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- PDB-2nlr: STREPTOMYCES LIVIDANS ENDOGLUCANASE (EC: 3.2.1.4) COMPLEX WITH MO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nlr
タイトルSTREPTOMYCES LIVIDANS ENDOGLUCANASE (EC: 3.2.1.4) COMPLEX WITH MODIFIED GLUCOSE TRIMER
要素PROTEIN (ENDOGLUCANASE (E.C.3.2.1.4))
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (ENDOGLUCANASE) / GLYCOSYL HYDROLASE / FAMILY 12 / ENDOGLUCANASE / CELB2 / GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / polysaccharide binding / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Dupont, C. / Davies, G.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a 2-fluorocellotriosyl complex of the Streptomyces lividans endoglucanase CelB2 at 1.2 A resolution.
著者: Sulzenbacher, G. / Mackenzie, L.F. / Wilson, K.S. / Withers, S.G. / Dupont, C. / Davies, G.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: The Streptomyces lividans Family 12 Endoglucanase: Construction of the Catalytic Core, Expression and X-Ray Structure at 1.75 A Resolution
著者: Sulzenbacher, G. / Sharek, F. / Morosoli, R. / Dupont, C. / Davies, G.J.
#2: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1994
タイトル: Purification and Characterisation of the Celb Endoglucanase from Streptomyces lividans 66 and DNA Sequence of the Encoding Gene
著者: Wittmann, S. / Shareck, F. / Kluepfel, D. / Morosoli, R.
履歴
登録1998年11月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ENDOGLUCANASE (E.C.3.2.1.4))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0852
ポリマ－24,5791
非ポリマー5061
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.960, 65.960, 88.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1218-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ENDOGLUCANASE (E.C.3.2.1.4)) / CELB


分子量: 24578.713 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
株: 66 / 遺伝子: CELB / プラスミド: PIAF9, PIAF18 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): 66 / 参照: GenBank: 2462718, UniProt: Q54331*PLUS, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 506.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*F][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp2fluoro]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENDOGLUCANASE CELB BELONGS TO GLYCOSYL HYDROLASASE FAMILY 12. THE ENZYME PERFORMS CATALYSIS WITH ...ENDOGLUCANASE CELB BELONGS TO GLYCOSYL HYDROLASASE FAMILY 12. THE ENZYME PERFORMS CATALYSIS WITH RETENTION OF CONFIGURATION AT THE ANOMERIC CARBON. THE COORDINATES GIVEN DEFINE THE STRUCTURE OF CELB2, THE TRUNCATED, CATALYTICALLY COMPETENT, FORM OF ENDOGLUCANASE CELB, IN COMPLEX WITH 2-DEOXY-2-FLUORO-CELLOTRIOSE. TWO SPECIES ARE PRESENT IN THE CRYSTAL, ONE IS THE GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE, WITH 2-DEOXY-2-FLUORO- CELLOTRIOSYL COVALENTLY BOUND TO THE NUCLEOPHILE GLU 120, THE OTHER SPECIES IS THE REACTION PRODUCT 2-DEOXY-2-FLUORO-CELLOTRIOSE BOUND TO THE ACTIVE SITE. THIS IS REPRESENTED BY A DOUBLE CONFORMATION FOR THE PROXIMAL SACCHARIDE, 2-DEOXY-2FLUORO-GLUCOSE.
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT CELB2 WAS AMPLIFIED UP TO RESIDUE 274 (U04629 WHICH IS THE END OF THE JUNCTION ...THE CONSTRUCT CELB2 WAS AMPLIFIED UP TO RESIDUE 274 (U04629 WHICH IS THE END OF THE JUNCTION BETWEEN THE CATALYTIC DOMAIN AND THE CELLULOSE BINDING DOMAIN OF CELB. THE DEPOSITED COORDINATES CORRESPOND TO THE MATURE CATALYTIC DOMAIN OF CELB. RESIDUES 1 TO 40 OF THE ENTRY U04629 CORRESPOND TO THE SIGNALLING PEPTIDE OF CELB AND ARE NOT PART OF THE MATURE PROTEIN CELB2. IT FOLLOWS THAT THERE IS A DISCREPANCY BETWEEN THE NUMBERING OF THE ENTRY U04629 AND THE PESENT ENTRY, CORRESPONDING TO THE 40 MISSING RESIDUES OF THE C-TERMINAL. RESIDUES 263 TO 274 (U04629) CORRESPOND TO THE FLEXIBLE LINKER REGION, NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP, MAY BE NOT EVEN PRESENT IN THE PROTEIN BECAUSE OF PROTEOLYTIC DIGESTION. RESIDUES 274 -381 ((U04629) CORRESPOND TO THE CELLULOSE BINDING DOMAIN (CBD-DOMAIN) AND ARE NOT PRESENT IN THIS ENTRY. CELB (ENTRY U04629) CELB2 (PRESENT ENTRY) RESIDUE 1-40 (SIGNALLING PEP.) ABSENT RESIDUE 41-263 (CATALYTIC DOM.) RESIDUE 1-222 RESIDUE 263-274 (FLEXIBLE LINKER) ABSENT (RES. 223-234) RESIDUE 274-381 ( CBD-DOMAIN) ABSENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlenzyme1drop
330 %(w/w)PEG15001reservoir
2acetate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.2→25 Å / Num. obs: 69645 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.96 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.93
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4.49 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.74 / % possible all: 97.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLR

1nlr


解像度: 1.2→25 Å / Num. parameters: 20212 / Num. restraintsaints: 28536 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: TARGET VALUES FOR 2-DEOXY-2-FLUORO-CELLOTRIO WERE TAKEN FROM THE CRYSTAL STRUCTURE OF METHYL-BETA-CELL TRIOSIDE; S.RAYMOND, B.HENRISSAT,D.T.QUI,A.KVICK, H.CHANZY, ...StereochEM target val spec case: TARGET VALUES FOR 2-DEOXY-2-FLUORO-CELLOTRIO WERE TAKEN FROM THE CRYSTAL STRUCTURE OF METHYL-BETA-CELL TRIOSIDE; S.RAYMOND, B.HENRISSAT,D.T.QUI,A.KVICK, H.CHANZY, CAROBOHYDRATE RESEARCH 277,209-229.
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.95. RESIDUES ASP 104, GLU 120 AND MET 122 EXHIBIT DISORDER WHICH IS COUPLED TO THE TWO CONFORMATIONS OF 2-DEOXY-2-FLUORO-GLUCOSE. THE ...詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.95. RESIDUES ASP 104, GLU 120 AND MET 122 EXHIBIT DISORDER WHICH IS COUPLED TO THE TWO CONFORMATIONS OF 2-DEOXY-2-FLUORO-GLUCOSE. THE NUCLEOPHILE GLU 120 IS PRESENT IN TRIPLE CONFORMATION. CONFORMER B AND C ARE COVALENTLY LINKED TO THE FLUOROCELLOTRIOSIDE. HYDROGEN ATOMS HAVE NOT BEEN LOCATED ONLY ON ALL DISORDERED RESIDUES. ASP 95 AND GLY 96 SIT NEAR THE CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD AXIS AND ARE PRESENT IN TWO ALTERNATIVE AND COMPLEMENTARY CONFORMATIONS. THR 222 IS THE LAST VISIBLE RESIDUE IN THE ELECTRON DENSITY MAP. PRO 76 IS PRESENT IN THE CIS CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1423 3513 5 %RANDOM
all0.1119 69645 --
obs0.1112 -99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SHELX SWAT
Refine analyzeNum. disordered residues: 34 / Occupancy sum hydrogen: 1509 / Occupancy sum non hydrogen: 1936.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 45 270 1977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.002
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.084
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.084
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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