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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c08 | ||||||
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タイトル | Zebrafish SLC38A9 with arginine bound in the cytosol open state | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter / conformational state / substrate binding / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / Macroautophagy / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Regulation of PTEN gene transcription ...asparagine transport / L-asparagine transmembrane transporter activity / sterol sensor activity / L-arginine transmembrane transporter activity / L-arginine transmembrane transport / Macroautophagy / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TP53 Regulates Metabolic Genes / Regulation of PTEN gene transcription / Amino acids regulate mTORC1 / mTORC1-mediated signalling / amino acid sensor activity / L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-leucine transmembrane transporter activity / L-leucine transport / amino acid transmembrane transporter activity / arginine binding / cholesterol binding / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to amino acid stimulus / late endosome / late endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.17 Å | ||||||
データ登録者 | Lei, H.-T. / Gonen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of arginine-bound lysosomal transporter SLC38A9 in the cytosol-open state. 著者: Lei, H.T. / Ma, J. / Sanchez Martinez, S. / Gonen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c08.cif.gz | 317.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c08.ent.gz | 259 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6c08_validation.pdf.gz | 490.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6c08_full_validation.pdf.gz | 534.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6c08_validation.xml.gz | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6c08_validation.cif.gz | 79 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c08 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22696.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: experimental sequence of heavy chains from antibody fragment is not determined because it is not discussed in the publication. 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23410.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: Experimental sequence of light chains from antibody fragment is not determined because it is not discussed in the publication. 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: タンパク質 | 分子量: 54116.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: membrane protein 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: slc38a9, zgc:154088 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q08BA4 #4: 化合物 | ChemComp-ARG / | 配列の詳細 | experimental sequence of antibody fragment is not determined | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG400, N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid pH 7.2, lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→156.5 Å / Num. obs: 63753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 114.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 529570 / Scaling rejects: 391 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.17→156.498 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 202.97 Å2 / Biso mean: 113.9931 Å2 / Biso min: 45.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.17→156.498 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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