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万見
- PDB-6c6k: Structural basis for preferential recognition of cap 0 RNA by a h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6k
タイトルStructural basis for preferential recognition of cap 0 RNA by a human IFIT1-IFIT3 protein complex
要素
  • Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
  • Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
  • RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / innate immunity / Interferon stimulated genes / Host defense / antiviral / self/non-self RNA recognition / pathogen associated molecular patterns / flavivirus / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / cellular response to interferon-alpha / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / negative regulation of protein binding ...intracellular transport of viral protein in host cell / cellular response to type I interferon / cellular response to interferon-alpha / negative regulation of helicase activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / negative regulation of protein binding / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / host cell / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / : / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / : / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 / Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Equine encephalosis virus (ウマ脳症ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Amarasinghe, G.K. / Leung, D.W. / Johnson, B. / Xu, W.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI10497 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109680 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI083019 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103422 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI120943 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109945 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Human IFIT3 Modulates IFIT1 RNA Binding Specificity and Protein Stability.
著者: Johnson, B. / VanBlargan, L.A. / Xu, W. / White, J.P. / Shan, C. / Shi, P.Y. / Zhang, R. / Adhikari, J. / Gross, M.L. / Leung, D.W. / Diamond, M.S. / Amarasinghe, G.K.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
B: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
D: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3
E: RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
F: RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,66310
ポリマ－125,5666
非ポリマー974
水5,819323
1
A: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
E: RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

C: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8566
ポリマ－62,7833
非ポリマー733
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
2
B: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1
F: RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

D: Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8074
ポリマ－62,7833
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.957, 80.484, 88.054
Angle α, β, γ (deg.)79.820, 78.810, 90.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1 / IFIT-1 / Interferon-induced 56 kDa protein / P56


分子量: 54099.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT1, G10P1, IFI56, IFNAI1, ISG56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09914
#2: タンパク質・ペプチド Interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 / IFIT-3


分子量: 4986.707 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 416-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIT3, CIG-49, IFI60, IFIT4, ISG60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14879
#3: RNA鎖 RNA (5'-R((M7G)*P*AP*UP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3696.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Equine encephalosis virus (ウマ脳症ウイルス)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: imidazole, PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→84.96 Å / Num. obs: 41031 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.869 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.592.90.32617620.8670.2190.3941.04975.6
2.59-2.6430.29918490.8940.1930.3571.0284.1
2.64-2.693.10.31219520.8810.2020.3731.02786.4
2.69-2.753.10.28220960.9290.1810.3371.08291.7
2.75-2.813.20.26220380.9310.1680.3130.9892.1
2.81-2.873.30.23720990.9410.1520.2821.01691.4
2.87-2.943.30.20320640.9580.1290.2420.99692.8
2.94-3.023.40.18520490.9570.1160.2190.99390.3
3.02-3.113.30.16219120.9610.1030.1930.9484.8
3.11-3.213.40.13220980.9820.0820.1560.91592.5
3.21-3.333.50.11621290.9810.0720.1370.90895.2
3.33-3.463.60.09721670.9850.060.1140.87595.3
3.46-3.623.60.07820960.9880.0480.0920.79694.3
3.62-3.813.60.06620950.9920.040.0770.7292.8
3.81-4.053.50.05420600.9920.0340.0640.61390
4.05-4.363.60.04720880.9940.0280.0550.53193.3
4.36-4.83.70.04721540.9940.0280.0550.53895.5
4.8-5.493.70.04621300.9930.0280.0540.49894.3
5.49-6.923.60.04520650.990.0280.0530.46491.9
6.92-503.60.05521280.9440.0340.0651.69594.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.37 Å48.07 Å
Translation7.37 Å48.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→84.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 9.603 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 1.3403 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.34 / ESU R Free: 0.317
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1947 5 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1722 37025 85.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.26 Å2 / Biso mean: 40.562 Å2 / Biso min: 1.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0.01 Å20.02 Å2
2--0.03 Å20.01 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→84.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8125 496 4 323 8948
Biso mean--56.31 33.31 -
残基数----1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.93312060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.034318855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93751007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42624.388417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.223151610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4281555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021812
LS精密化 シェル解像度: 2.538→2.604 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 94 -
Rwork0.216 1686 -
all-1780 -
obs--52.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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