[日本語] English
万見
- PDB-6c2f: MBD2 in complex with methylated DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c2f
タイトルMBD2 in complex with methylated DNA
要素
  • (12-mer DNA) x 2
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / methylated dna / dna binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / : / positive regulation of Wnt signaling pathway ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / : / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / heterochromatin / response to mechanical stimulus / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: MBD2 in complex with methylated DNA
著者: Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: 12-mer DNA
C: 12-mer DNA
D: Methyl-CpG-binding domain protein 2
E: 12-mer DNA
F: 12-mer DNA
G: Methyl-CpG-binding domain protein 2
H: 12-mer DNA
I: 12-mer DNA
J: Methyl-CpG-binding domain protein 2
K: 12-mer DNA
L: 12-mer DNA
M: Methyl-CpG-binding domain protein 2
N: 12-mer DNA
O: 12-mer DNA
P: Methyl-CpG-binding domain protein 2
Q: 12-mer DNA
R: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,79229
ポリマ－96,79218
非ポリマー011
水00
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: 12-mer DNA
C: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1325
ポリマ－16,1323
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
2
D: Methyl-CpG-binding domain protein 2
E: 12-mer DNA
F: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1325
ポリマ－16,1323
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7500 Å2
手法PISA
3
G: Methyl-CpG-binding domain protein 2
H: 12-mer DNA
I: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1325
ポリマ－16,1323
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
4
J: Methyl-CpG-binding domain protein 2
K: 12-mer DNA
L: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1325
ポリマ－16,1323
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
5
M: Methyl-CpG-binding domain protein 2
N: 12-mer DNA
O: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1325
ポリマ－16,1323
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
6
P: Methyl-CpG-binding domain protein 2
Q: 12-mer DNA
R: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1324
ポリマ－16,1323
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.510, 40.600, 202.380
Angle α, β, γ (deg.)90.070, 93.110, 119.750
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...
21(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...
31(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...
41(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...
51(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...
61(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...
12chain C
22chain F
32chain I
42chain L
52chain O
62chain R
13chain B
23chain E
33chain H
43chain K
53chain N
63chain Q

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA148 - 1607 - 19
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA16120
131GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA147 - 2156 - 74
141GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA147 - 2156 - 74
151GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA147 - 2156 - 74
161GLYGLYPROPRO(chain A and (resid 148 through 160 or (resid 161...AA147 - 2156 - 74
211LYSLYSMETMET(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD148 - 1507 - 9
221ASPASPASPASP(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD15110
231LYSLYSPROPRO(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD148 - 2157 - 74
241LYSLYSPROPRO(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD148 - 2157 - 74
251LYSLYSPROPRO(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD148 - 2157 - 74
261LYSLYSPROPRO(chain D and (resid 148 through 150 or (resid 151...DD148 - 2157 - 74
311LYSLYSLYSLYS(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG148 - 1607 - 19
321LYSLYSLYSLYS(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG16120
331LYSLYSPROPRO(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG148 - 2157 - 74
341LYSLYSPROPRO(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG148 - 2157 - 74
351LYSLYSPROPRO(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG148 - 2157 - 74
361LYSLYSPROPRO(chain G and (resid 148 through 160 or (resid 161...GG148 - 2157 - 74
411LYSLYSTRPTRP(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ148 - 1597 - 18
421LYSLYSLYSLYS(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ160 - 16119 - 20
431LYSLYSMETMET(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ148 - 2147 - 73
441LYSLYSMETMET(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ148 - 2147 - 73
451LYSLYSMETMET(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ148 - 2147 - 73
461LYSLYSMETMET(chain J and (resid 148 through 159 or (resid 160...JJ148 - 2147 - 73
511LYSLYSARGARG(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM148 - 1497 - 8
521METMETASPASP(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM150 - 1519 - 10
531LYSLYSPROPRO(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM148 - 2157 - 74
541LYSLYSPROPRO(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM148 - 2157 - 74
551LYSLYSPROPRO(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM148 - 2157 - 74
561LYSLYSPROPRO(chain M and (resid 148 through 149 or (resid 150...MM148 - 2157 - 74
611LYSLYSMETMET(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP148 - 1507 - 9
621ASPASPASPASP(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP15110
631LYSLYSPROPRO(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP148 - 2157 - 74
641LYSLYSPROPRO(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP148 - 2157 - 74
651LYSLYSPROPRO(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP148 - 2157 - 74
661LYSLYSPROPRO(chain P and (resid 148 through 150 or (resid 151...PP148 - 2157 - 74
112DGDGDCDCchain CCC1 - 121 - 12
212DGDGDCDCchain FFF1 - 121 - 12
312DGDGDCDCchain III1 - 121 - 12
412DGDGDCDCchain LLL1 - 121 - 12
512DGDGDCDCchain OOO1 - 121 - 12
612DGDGDCDCchain RRR1 - 121 - 12
113DGDGDCDCchain BBB1 - 121 - 12
213DGDGDCDCchain EEE1 - 121 - 12
313DGDGDCDCchain HHH1 - 121 - 12
413DGDGDCDCchain KKK1 - 121 - 12
513DGDGDCDCchain NNN1 - 121 - 12
613DGDGDCDCchain QQQ1 - 121 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8791.171 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: DNA鎖
12-mer DNA


分子量: 3726.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
12-mer DNA


分子量: 3614.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M potassium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→35.1 Å / Num. obs: 36264 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 68.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 198905 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.665.60.962444443860.5910.4481.0611.8100
8.83-35.15.20.03744058530.9980.0180.04138.596.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: early version of PDB entry 6C2E model

6c2e
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.65→35.099 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 30.38
詳細: Note uninterpreted electron density near O-gamma of residue Ser-183 of all chains. refmac was used at intermediate stages of refinement. coot was used for interactive model building. A test ...詳細: Note uninterpreted electron density near O-gamma of residue Ser-183 of all chains. refmac was used at intermediate stages of refinement. coot was used for interactive model building. A test of swapping chains B and C of the hemimethylated DNA duplex revealed that the diffraction data do not clearly distinguish between alternative strand assignments.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 2800 4.68 %selected in space group P622, then expanded to P1.
Rwork0.2115 ---
obs0.213 59837 92.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.24 Å2 / Biso mean: 87.5732 Å2 / Biso min: 54.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→35.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 2922 11 0 5915
Biso mean--92.18 --
残基数----552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3169185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.5783220
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
12D1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
13G1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
14J1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
15M1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
16P1711X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
21C696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
22F696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
23I696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
24L696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
25O696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
26R696X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
31B702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
32E702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
33H702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
34K702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
35N702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
36Q702X-RAY DIFFRACTION8.706TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.69570.34961730.34773064323792
2.6957-2.74470.38251490.35752703285292
2.7447-2.79750.37651360.34512720285692
2.7975-2.85450.36171380.33372932307092
2.8545-2.91660.38741060.32763097320393
2.9166-2.98440.39441190.35162667278692
2.9844-3.0590.29891800.29032944312494
3.059-3.14160.38811000.25932985308594
3.1416-3.2340.26681130.27192674278791
3.234-3.33830.2841870.2662293248072
3.3383-3.45750.27531730.24442455262883
3.4575-3.59580.1716920.2152929302194
3.5958-3.75930.21141080.20472989309794
3.7593-3.95730.30561200.23322956307695
3.9573-4.20480.2409940.19632911300594
4.2048-4.52880.26422170.19333000321795
4.5288-4.98350.21341160.17892891300795
4.9835-5.70190.266770.15973051312896
5.7019-7.17370.19681990.18132885308496
7.1737-35.10240.17752030.16882891309495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.82793.13322.74395.53872.09755.8675-0.14480.50460.63960.1137-0.0051-0.4465-1.1241.44250.01250.83860.05420.05410.62320.14220.7222-33.4287-22.96661.43
21.32440.35370.03642.24060.08614.45630.89120.9309-0.12040.0214-1.35720.28460.4039-0.0137-0.11710.99340.46980.09080.72330.08551.3047-44.8321-31.9483-4.4027
31.9901-1.2848-0.17716.74270.75267.28890.20320.2648-0.60960.3363-0.28420.75770.0549-0.32970.04430.82710.23360.05150.65740.06131.0314-44.7-32.6638-2.9273
45.5937-2.7043-5.07083.82342.08747.34950.13480.37270.2033-0.2956-0.17210.4291-0.6615-1.19620.05681.0598-0.1745-0.07150.7768-0.0330.5825-50.3714-23.6929-132.1096
52.84364.622-0.74828.019-0.32433.0961-0.35630.1374-0.4499-1.32360.2795-0.80520.24490.15640.13091.3825-0.2343-0.06570.8877-0.06591.078-36.8893-28.6073-139.3195
63.30735.9089-0.52728.0446-0.38364.51220.5141-0.6737-0.1490.4033-0.6511-0.9296-0.47480.47980.10511.238-0.20230.05720.7935-0.01330.9392-36.3892-28.3537-137.8735
77.5148-1.91143.04774.7036-1.39356.85570.1831-0.51090.4861-0.234-0.11610.6725-1.2597-1.37740.13930.8662-0.02380.05110.6376-0.15330.6453-56.6947-14.1024-106.2534
83.70550.99030.00093.24450.7936.76730.5243-0.7085-0.48280.4085-1.1231-0.6279-0.04910.16120.03780.918-0.33450.0430.7426-0.07061.1189-45.4762-23.0893-99.9287
92.31852.26870.01816.6845-1.01447.34090.024-0.3534-0.2691-0.7985-0.2291-0.82260.1998-0.02610.02950.9773-0.26020.09530.6921-0.10951.0896-45.5614-23.8586-101.3905
101.1540.19720.27127.037-6.02389.412-0.0686-0.4985-0.2203-0.21040.11720.11131.37830.2506-0.06250.5579-0.1010.00531.3265-0.03110.5107-43.085-33.0763-64.8109
117.78650.9577-0.41610.58670.46534.7575-0.34061.57861.19660.17130.0917-0.0721-0.02490.5770.05580.7536-0.08090.10621.6431-0.14351.113-45.3706-19.0044-71.9543
128.2201-1.65790.00130.437-0.56274.1673-0.5628-2.01741.37830.38910.0750.4408-0.3828-0.06330.12340.7603-0.1275-0.031.619-0.02390.9742-45.8206-18.7161-70.5017
133.32640.40140.89028.12773.92487.2562-0.18860.2292-0.76640.66880.23950.45152.2248-0.4857-0.01040.601-0.09150.08250.83470.07230.6675-47.8165-43.6777-38.9238
143.44950.0591-0.56071.8164-1.22923.2374-0.8701-1.9061.03170.01860.30610.0454-0.5154-0.5079-0.18790.29210.07950.00181.47660.01521.3075-45.8264-29.2489-32.7519
153.13820.38051.22240.8831-0.03362.6847-1.16781.54050.54440.10540.9350.2-0.67330.1855-0.0561-0.26320.2022-0.02271.74580.22081.3491-45.2115-28.9959-34.2238
166.22823.4972-5.51644.9459-2.07096.40610.4311-0.15880.4191-0.0915-0.2122-0.3731-0.75391.0267-0.14281.06810.2333-0.04460.7006-0.04670.6064-28.4253-25.9636-174.5631
171.1028-3.0582-0.55527.44951.32443.6381-0.4160.0813-0.8731.20810.05510.67130.6589-0.0510.09191.2760.2791-0.07530.91940.02041.1603-41.7745-30.8117-167.015
183.5396-5.6245-0.31888.5573-0.35955.17721.00720.97850.0053-1.4333-1.45090.8248-0.5398-0.59720.13461.41820.2724-0.07120.8984-0.14670.954-42.2918-30.6341-168.4836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA147 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD148 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG148 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9chain II1 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10chain JJ148 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11chain KK1 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12chain LL1 - 12
13X-RAY DIFFRACTION13chain MM148 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain NN1 - 12
15X-RAY DIFFRACTION15chain OO1 - 12
16X-RAY DIFFRACTION16chain PP148 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17chain QQ1 - 12
18X-RAY DIFFRACTION18chain RR1 - 12

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る