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- PDB-6c6b: Co-crystal structure of adenylyl-sulfate kinase from Cryptococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6b
タイトルCo-crystal structure of adenylyl-sulfate kinase from Cryptococcus neoformans bound to ADP
要素Adenylyl-sulfate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Adenylylsulphate kinase / Adenylyl-sulfate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Adenylyl-sulfate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Adenylyl-sulfate kinase bound to ADP
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adenylyl-sulfate kinase
B: Adenylyl-sulfate kinase
C: Adenylyl-sulfate kinase
D: Adenylyl-sulfate kinase
E: Adenylyl-sulfate kinase
F: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,53415
ポリマ－139,7856
非ポリマー2,7499
水7,116395
1
A: Adenylyl-sulfate kinase
B: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6357
ポリマ－46,5952
非ポリマー1,0415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
2
C: Adenylyl-sulfate kinase
F: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4494
ポリマ－46,5952
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
3
D: Adenylyl-sulfate kinase
E: Adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4494
ポリマ－46,5952
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.330, 86.330, 160.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 8 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 8 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 8 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 8 and (name N or name...
51(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...
61(chain F and ((resid 8 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA816
12ASNASNALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA4 - 20312 - 211
13ASNASNALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA4 - 20312 - 211
14ASNASNALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA4 - 20312 - 211
15ASNASNALAALA(chain A and ((resid 8 and (name N or name...AA4 - 20312 - 211
21HISHISHISHIS(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB816
22ALAALAALAALA(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB2 - 20310 - 211
23ALAALAALAALA(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB2 - 20310 - 211
24ALAALAALAALA(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB2 - 20310 - 211
25ALAALAALAALA(chain B and ((resid 8 and (name N or name...BB2 - 20310 - 211
31HISHISHISHIS(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC816
32PHEPHEALAALA(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 20315 - 211
33PHEPHEALAALA(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 20315 - 211
34PHEPHEALAALA(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 20315 - 211
35PHEPHEALAALA(chain C and ((resid 8 and (name N or name...CC7 - 20315 - 211
41HISHISHISHIS(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD816
42HISHISALAALA(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD8 - 20316 - 211
43HISHISALAALA(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD8 - 20316 - 211
44HISHISALAALA(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD8 - 20316 - 211
45HISHISALAALA(chain D and ((resid 8 and (name N or name...DD8 - 20316 - 211
51HISHISGLNGLN(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE8 - 2316 - 31
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE2432
53HISHISPROPRO(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE8 - 20216 - 210
54HISHISPROPRO(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE8 - 20216 - 210
55HISHISPROPRO(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE8 - 20216 - 210
56HISHISPROPRO(chain E and (resid 8:23 or (resid 24 and (name...EE8 - 20216 - 210
61HISHISHISHIS(chain F and ((resid 8 and (name N or name...FF816
62ILEILEALAALA(chain F and ((resid 8 and (name N or name...FF5 - 20313 - 211
63ILEILEALAALA(chain F and ((resid 8 and (name N or name...FF5 - 20313 - 211
64ILEILEALAALA(chain F and ((resid 8 and (name N or name...FF5 - 20313 - 211
65ILEILEALAALA(chain F and ((resid 8 and (name N or name...FF5 - 20313 - 211

-
要素

#1: タンパク質
Adenylyl-sulfate kinase


分子量: 23297.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02202 / プラスミド: CrneC.00830.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VMZ3, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18.6 mg/mL CrneC.00830.a.B1, PS38292 with JCSG+ A8 (0.2 M ammonium formate, 20% w/v PEG3350, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, 5 mM magnesium chloride, ...詳細: 18.6 mg/mL CrneC.00830.a.B1, PS38292 with JCSG+ A8 (0.2 M ammonium formate, 20% w/v PEG3350, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP, tray 295929, puck gmh8-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.662 Å / Num. obs: 90486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.84 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 347491 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.053.8550.5752.2567710.7070.66799.9
2.05-2.113.8630.4392.9765110.7930.5199.9
2.11-2.173.8680.3573.7162970.8410.41599.9
2.17-2.243.8730.2954.5261910.8940.343100
2.24-2.313.860.2176.159920.9430.25299.9
2.31-2.393.8690.1787.4457740.9610.20699.9
2.39-2.483.8720.1478.8755550.9720.17199.9
2.48-2.583.8540.11711.0253500.9820.13699.9
2.58-2.73.850.09613.5151780.9860.11299.9
2.7-2.833.8530.07616.7148930.990.08899.9
2.83-2.983.8250.06419.4447070.9930.07499.9
2.98-3.163.8160.05622.5543820.9940.06599.8
3.16-3.383.8030.04825.3241740.9950.05599.9
3.38-3.653.7930.04228.6138640.9960.04999.9
3.65-43.7870.03830.7735580.9970.04599.9
4-4.473.7910.03632.3432060.9970.04199.9
4.47-5.163.8130.03632.9128440.9970.04199.9
5.16-6.323.8090.03532.4223830.9970.0499.8
6.32-8.943.7990.03433.4818570.9980.0499.8
8.94-30.6623.6630.03433.739990.9970.03998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2499精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B8V

6b8v


解像度: 2→30.662 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1946 2.15 %
Rwork0.2243 --
obs0.2252 90466 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.2 Å2 / Biso mean: 47.9353 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8838 0 174 403 9415
Biso mean--51.07 41.11 -
残基数----1168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97612553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061608
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5555463
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
12B5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
13C5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
14D5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
15E5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
16F5033X-RAY DIFFRACTION4.82TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0001-2.05010.36831180.278464026520
2.0501-2.10550.28451180.256463586476
2.1055-2.16740.30081120.244662866398
2.1674-2.23740.27731470.24463246471
2.2374-2.31730.24891220.228463266448
2.3173-2.41010.27851740.227763336507
2.4101-2.51970.28221640.221762696433
2.5197-2.65250.25191340.223563206454
2.6525-2.81860.25731680.227363076475
2.8186-3.0360.29971390.233163206459
3.036-3.34120.29751430.233763146457
3.3412-3.82390.24251660.221662986464
3.8239-4.81470.26161040.200563796483
4.8147-30.66580.24631370.222262846421
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0362-1.72116.71198.30260.6487.76570.6119-1.77040.14860.1716-0.53480.0160.5694-0.6663-0.04960.3593-0.03080.02870.53750.1830.8966-17.356911.3234-22.3168
23.8621-0.1871.63633.6016-0.18491.93480.1778-0.012-0.2298-0.1833-0.2061-0.43890.41180.050.01910.48360.02050.07050.27230.06970.46545.22498.5196-17.5912
33.74761.6181-0.87922.4576-0.1092.16-0.14160.0055-0.3126-0.01150.25790.0270.12470.182-0.16660.31410.0322-0.01260.2352-0.04320.30834.551520.5637-24.1483
45.6117-0.23041.37684.8781-0.36051.2085-0.1357-0.613-0.40860.3940.1089-0.4205-0.1613-0.08620.03520.61030.13450.00010.38680.04850.36210.05317.5742-11.5652
59.1753-0.4248-4.18681.9185-0.37113.4774-1.1698-0.2905-0.20270.42610.62330.08870.62870.23170.52590.69120.13160.07570.44420.1220.5156-0.35642.9081-10.5269
61.50521.0174-0.89081.6805-0.74132.62460.2342-0.00820.23490.00670.04250.1283-0.4371-0.0802-0.27630.32530.09440.02850.2423-0.03970.217727.7969-11.6577-20.582
71.5629-3.26670.03579.2668-0.3742.395-0.1344-0.0495-0.2508-0.22630.31010.3260.0132-0.1938-0.19010.2336-0.0470.03450.27320.01920.158235.0472-22.4664-24.9657
81.75450.1987-0.49262.5375-1.51852.7502-0.06960.0581-0.0573-0.03530.0690.1531-0.0359-0.0732-0.00920.20260.0599-0.02980.2455-0.0480.163127.9497-22.2539-12.583
91.514-0.1033-1.37751.3427-0.84072.80410.07470.12730.08930.10610.0814-0.044-0.5868-0.3803-0.17950.39970.0577-0.05530.2770.03350.197734.5363-6.08-37.1003
105.8751-5.3175-0.15496.81510.84213.5169-0.0235-0.21440.63770.14220.2332-0.8214-0.21220.3972-0.22030.2512-0.03140.02960.284-0.01330.210643.673-16.8598-32.6238
115.4421-0.6374-2.9173.5241-1.80485.5073-0.19550.1147-0.2275-0.32690.07530.39610.0731-0.26560.10350.2685-0.0164-0.00850.2073-0.02680.14938.5679-15.6501-43.323
123.3534-0.5103-0.21132.82580.8511.77650.07130.0083-0.06850.07260.0839-0.113-0.27970.1078-0.16990.38040.0239-0.03630.24580.01210.129848.6353-5.6775-46.3586
133.4708-1.8534-1.6422.23641.71393.14910.0631-0.3484-0.23130.32350.1321-0.98590.18840.5994-0.19290.302-0.0186-0.11860.5725-0.02310.8318-4.2254-25.8898-22.222
146.0895-0.19710.12541.7312-0.57930.81720.36490.09780.4243-0.1578-0.2457-0.55420.11240.0744-0.0940.2530.0083-0.03730.4680.0240.3631-18.0097-27.035-26.0473
150.773-1.1843-0.15043.13521.41844.72850.29640.19550.17850.36530.1571-0.04260.5165-0.0204-0.41540.2842-0.1168-0.13410.4380.01290.5349-15.0163-28.8828-16.3876
162.8323-0.6752-1.10425.76820.88133.06970.2740.18130.0920.8742-0.2775-0.486-0.1957-0.14-0.01160.433-0.0436-0.11210.36660.03180.4097-11.9963-18.0844-13.1791
173.30650.5035-0.61250.14230.2130.88210.00860.3901-0.893-0.0648-0.0041-1.12810.13040.2959-0.03160.35160.03910.03220.607500.8867-4.3867-36.2844-36.8501
184.40660.6671-2.25443.7098-0.1244.9287-0.16380.7183-0.0647-0.49430.1783-0.43630.2057-0.02420.00270.29390.05920.02820.4911-0.05960.4163-17.069-35.5467-39.4529
196.30740.94140.18090.6382-0.61950.9718-0.09390.855-1.1614-0.36980.3874-0.74030.36990.1293-0.18950.5519-0.01370.29930.8584-0.24631.1233-11.0121-48.1511-47.0867
203.1306-2.00011.81181.9718-0.88851.63190.26880.2634-1.0091-0.0523-0.09490.89670.4272-0.1593-0.15090.5437-0.0656-0.04860.3269-0.08920.6278-9.960512.3037-35.1481
212.3285-0.18070.30532.6745-0.99891.7375-0.09240.1864-0.1862-0.08430.2950.2690.0408-0.1773-0.18870.4094-0.00510.02350.304-0.04190.3828-8.20525.4446-38.738
222.09480.5187-1.15957.2841-0.35990.67160.60310.2506-0.8799-0.5302-0.1080.40940.5837-0.1031-0.50690.7144-0.1787-0.22680.5529-0.14920.7522-17.752611.9252-44.944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 11 through 21 )C11 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 22 through 51 )C22 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 52 through 96 )C52 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 97 through 183 )C97 - 183
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 184 through 203 )C184 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 11 through 51 )A11 - 51
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 52 through 95 )A52 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 96 through 203 )A96 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 11 through 52 )B11 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 53 through 95 )B53 - 95
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 96 through 134 )B96 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 135 through 203 )B135 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 11 through 51 )D11 - 51
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 52 through 95 )D52 - 95
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 96 through 120 )D96 - 120
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 121 through 203 )D121 - 203
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 11 through 64 )E11 - 64
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 65 through 134 )E65 - 134
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 135 through 202 )E135 - 202
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 11 through 51 )F11 - 51
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 52 through 174 )F52 - 174
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 175 through 203 )F175 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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