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- PDB-6by0: Crystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6by0
タイトルCrystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1
要素Catalase HPII
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase HPII
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / heme binding / DNA damage response / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase HPII
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Lisa, M.N. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: SIMBAD: a sequence-independent molecular-replacement pipeline.
著者: Simpkin, A.J. / Simkovic, F. / Thomas, J.M.H. / Savko, M. / Lebedev, A. / Uski, V. / Ballard, C. / Wojdyr, M. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Xu, Y. / Lisa, M.N. / Buschiazzo, A. / Shepard, W. / ...著者: Simpkin, A.J. / Simkovic, F. / Thomas, J.M.H. / Savko, M. / Lebedev, A. / Uski, V. / Ballard, C. / Wojdyr, M. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Xu, Y. / Lisa, M.N. / Buschiazzo, A. / Shepard, W. / Rigden, D.J. / Keegan, R.M.
履歴
登録2017年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase HPII
B: Catalase HPII
C: Catalase HPII
D: Catalase HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,5528
ポリマ－337,0864
非ポリマー2,4664
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58850 Å2
ΔGint-291 kcal/mol
Surface area77960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.337, 90.141, 114.764
Angle α, β, γ (deg.)107.10, 105.60, 95.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Catalase HPII / Hydroxyperoxidase II


分子量: 84271.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085 M sodium HEPES pH 7.5, 17% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol, 8.5% v/v isopropanol or 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000, 1.0 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→49.39 Å / Num. obs: 53296 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 34.55 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.93→3.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.506 / Num. unique obs: 4616

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRESIMBAD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VU3

3vu3


解像度: 2.93→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8419 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7884 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.445
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 2598 4.9 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1857 53064 98.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.9215 Å22.616 Å2-4.6571 Å2
2--24.2731 Å27.1383 Å2
3----4.3516 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.338 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.93→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22894 0 172 603 23669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123720HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0432304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7986SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3493HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23720HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3009SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact28155SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 193 4.9 %
Rwork0.2396 3747 -
all0.2448 3940 -
obs--97.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0151-0.05930.06490.0918-0.01460.2337-0.0466-0.0258-0.00390.0165-0.04570.0048-0.0934-0.06940.09230.07340.0044-0.0307-0.09180.01790.010359.242222.04911.5316
20.0549-0.14320.05730.26080.12920.3301-0.02990.0403-0.00120.07910.0506-0.02620.02940.0859-0.0206-0.0101-0.0254-0.0284-0.03410.0537-0.004282.9311-0.402110.2719
3-0.09070.01080.09160.3724-0.05710.2754-0.0256-0.05040.0233-0.0918-0.01530.03990.0553-0.01040.04090.0132-0.019-0.025-0.07760.02490.028152.7616-10.3045-34.2931
4-0.03130.13460.04670.3547-0.01360.2211-0.0136-0.00860.0196-0.11230.0078-0.0056-0.06050.0570.00580.0829-0.01570.0133-0.09920.0539-0.018270.016516.31-42.1425
50.5498-0.05110.17480.1036-0.1476-0.05240.0046-0.0043-0.00350.0002-0.0066-0.0025-0.00190.00150.002-0.00120-0.0039-0.00680.00550.001866.25516.918-13.6825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|753 }A28 - 753
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|29 - B|753 }B29 - 753
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|28 - C|753 }C28 - 753
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|28 - D|753 }D28 - 753
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|801 - A|801 C|801 - C|801 B|801 - B|801 D|801 - D|801 }A801
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|801 - A|801 C|801 - C|801 B|801 - B|801 D|801 - D|801 }C801
7X-RAY DIFFRACTION5{ A|801 - A|801 C|801 - C|801 B|801 - B|801 D|801 - D|801 }B801
8X-RAY DIFFRACTION5{ A|801 - A|801 C|801 - C|801 B|801 - B|801 D|801 - D|801 }D801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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