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- PDB-6bxr: Crystal structure of Toxoplasma gondii Mitochondrial Association ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxr
タイトルCrystal structure of Toxoplasma gondii Mitochondrial Association Factor 1 B (MAF1B)
要素Mitochondrial association factor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / macro domain / ADPribose / neofunctionalize
機能・相同性symbiont-containing vacuole membrane / cytoplasmic vesicle membrane / BROMIDE ION / Mitochondrial association factor 1 form b1
機能・相同性情報
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Parker, M.L. / Ramaswamy, R. / Boulanger, M.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Discovery Grant カナダ
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: A Toxoplasma gondii locus required for the direct manipulation of host mitochondria has maintained multiple ancestral functions.
著者: Blank, M.L. / Parker, M.L. / Ramaswamy, R. / Powell, C.J. / English, E.D. / Adomako-Ankomah, Y. / Pernas, L.F. / Workman, S.D. / Boothroyd, J.C. / Boulanger, M.J. / Boyle, J.P.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial association factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,30818
ポリマ－29,0841
非ポリマー1,22417
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.090, 62.110, 89.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial association factor 1


分子量: 29083.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: MAF1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140H546
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日 / 詳細: Collimating mirror with two stripes (Si, Rh/Pt)
放射モノクロメーター: KOZHU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.605 Å / Num. obs: 33786 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→44.605 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 19.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 1708 5.06 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.1751 33728 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.23 Å2 / Biso mean: 15.6638 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→44.605 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 0 32 251 2334
Biso mean--22.9 24.02 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8192885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7591256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.64710.28551390.24622558269798
1.6471-1.70030.26931380.221326282766100
1.7003-1.76110.23261430.2126332776100
1.7611-1.83160.24391690.188326202789100
1.8316-1.91490.20031160.180726512767100
1.9149-2.01590.22221590.165126512810100
2.0159-2.14220.20791490.168826532802100
2.1422-2.30760.17691400.16426502790100
2.3076-2.53980.25291390.170726722811100
2.5398-2.90720.21341310.171826972828100
2.9072-3.66250.19771350.162427472882100
3.6625-44.62230.18981500.157828603010100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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