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- PDB-6c1y: mbd of human mecp2 in complex with methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1y
タイトルmbd of human mecp2 in complex with methylated DNA
要素
  • 12-mer DNA
  • Methyl-CpG-binding protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / mbd / dna methylation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-synaptic signaling by BDNF / regulation of action potential firing threshold / negative regulation of respiratory gaseous exchange / Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of anterograde dense core granule transport / positive regulation of retrograde dense core granule transport / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling ...trans-synaptic signaling by BDNF / regulation of action potential firing threshold / negative regulation of respiratory gaseous exchange / Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / cellular response to isoquinoline alkaloid / positive regulation of anterograde dense core granule transport / positive regulation of retrograde dense core granule transport / positive regulation of branching morphogenesis of a nerve / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / principal sensory nucleus of trigeminal nerve development / cardiolipin metabolic process / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of locomotion involved in locomotory behavior / MECP2 regulates transcription factors / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / negative regulation of primary miRNA processing / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of dendritic spine development / Transcriptional Regulation by MECP2 / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / double-stranded methylated DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / inositol metabolic process / genomic imprinting / phosphatidylcholine metabolic process / thalamus development / positive regulation of microtubule nucleation / glucocorticoid metabolic process / ventricular system development / cellular response to potassium ion / unmethylated CpG binding / positive regulation of synaptic plasticity / respiratory gaseous exchange by respiratory system / oligodendrocyte development / olfactory bulb development / positive regulation of dendrite extension / striatum development / response to other organism / siRNA binding / neuron maturation / methyl-CpG binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / spinal cord development / positive regulation of dendritic spine development / lung alveolus development / regulation of synapse organization / histone reader activity / glutamine metabolic process / startle response / dendrite development / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of astrocyte differentiation / behavioral fear response / glial cell proliferation / heterochromatin / long-term memory / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of angiogenesis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / four-way junction DNA binding / Notch signaling pathway / sensory perception of pain / synapse assembly / cerebellum development / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / post-embryonic development / molecular condensate scaffold activity / response to cocaine / promoter-specific chromatin binding / hippocampus development / long-term synaptic potentiation / response to lead ion / visual learning / heterochromatin formation / chromatin DNA binding / cerebral cortex development / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / protein localization / response to estradiol / gene expression / nucleic acid binding / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynapse / molecular adaptor activity / response to hypoxia / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein MeCP2 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liu, K. / Bian, C. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech / 年: 2019
タイトル: Plasticity at the DNA recognition site of the MeCP2 mCG-binding domain.
著者: Lei, M. / Tempel, W. / Chen, S. / Liu, K. / Min, J.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding protein 2
B: Methyl-CpG-binding protein 2
D: 12-mer DNA
C: 12-mer DNA
F: 12-mer DNA
E: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2849
ポリマ－34,2846
非ポリマー03
水00
1
A: Methyl-CpG-binding protein 2
D: 12-mer DNA
C: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1424
ポリマ－17,1423
非ポリマー01
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding protein 2
F: 12-mer DNA
E: 12-mer DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1425
ポリマ－17,1423
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.753, 47.359, 54.623
Angle α, β, γ (deg.)68.150, 89.830, 65.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22C
13D
23F
14D
24E
15C
25F
16C
26E
17F
27E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARGAA92 - 16214 - 84
21GLYGLYARGARGBB92 - 16214 - 84
12DGDGDCDCDC1 - 121 - 12
22DGDGDCDCCD1 - 121 - 12
13DGDGDCDCDC1 - 121 - 12
23DGDGDCDCFE1 - 121 - 12
14DGDGDCDCDC1 - 121 - 12
24DGDGDCDCEF1 - 121 - 12
15DGDGDCDCCD1 - 121 - 12
25DGDGDCDCFE1 - 121 - 12
16DGDGDCDCCD1 - 121 - 12
26DGDGDCDCEF1 - 121 - 12
17DGDGDCDCFE1 - 121 - 12
27DGDGDCDCEF1 - 121 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding protein 2 / MeCp2


分子量: 9785.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECP2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P51608
#2: DNA鎖
12-mer DNA


分子量: 3678.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic dna / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.85 Å / Num. obs: 14585 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 31664 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.380.449261712620.7180.3970.6012.484.2
8.91-39.850.0475482550.9830.0440.06530.596.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Protein coordinates from PDB entry 3c2i. DNA coordinates from a currently unpublished model.

3c2i


解像度: 2.3→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 25.521 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.262
詳細: phenix.refine was used at intermediate stages of refinement. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 785 5.4 %
Rwork0.2306 --
obs0.2334 13799 96.3 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.59 Å2 / Biso mean: 65.544 Å2 / Biso min: 40.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.22 Å2-1.93 Å21.86 Å2
2--1.74 Å2-2.26 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1090 976 3 0 2069
Biso mean--42.92 --
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0162210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.613196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31633576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81923.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15715171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.612156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2945.098566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2965.098565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4727.638704
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A40060.09
12B40060.09
21D20800.03
22C20800.03
31D20380.08
32F20380.08
41D20500.06
42E20500.06
51C20300.09
52F20300.09
61C20700.05
62E20700.05
71F20120.1
72E20120.1
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 96 -
Rwork0.35 837 -
all-933 -
obs--83.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13351.5150.91375.15851.19463.50520.03030.30330.2144-0.3564-0.05110.0293-0.4348-0.05230.02080.1847-0.04370.05280.1540.01180.0363-19.0698-3.8257-1.7757
21.4423-0.035-0.4222.6151-1.26655.26670.0555-0.0616-0.3840.1817-0.06230.13320.60870.19690.00680.2112-0.07660.01670.1129-0.02150.1193-1.1211.1002-19.1937
34.37890.0552-1.71273.39560.832.6672-0.0899-0.1053-0.33710.15360.03740.0220.17590.09420.05250.0489-0.06260.01940.1447-0.02290.0467-19.0327-16.71585.5462
45.8765-2.21260.81413.15650.44611.8385-0.2925-0.1689-0.13470.13250.14740.07040.13860.07250.14520.072-0.0219-0.01420.1505-0.00440.0952-19.3406-15.45966.7377
55.71950.2250.31792.34920.43171.9706-0.02630.03750.5236-0.0157-0.00080.0588-0.1253-0.01570.0270.0204-0.03550.01340.1689-0.03940.068-2.534825.7439-23.6403
66.4529-0.89941.06751.979-0.89552.2131-0.0652-0.25440.06560.0463-0.02370.03570.012-0.03150.08890.05270.00740.04710.1582-0.06830.0797-2.636725.5056-22.0011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A92 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B92 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5F1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6E1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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