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- PDB-6c1t: MBD2 in complex with a partially methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1t
タイトルMBD2 in complex with a partially methylated DNA
要素
  • (12-mer DNA) x 2
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / MBD / DNA-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / response to mechanical stimulus / heterochromatin / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Lei, M. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the ability of MBD domains to bind methyl-CG and TG sites in DNA.
著者: Liu, K. / Xu, C. / Lei, M. / Yang, A. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: 12-mer DNA
C: 12-mer DNA
D: Methyl-CpG-binding domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,11130
ポリマ－24,9234
非ポリマー18826
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, see PDB entry 2ky8
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.473, 36.933, 104.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8791.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-RIL / 参照: UniProt: Q9UBB5

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 12-mer DNA


分子量: 3597.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 12-mer DNA


分子量: 3743.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 24 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 27% PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.15 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→49.42 Å / Num. obs: 22367 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 71924 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.8831.244370512360.340.8281.5010.791.3
9.03-49.422.90.0316362170.9980.020.03727.499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: currently unpublished model of MBD2-DNA complex

解像度: 1.84→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.995 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.126
詳細: The identity of the 'sulfate' near Ser-183 is unclear. Similar density was also observed in another MBD2-DNA complex crystal where the crystallization buffer did not include sulfate.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1095 4.9 %
Rwork0.2137 --
obs0.2153 21271 98.96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.51 Å2 / Biso mean: 49.509 Å2 / Biso min: 31.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数996 487 35 41 1559
Biso mean--46.16 44.94 -
残基数----158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0171576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.7012229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18232771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0715131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.36821.57938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.69715157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.662158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3752.957531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3762.953530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0274.418661
LS精密化 シェル解像度: 1.844→1.892 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 82 -
Rwork0.336 1428 -
all-1510 -
obs--92.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8517-0.97241.31193.7358-1.25996.31250.04450.0091-0.2085-0.26830.08490.09720.312-0.0897-0.12940.1818-0.0658-0.00010.0948-0.00190.0158-15.174526.9201108.8401
28.03484.02730.94623.976-0.32181.8834-0.1763-0.147-0.3687-0.14750.0971-0.04610.0775-0.10420.07920.094-0.02330.03480.1452-0.01150.0586-15.971432.1378124.1032
36.76153.90070.80793.802-0.16140.7873-0.0883-0.17430.2003-0.01730.05380.1574-0.0071-0.15910.03450.1319-0.0570.00130.1569-0.00130.0091-16.192533.4383123.3795
42.24680.0718-1.6755.3269-2.92227.1232-0.0129-0.8720.26770.8714-0.0727-0.066-0.34160.25160.08570.2923-0.0733-0.05020.5024-0.04610.1006-6.020443.8811138.4985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A148 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4D149 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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