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- PDB-6c08: Zebrafish SLC38A9 with arginine bound in the cytosol open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c08
タイトルZebrafish SLC38A9 with arginine bound in the cytosol open state
要素
  • Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
  • antibody Fab Heavy Chain
  • antibody Fab light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / conformational state / substrate binding / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Macroautophagy / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Regulation of PTEN gene transcription / Amino acids regulate mTORC1 / mTORC1-mediated signalling / asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity ...Macroautophagy / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Regulation of PTEN gene transcription / Amino acids regulate mTORC1 / mTORC1-mediated signalling / asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / amino acid sensor activity / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / L-leucine transport / amino acid transmembrane transporter activity / arginine binding / cholesterol binding / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / late endosome / late endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Lei, H.-T. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of arginine-bound lysosomal transporter SLC38A9 in the cytosol-open state.
著者: Lei, H.T. / Ma, J. / Sanchez Martinez, S. / Gonen, T.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fab Heavy Chain
B: antibody Fab light chain
C: Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
D: antibody Fab Heavy Chain
E: antibody Fab light chain
F: Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,6217
ポリマ－200,4466
非ポリマー1751
水00
1
A: antibody Fab Heavy Chain
B: antibody Fab light chain
C: Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2233
ポリマ－100,2233
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36480 Å2
手法PISA
2
D: antibody Fab Heavy Chain
E: antibody Fab light chain
F: Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3984
ポリマ－100,2233
非ポリマー1751
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area36470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.613, 82.808, 158.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 antibody Fab Heavy Chain


分子量: 22696.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: experimental sequence of heavy chains from antibody fragment is not determined because it is not discussed in the publication.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab light chain


分子量: 23410.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Experimental sequence of light chains from antibody fragment is not determined because it is not discussed in the publication.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Sodium-coupled neutral amino acid transporter 9 / Solute carrier family 38 member 9


分子量: 54116.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: membrane protein
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: slc38a9, zgc:154088
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08BA4
#4: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
配列の詳細experimental sequence of antibody fragment is not determined

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG400, N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid pH 7.2, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→156.5 Å / Num. obs: 63753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 114.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 529570 / Scaling rejects: 391
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.188.51.5413744743910.60.561.6421.198.1
14.21-156.57.40.06453617260.9970.0250.06924.399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.17→156.498 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 1875 3.14 %
Rwork0.2665 57858 -
obs0.2671 59733 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.97 Å2 / Biso mean: 113.9931 Å2 / Biso min: 45.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.17→156.498 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12329 0 12 0 12341
Biso mean--147.08 --
残基数----1607
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.17-3.25570.4531440.405344404584100
3.2557-3.35150.3611420.352143804522100
3.3515-3.45970.37811450.304644584603100
3.4597-3.58340.28851420.271944124554100
3.5834-3.72690.32331440.284344394583100
3.7269-3.89650.3161440.265844564600100
3.8965-4.10190.28191430.266444114554100
4.1019-4.3590.26691440.231444414585100
4.359-4.69550.23261440.21544374581100
4.6955-5.16810.25111450.219144714616100
5.1681-5.91590.30371450.243844734618100
5.9159-7.45350.29421450.283844714616100
7.4535-156.6890.27221480.29164569471799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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