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- PDB-6c4c: Crystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4c
タイトルCrystal structure of 3-nitropropionate modified isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis with glyoxylate and pyruvate
要素Isocitrate lyase 1
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-NITROPROPANOIC ACID / GLYOXYLIC ACID / PYRUVIC ACID / Isocitrate lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Ray, S. / Murkin, A.S. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1255136 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116957 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Nitro Group as a Masked Electrophile in Covalent Enzyme Inhibition.
著者: Ray, S. / Kreitler, D.F. / Gulick, A.M. / Murkin, A.S.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02022年3月16日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase 1
B: Isocitrate lyase 1
C: Isocitrate lyase 1
D: Isocitrate lyase 1
E: Isocitrate lyase 1
F: Isocitrate lyase 1
G: Isocitrate lyase 1
H: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,72633
ポリマ－391,5558
非ポリマー1,17025
水28,7701597
1
A: Isocitrate lyase 1
B: Isocitrate lyase 1
C: Isocitrate lyase 1
D: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,29616
ポリマ－195,7784
非ポリマー51912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33740 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area49230 Å2
手法PISA
2
E: Isocitrate lyase 1
F: Isocitrate lyase 1
G: Isocitrate lyase 1
H: Isocitrate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,42917
ポリマ－195,7784
非ポリマー65213
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34230 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area49210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.760, 87.130, 152.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Isocitrate lyase 1 / ICL1 / Isocitrase / Isocitratase / Methylisocitrate lyase / MICA


分子量: 48944.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman) (結核菌)
株: ATCC 35801 / TMC 107 / Erdman / 遺伝子: icl1, ERDMAN_0512, Q643_00485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: H8EVV4, isocitrate lyase, methylisocitrate lyase

-
非ポリマー , 5種, 1622分子

#2: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-3NP / 3-NITROPROPANOIC ACID


分子量: 119.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total ...詳細: 50 mM EPPS, 100 mM MgCl2, 17.5%(w/v) PEG4000 (well solution); 10 mg/mL MtICL in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 5 mM MgSO4, 3 mM 3-nitropropionate, and 1 mM DTT (protein solution); 2 uL total drop volume, 1:1 well solution:protein solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射モノクロメーター: 0.97946 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.393 Å / Num. obs: 169258 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 33.86 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rrim(I) all: 0.2316 / Net I/σ(I): 5.86
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 16914 / CC1/2: 0.377 / Rrim(I) all: 1.903 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C4A

6c4a


解像度: 2.2→47.393 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1999 1.18 %
Rwork0.192 167118 -
obs0.1926 169117 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.68 Å2 / Biso mean: 47.5217 Å2 / Biso min: 17.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26436 0 103 1597 28136
Biso mean--39.61 35.68 -
残基数----3421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00327118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49636892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.25816010
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2550.40121380.3424119161205499
2.255-2.3160.33371480.3146119501209899
2.316-2.38410.33581410.2924119421208399
2.3841-2.46110.30791420.2792118921203499
2.4611-2.5490.32881460.2618120281217499
2.549-2.65110.30061410.2406118461198798
2.6511-2.77170.31181390.2359117281186797
2.7717-2.91780.30641410.2233117601190197
2.9178-3.10060.29971450.21391206512210100
3.1006-3.340.2121460.1907120221216899
3.34-3.6760.25381390.1675119581209799
3.676-4.20760.18591400.1413117441188496
4.2076-5.30.16871460.1316121031224999
5.3-47.40370.20661470.1468121641231198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73180.0168-0.07970.8079-0.05351.13150.03270.0121-0.13260.04280.0005-0.03380.14990.0346-0.03590.23630.0062-0.03160.22210.01140.270174.6535-31.5195196.1562
21.1862-0.0196-0.17541.0499-0.19291.96530.01730.1920.0197-0.21740.0630.0945-0.0054-0.0273-0.08450.30360.0135-0.0150.2498-0.01520.276775.7117-29.1304175.1861
30.46090.1046-0.21361.14390.1911.13530.0503-0.05590.0680.0844-0.05050.29990.0324-0.20770.00260.2536-0.01170.010.29420.01880.360653.5047-20.5764201.1131
41.4868-1.4037-1.92046.65832.43488.98780.0763-0.33761.32460.19980.4842-0.4937-0.22550.4691-0.57530.6845-0.06250.19040.3099-0.04660.63478.329221.7802208.5914
50.59950.2506-0.0820.95470.1860.94440.0897-0.11080.26880.2739-0.03270.2049-0.2871-0.1291-0.05580.42570.03370.08830.2784-0.03220.407461.62251.4514212.6612
60.8325-0.6149-0.32392.42271.14451.40480.01760.02480.08630.1802-0.09750.4398-0.0292-0.2490.07680.28790.05060.03890.33630.04970.435348.0924-12.1208197.3638
77.11781.5721-1.81742.9002-0.47292.5473-0.15980.6879-0.4902-0.40110.1455-0.0175-0.1527-0.12080.01650.43980.0156-0.01750.37240.01830.303869.03-8.1548176.0866
89.03723.8419-5.0212.3258-2.85326.04751.02710.18011.8030.2013-0.05910.675-0.90390.0254-0.92880.79010.02140.11330.3490.08020.681377.968516.5052183.5197
90.9687-0.18850.67720.8932-0.20590.9764-0.0307-0.02760.26420.05980.0249-0.0639-0.28330.17780.02030.3466-0.08020.050.3385-0.00230.293192.49521.4224193.882
100.4598-0.5680.01391.27321.49775.5723-0.0773-0.0690.1795-0.23730.1266-0.0373-0.60420.3911-0.06360.3309-0.06990.02160.28060.00790.331589.50171.3227200.53
110.6623-0.4841-0.11951.610.5421.54510.05030.08810.1463-0.14590.022-0.1889-0.24450.364-0.06810.3452-0.07770.03880.36910.02220.294499.8292-7.0001178.7376
120.62050.4763-0.47811.0164-1.20373.20.0717-0.1590.05570.1006-0.0799-0.2501-0.3120.49130.00860.327-0.09040.00150.487-0.02770.4173109.7523-5.813203.8595
136.4432-2.187-1.59681.63780.84281.4913-0.2808-0.89930.05550.50150.17670.0626-0.01220.17180.10020.6703-0.15430.02240.6119-0.08680.411588.61033.4323225.5549
140.83650.2657-0.29210.62940.10581.29040.0278-0.2328-0.17710.1555-0.0378-0.03560.0980.25730.01430.29460.0043-0.02840.34520.05370.279285.6393-26.429217.1266
151.51360.3430.05750.77030.41991.19480.1081-0.42560.15420.3336-0.0809-0.0592-0.19340.1626-0.02790.5425-0.08690.00360.55220.01940.316585.6403-16.3161235.1151
160.46940.3315-0.06850.82910.0770.50760.0088-0.069-0.05360.0451-0.0121-0.2138-0.10720.4005-0.00430.2938-0.0148-0.04830.49340.00230.347105.8854-16.303203.0892
173.07490.85030.9331.855-1.10012.51480.1735-0.3336-0.07730.16450.0424-0.36240.02510.5284-0.250.3710.0688-0.05120.4832-0.06520.386866.971812.2825157.7334
180.7611-0.3238-0.30630.80120.21211.63020.02170.05840.07510.08010.0554-0.0648-0.29490.1221-0.07140.3359-0.01250.03630.2078-0.00170.265147.793223.0477146.9673
190.98780.0147-0.83240.9103-0.04840.8912-0.0071-0.22320.07570.3010.06250.1358-0.09630.1824-0.06170.53520.00910.03170.3181-0.02390.318744.036819.9088169.9429
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231.5639-0.2268-0.67830.27530.82082.2818-0.03230.26630.1787-0.14040.1147-0.0686-0.13480.0906-0.09360.50080.00030.06490.34060.02270.311947.280125.2132120.0931
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294.00890.0405-1.15973.0770.5844.1083-0.02210.0665-0.01860.23380.05410.59080.0912-0.8005-0.07250.3311-0.00080.05960.47040.02160.47839.80564.3948155.2404
301.19930.1343-0.21540.99340.06141.5275-0.15780.1205-0.21390.05670.0650.23380.4247-0.21130.09380.4314-0.03920.08280.2454-0.01250.325229.9331-7.8109148.4773
310.80790.24960.11630.8560.07911.5055-0.0964-0.0804-0.11060.33330.06380.02530.1320.03270.03370.58390.0420.12530.2850.01270.391731.3074-1.1653170.9669
321.3017-0.7101-0.11852.23570.40770.908-0.1187-0.1748-0.29930.35660.01980.23740.4321-0.04580.10940.7668-0.01840.16010.30440.01970.444330.4296-19.536166.4281
331.05320.4584-0.591.35481.03592.9926-0.2573-0.0031-0.5291-0.08640.09290.01090.72080.15640.15630.78210.07570.16120.2790.00740.486449.3281-22.8789140.0659
341.2658-0.54160.38082.7383-2.01052.67210.0160.3073-0.2266-0.5299-0.0780.10190.895-0.18080.06970.705-0.11930.05520.437-0.12320.396733.8965-14.2271122.6378
353.9027-0.4384-0.82461.5739-1.62783.13990.11190.16030.2421-0.0977-0.1534-0.2384-0.02120.3902-0.01480.3844-0.0290.07330.35510.01070.320867.473514.8424128.131
360.31080.48290.10790.6725-0.12911.8112-0.09340.0111-0.1351-0.10690.0088-0.12980.47240.25480.07960.42420.08450.07340.2673-0.02320.320754.0563-3.4897137.6562
370.59260.21420.21631.05010.22461.9236-0.13120.2356-0.2191-0.26320.0181-0.02410.48440.07110.1160.59890.01040.10530.381-0.05240.349453.7514-5.4685115.881
381.2551-0.0007-0.37370.8086-0.39640.6525-0.14710.1607-0.3192-0.1687-0.0343-0.08830.50710.04620.1790.81990.05360.14270.3019-0.07810.479549.418-22.7981139.3775
391.66440.1054-0.41192.05470.67392.3078-0.0947-0.2013-0.27530.481-0.0354-0.00510.72360.37250.08260.54670.10880.00140.3530.04990.328452.6156-6.5507164.2776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 174 )A0 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 325 )A175 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 326 through 427 )A326 - 427
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 19 )B1 - 19
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 20 through 319 )B20 - 319
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 320 through 386 )B320 - 386
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 387 through 427 )B387 - 427
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 19 )C1 - 19
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 20 through 115 )C20 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 116 through 173 )C116 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 174 through 304 )C174 - 304
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 305 through 386 )C305 - 386
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 387 through 427 )C387 - 427
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 173 )D1 - 173
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 174 through 340 )D174 - 340
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 341 through 428 )D341 - 428
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 1 through 46 )E1 - 46
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 47 through 174 )E47 - 174
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 175 through 278 )E175 - 278
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 279 through 304 )E279 - 304
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 305 through 348 )E305 - 348
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 349 through 386 )E349 - 386
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 387 through 428 )E387 - 428
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 46 )F1 - 46
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 47 through 201 )F47 - 201
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 202 through 302 )F202 - 302
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 303 through 386 )F303 - 386
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 387 through 428 )F387 - 428
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 1 through 46 )G1 - 46
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 47 through 174 )G47 - 174
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 175 through 278 )G175 - 278
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 279 through 348 )G279 - 348
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 349 through 386 )G349 - 386
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 387 through 427 )G387 - 427
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 1 through 46 )H1 - 46
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 47 through 173 )H47 - 173
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 174 through 319 )H174 - 319
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 320 through 386 )H320 - 386
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 387 through 428 )H387 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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