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- PDB-6c0e: Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0e
タイトルCrystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct
要素Isocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Isocitrate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / ketoglutarate / NADPH / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, dimeric, prokaryotic / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EE1 / GLYCINE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an ??-ketoglutarate adduct
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年10月22日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2878
ポリマ－92,2482
非ポリマー2,0406
水14,808822
1
A: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2746
ポリマ－46,1241
非ポリマー1,1505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0132
ポリマ－46,1241
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,57516
ポリマ－184,4964
非ポリマー4,07912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area18300 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area57230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.960, 62.290, 144.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

CL

21A-776-

HOH

31A-1002-

HOH

41A-1033-

HOH

51A-1094-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase


分子量: 46123.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icd, lpg0816 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZXB6, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-EE1 / (3~{S})-3-[(4~{S})-3-aminocarbonyl-1-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-4~{H}-pyridin-4-yl]-2-oxidanylidene-pentanedioic acid / NADPH with ketoglutarate adduct


分子量: 889.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34N7O22P3
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M ...詳細: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH = 6.5, 0.02 M each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, DL-serine. Tray: 294280h1. Puck: tcq3-8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.959 Å / Num. obs: 88456 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.096 % / Biso Wilson estimate: 20.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.744.1220.452.7164740.8550.51597.3
1.74-1.794.2750.3723.4262760.9040.42497.6
1.79-1.844.2750.2914.5460830.9410.33297.5
1.84-1.94.2480.2345.7160160.9610.26797.7
1.9-1.964.2090.1757.857520.9770.297.8
1.96-2.034.1940.1399.7256270.9850.15997.9
2.03-2.114.1430.1112.2154240.9890.12698.2
2.11-2.194.1030.08814.9652310.9930.10198.3
2.19-2.294.0540.07417.5750190.9940.08598.1
2.29-2.44.0410.06220.3448070.9950.07198.2
2.4-2.534.0050.05422.6146230.9960.06298.7
2.53-2.693.9770.04825.0343500.9970.05698.6
2.69-2.873.9530.04228.5640460.9970.04998.6
2.87-3.13.8720.03631.9638650.9980.04298.6
3.1-3.43.8850.03235.734820.9980.03798.7
3.4-3.83.9220.02938.7531980.9980.03399
3.8-4.394.0190.02541.1728460.9990.02999
4.39-5.384.0670.02242.4824020.9990.02699.3
5.38-7.64.0620.02241.7818890.9990.02699.4
7.6-35.9593.8380.02242.510460.9990.02596.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2947精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PB1

1pb1


解像度: 1.7→35.959 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 2034 2.3 %
Rwork0.1704 86405 -
obs0.1712 88439 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.45 Å2 / Biso mean: 29.0052 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6349 0 248 828 7425
Biso mean--25.72 36.06 -
残基数----833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.73950.30071350.23985675581097
1.7395-1.7830.24091430.22565635577897
1.783-1.83130.27891180.20935734585297
1.8313-1.88510.26231470.20825660580798
1.8851-1.9460.24171270.20525732585998
1.946-2.01550.23861300.19575733586398
2.0155-2.09620.24411350.1865717585298
2.0962-2.19160.20961510.17675740589198
2.1916-2.30710.1941220.1755770589298
2.3071-2.45160.22251230.17385806592999
2.4516-2.64090.20881390.17925757589698
2.6409-2.90650.22491520.17875792594499
2.9065-3.32690.18631300.16575828595899
3.3269-4.19050.17921510.14145847599899
4.1905-35.96730.15691310.14895979611099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1501-0.5371-0.21841.92630.19850.7293-0.0661-0.10610.01580.12120.08840.0460.06030.0034-0.02520.09860.0007-0.00650.13290.0080.128522.5111-6.592871.863
21.2113-0.05840.06131.653-0.51890.93230.00930.0010.0346-0.05920.07110.10560.1076-0.0786-0.0850.086-0.0174-0.00360.10210.01050.090119.9004-10.780555.2175
31.63680.91130.04212.7506-0.54781.0507-0.12170.20920.4112-0.08840.18650.3788-0.2591-0.0129-0.08930.2001-0.02260.00320.17730.05140.229318.558511.554948.404
41.5912-1.209-0.62931.74320.44291.34640.04190.1799-0.0246-0.18870.02740.13080.1707-0.2052-0.04570.1937-0.0708-0.03850.20020.0340.17168.909-13.565442.1531
53.2569-1.01810.59941.6440.06150.5923-0.01420.26290.1537-0.11810.00170.2157-0.1212-0.1237-0.00850.2291-0.0039-0.00850.22350.07150.20436.37984.951542.8882
61.2271-0.07320.06111.20990.15390.8447-0.0040.04820.2118-0.0650.0745-0.0548-0.09270.0242-0.06070.1004-0.00830.01420.09450.01090.169126.27367.421460.7698
78.0489-0.5051-3.33880.8571-0.08312.4570.14730.6929-0.3171-0.33940.02030.092-0.2345-0.1095-0.16880.66460.0421-0.0240.4378-0.03240.281916.7917-6.44212.2525
80.9018-0.05060.68590.9160.2491.73310.09990.23910.0117-0.3639-0.10240.13880.0382-0.1098-0.00150.44640.04170.02570.32490.01370.253616.7184-1.611416.5248
90.9710.2213-0.46560.6965-0.12951.38520.01050.1364-0.0841-0.1584-0.0145-0.040.19920.01820.0090.26510.0107-0.00650.16790.01010.124926.9284-14.125635.5808
101.1528-0.30090.62771.1972-0.17851.09470.05190.16560.157-0.3624-0.06120.1162-0.2044-0.02680.00820.44250.02320.03130.31720.0120.248520.97917.46120.7844
112.02371.9832.01572.01312.06342.119-0.77338.1384-0.5553-1.66640.2437-2.47591.9521.37140.52540.437-0.0423-0.01950.55610.01280.49765.5964-8.637667.8461
122.82212.00031.87142.13511.9462.40080.5145-0.02976.70481.55221.425610.5576-4.6874-1.2967-1.94520.74380.0294-0.04980.67390.05570.831917.411920.6158.6108
134.01480.8646-3.66712.55910.59994.1632-0.4506-5.8072-0.21296.73651.66320.7254-5.7638-2.2134-1.20360.86590.16590.20340.9069-0.00380.9584.1650.97976.8776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 106 )A4 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 137 )A107 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 160 )A138 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 259 )A161 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 260 through 323 )A260 - 323
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 324 through 422 )A324 - 422
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 41 )B5 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 42 through 160 )B42 - 160
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 161 through 297 )B161 - 297
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 298 through 422 )B298 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 502 through 502 )A502
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 503 through 503 )A503
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 504 through 504 )A504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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