24361.0546-0.05390.05940.00230.00880.00840.0902-0.02-0.23360.03640.1919-0.0259-0.02230.37090.00630.17949.60513.4458-11.1251
20.7491-0.15921.36280.206-0.30692.4423-0.0479-0.0524-0.0036-0.00120.1528-0.0396-0.01030.13-0.1150.25110.0048-0.04480.5336-0.03510.2507-4.70027.6756-19.626
30.7777-0.35490.12850.7892-0.19030.5098-0.0470.0316-0.02370.1427-0.0143-0.0309-0.02260.05850.05790.36910.084-0.00630.25050.04060.209532.9447-10.211326.8477
40.6419-0.21421.12170.1994-0.51182.39350.12520.06070.0090.0163-0.05340.00570.00670.0479-0.06750.33120.0702-0.00050.28060.04460.255144.9612-19.318833.9668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:68 )A3 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 69:100 )A69 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 3:70 )B3 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 71:100 )B71 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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