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- PDB-6bwg: Crystal structure of native Rv2983 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwg
タイトルCrystal structure of native Rv2983 from Mycobacterium tuberculosis
要素2-phospho-L-lactate guanylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta structure
機能・相同性phosphoenolpyruvate guanylyltransferase / phospholactate guanylyltransferase activity / Phosphoenolpyruvate guanylyltransferase CofC / Guanylyl transferase CofC like / F420-0 metabolic process / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / GTP binding / Phosphoenolpyruvate guanylyltransferase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Bashiri, G. / Jirgis, E.N.M. / Baker, E.N.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A revised biosynthetic pathway for the cofactor F420in prokaryotes.
著者: Bashiri, G. / Antoney, J. / Jirgis, E.N.M. / Shah, M.V. / Ney, B. / Copp, J. / Stuteley, S.M. / Sreebhavan, S. / Palmer, B. / Middleditch, M. / Tokuriki, N. / Greening, C. / Scott, C. / ...著者: Bashiri, G. / Antoney, J. / Jirgis, E.N.M. / Shah, M.V. / Ney, B. / Copp, J. / Stuteley, S.M. / Sreebhavan, S. / Palmer, B. / Middleditch, M. / Tokuriki, N. / Greening, C. / Scott, C. / Baker, E.N. / Jackson, C.J.
履歴
登録2017年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月8日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase
B: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase
C: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2883
ポリマ－70,2883
非ポリマー00
水9,368520
1
A: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4291
ポリマ－23,4291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4291
ポリマ－23,4291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4291
ポリマ－23,4291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.546, 109.058, 166.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-424-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA8 - 21022 - 224
21GLYGLYBB8 - 21022 - 224
12ASPASPAA7 - 21021 - 224
22ASPASPCC7 - 21021 - 224
13GLYGLYBB8 - 21222 - 226
23GLYGLYCC8 - 21222 - 226

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase / LP guanylyltransferase


分子量: 23429.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cofC, Rv2983 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: P9WP83, 2-phospho-L-lactate guanylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 1500, 3% MPD, 0.2 M MgSO4, 0.1 M sodium acetate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.92 Å / Num. obs: 41955 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→46.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.593 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23448 2149 5.1 %RANDOM
Rwork0.19186 ---
obs0.19408 39762 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.16 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4393 0 0 520 4913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0144456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0161.6536094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8261.6329606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7755611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.50419.72214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27715645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.121548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1192.4572456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1192.4562455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3493.673063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3483.6713064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8383.0282000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8373.0292001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5694.3253032
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.02332.3395042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.68631.8644895
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57570.1
12B57570.1
21A58300.11
22C58300.11
31B59150.09
32C59150.09
LS精密化 シェル解像度: 1.989→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 138 -
Rwork0.304 2815 -
obs--97.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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