[日本語] English
万見
- PDB-6w42: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-methyl-2... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w42
タイトルHIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-methyl-2-(2-(thiophen-2-yl)ethynyl)-1-benzofuran-3-yl)acetic acid
要素HIV Integrase catalytic domain
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / HIV Integrase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性IODIDE ION / Chem-SJY
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Gorman, M.A. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HIV Integrase catalytic domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0018
ポリマ－18,0051
非ポリマー9967
水45025
1
A: HIV Integrase catalytic domain
ヘテロ分子

A: HIV Integrase catalytic domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,00316
ポリマ－36,0112
非ポリマー1,99214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.180, 46.180, 139.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 HIV Integrase catalytic domain


分子量: 18005.365 Da / 分子数: 1 / 変異: Q53E,C56S,G124S,A125T,W131E,V151I,F185K,Q209E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: RNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-SJY / 2-[5-methyl-2-(2-thiophen-2-ylethynyl)-1-benzofuran-3-yl]ethanoic acid


分子量: 296.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月24日 / 詳細: AXCO Capillary optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→32.76 Å / Num. obs: 7718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.26→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 698 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.26→32.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 12.567 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25932 837 10.9 %RANDOM
Rwork0.20843 ---
obs0.21406 6828 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→32.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1066 0 35 25 1126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.6531510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.6562428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5455137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85723.40447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.46215188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.373154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2462.903554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2482.896553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7284.322689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7254.33690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0763.338562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0733.338563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8394.841822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53632.9961240
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.53432.9921241
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.316 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 56 -
Rwork0.3 494 -
obs--98.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.43 Å / Origin y: 5.152 Å / Origin z: -3.9721 Å
111213212223313233
T0.1619 Å2-0.0273 Å2-0.0022 Å2-0.1507 Å2-0.0198 Å2--0.0071 Å2
L0.3435 °2-0.2473 °2-0.3103 °2-0.1814 °20.2894 °2--2.1012 °2
S-0.0068 Å °0.044 Å °-0.0034 Å °0.0056 Å °-0.0309 Å °0.0061 Å °0.2052 Å °0.166 Å °0.0377 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る