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- PDB-6c7c: Crystal structure of Enoyl-CoA hydratase, EchA3, from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7c
タイトルCrystal structure of Enoyl-CoA hydratase, EchA3, from Mycobacterium ulcerans Agy99
要素Enoyl-CoA hydratase, EchA3
キーワードLYASE / SSGCID / enoyl-CoA hydratase / EchA3 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Enoyl-CoA hydratase, EchA3
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Enoyl-CoA hydratase, EchA3, from Mycobacterium ulcerans Agy99
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase, EchA3
B: Enoyl-CoA hydratase, EchA3
C: Enoyl-CoA hydratase, EchA3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2933
ポリマ－74,2933
非ポリマー00
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.650, 75.520, 82.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-443-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...
21(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...
31(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYILEILE(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA3 - 167 - 20
12METMETASNASN(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA18 - 2422 - 28
13LEULEUASNASN(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA26 - 5430 - 58
14HISHISHISHIS(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA5559
15METMETLEULEU(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA1 - 2315 - 235
16METMETLEULEU(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA1 - 2315 - 235
17METMETLEULEU(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA1 - 2315 - 235
18METMETLEULEU(chain A and (resid 3 through 16 or resid 18...AA1 - 2315 - 235
21GLYGLYASPASP(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 107 - 14
22ASPASPALAALA(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB11 - 1215 - 16
23GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 2307 - 234
24GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 2307 - 234
25GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 2307 - 234
26GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 3 through 10 or (resid 11...BB3 - 2307 - 234
31GLYGLYASPASP(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC3 - 107 - 14
32ASPASPALAALA(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC11 - 1215 - 16
33METMETGLYGLY(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC1 - 2305 - 234
34METMETGLYGLY(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC1 - 2305 - 234
35METMETGLYGLY(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC1 - 2305 - 234
36METMETGLYGLY(chain C and (resid 3 through 10 or (resid 11...CC1 - 2305 - 234

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase, EchA3


分子量: 24764.260 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: echA3, MUL_0713 / プラスミド: MyulA.00829.b.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0PLZ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Qiagen JCSG core 1 screen B2: 20% PEG 8000, 100mM HEPES free acid/NaOH pH 7.5: MyulA.00829.a.A1.PS00793 at 20.8mg/ml: cryo: 20% EG: tray 230568 b2: puck lwt7-11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.665 Å / Num. obs: 41269 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.646 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 14.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.152.860.165627970.9740.289.2
2.15-2.213.3320.147.4929200.9840.16795.9
2.21-2.283.4380.1379.4127330.980.16391.8
2.28-2.353.8030.1319.1727900.9850.15396.7
2.35-2.423.8450.11210.1927420.990.1397.9
2.42-2.513.780.10310.926510.9890.12197.6
2.51-2.63.8090.0911.9325430.9920.10597.4
2.6-2.713.7040.08612.8824490.9910.10198.4
2.71-2.833.7940.07714.3323760.9930.0998.5
2.83-2.973.7660.06915.4423000.9930.08198
2.97-3.133.7680.06217.1221590.9940.07298.2
3.13-3.323.7280.05818.6120470.9930.06798.9
3.32-3.553.6790.05620.2219390.9940.06598.8
3.55-3.833.6680.05321.3618150.9930.06398.2
3.83-4.23.6420.04922.1316660.9940.05799.1
4.2-4.73.7460.04822.9515230.9950.05699.4
4.7-5.423.7270.0522.0713340.9940.05999.5
5.42-6.643.7550.04521.8511410.9960.05399
6.64-9.393.8650.03723.719040.9970.04399.1
9.39-19.6653.7910.03224.664400.9980.03787.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3r6h

3r6h


解像度: 2.1→19.665 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 2028 4.91 %
Rwork0.1743 --
obs0.1767 41262 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.16 Å2 / Biso mean: 29.41 Å2 / Biso min: 10.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→19.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 0 494 5556
Biso mean---33.94 -
残基数----689
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2871X-RAY DIFFRACTION6.332TORSIONAL
12B2871X-RAY DIFFRACTION6.332TORSIONAL
13C2871X-RAY DIFFRACTION6.332TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15250.27261590.20332521268089
2.1525-2.21060.2631430.20662754289796
2.2106-2.27550.32841370.26012630276792
2.2755-2.34890.271380.21592794293297
2.3489-2.43270.24151500.19562809295998
2.4327-2.52990.26351310.19352823295498
2.5299-2.64480.26431490.19232788293798
2.6448-2.78380.25481640.19252848301298
2.7838-2.95770.26041220.19092840296298
2.9577-3.18520.21661290.17782859298898
3.1852-3.50410.21111460.16552845299199
3.5041-4.00740.19381660.15252864303099
4.0074-5.03490.161390.134829193058100
5.0349-19.66620.20021550.150229403095100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03840.00790.38412.0922-0.31510.9757-0.10310.1487-0.0641-0.13990.0202-0.15710.15040.1490.07910.1897-0.00730.05150.1819-0.00120.261524.851-5.726221.1899
25.04422.23220.89981.89331.36251.1876-0.1192-0.3959-0.36750.3669-0.0920.17010.6890.0993-0.13550.50170.0230.19850.06970.01370.391117.0452-23.749327.5311
37.22191.1284-2.63753.0459-0.45423.2751-0.12610.45570.3939-0.2740.1154-0.0588-0.0349-0.11220.03260.3031-0.0595-0.00560.2962-0.02140.200816.7211-11.41566.3787
40.9567-0.33180.52871.81390.31611.1514-0.00920.0450.257-0.19330.0127-0.0927-0.35150.1606-0.00420.2664-0.0920.02040.1779-0.01930.316124.700327.995322.1908
56.9197-4.0519-0.18738.46590.14355.17890.09970.50220.1569-0.2866-0.11520.558-0.6656-0.4595-0.00310.2566-0.015-0.03260.2120.00760.258511.390427.258713.0162
61.1707-0.21-0.22990.46180.01120.4684-0.01590.00360.0043-0.0166-0.00240.025-0.09020.0280.01720.1802-0.0407-0.00330.1609-0.00320.231213.201514.044924.6006
71.9225-1.3001-1.09011.63410.48271.9855-0.0355-0.11680.1228-0.05740.0943-0.34640.10480.4329-0.03040.1503-0.07320.00930.18890.02520.296731.091712.033622.2096
82.7199-4.58021.80738.0641-2.30444.87360.0440.3932-0.6059-0.17420.06851.0683-0.5568-0.4407-0.22610.3292-0.0384-0.03850.32320.02970.292110.96617.34527.3698
92.0832-0.8242-0.07332.4570.59343.46260.0508-0.07760.21330.1909-0.15040.82530.0316-0.28490.07110.1417-0.00170.00680.24520.01970.3721-22.16491.058730.257
100.72040.9628-0.52724.2976-0.14330.6415-0.02660.175-0.0501-0.14690.02840.25440.0449-0.1112-0.00790.1233-0.03730.00530.2478-0.02060.2766-18.6495-3.334124.7797
111.8799-0.0916-0.27092.87020.35161.955-0.25730.1979-0.3309-0.32280.16070.25860.295-0.02980.06910.172-0.06510.02750.2221-0.0260.2824-12.5352-8.718320.0588
121.4822-1.0268-0.58633.1051-0.52320.6308-0.09860.0472-0.2148-0.08050.00190.11540.1005-0.06240.09810.1117-0.0376-0.00510.1613-0.01640.2287-4.5502-3.956827.6336
131.5773-1.89910.20242.70030.17521.6519-0.02020.2253-0.242-0.26740.09060.22040.2444-0.1124-0.05250.2192-0.07820.03550.2392-0.03080.28430.565-10.920215.8354
141.6794-0.8571-1.33011.59780.29991.6068-0.1415-0.1192-0.1418-0.03490.0846-0.02720.04490.12570.06550.1402-0.00240.00220.1965-0.00720.24665.9391-6.931827.7041
152.4878-2.22142.24384.4732-5.82327.8486-0.0312-0.46150.13450.63080.20310.2221-0.5107-0.1647-0.16870.16580.0280.00380.198-0.05380.2564-7.97156.73336.3143
163.91510.7034-1.24542.07881.29055.6588-0.1150.46560.1946-0.20640.09510.32590.2147-0.26950.03860.173-0.0547-0.05580.19490.01780.1568-4.734614.808218.2748
174.14311.5342.21947.65515.98578.64480.09130.5494-0.3734-0.3243-0.0646-0.03460.2607-0.2942-0.00710.2565-0.083-0.00310.4183-0.05220.2123-5.0188-5.61837.905
183.3492.68990.93512.93780.3360.5292-0.00370.2641-0.27750.01720.0499-0.1990.34870.297-0.07820.39340.05640.16340.1954-0.00930.434829.1916-25.951215.5374
191.9388-0.0574-0.13860.9658-0.31883.2448-0.03420.265-0.0929-0.2434-0.0684-0.3564-0.04660.46030.16340.33020.01230.14530.2556-0.00180.301728.5311-16.278612.3523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 101 through 180 )B101 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 181 through 199 )B181 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 200 through 230 )B200 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 63 )C1 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 64 through 90 )C64 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 91 through 180 )C91 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 181 through 209 )C181 - 209
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 210 through 230 )C210 - 230
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 13 through 44 )A13 - 44
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 45 through 90 )A45 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 91 through 129 )A91 - 129
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 130 through 148 )A130 - 148
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 149 through 180 )A149 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 181 through 197 )A181 - 197
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 198 through 209 )A198 - 209
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 210 through 231 )A210 - 231
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 3 through 44 )B3 - 44
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 45 through 100 )B45 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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