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万見
- PDB-6bw3: Crystal structure of RBBP4 in complex with PRDM3 N-terminal peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bw3
タイトルCrystal structure of RBBP4 in complex with PRDM3 N-terminal peptide
要素
  • Histone-binding protein RBBP4
  • MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1
キーワードGENE REGULATION / NuRD / Complex / Epigenetics / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Histone-binding protein / Chromatin regulator / Nucleus / Repressor / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / CAF-1 complex / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / Formation of the nephric duct / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification ...histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / CAF-1 complex / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / Formation of the nephric duct / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / negative regulation of JNK cascade / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of programmed cell death / histone H3 methyltransferase activity / ATPase complex / hematopoietic stem cell proliferation / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / G0 and Early G1 / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / HCMV Early Events / nucleosome assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / methylation / histone binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / DNA replication / regulation of cell cycle / nuclear speck / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRDM3, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / C2H2-type zinc finger / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain ...PRDM3, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / C2H2-type zinc finger / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger C2H2-type / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase MECOM / Histone-binding protein RBBP4 / Histone-lysine N-methyltransferase MECOM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ivanochko, D. / Halabelian, L. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Direct interaction between the PRDM3 and PRDM16 tumor suppressors and the NuRD chromatin remodeling complex.
著者: Ivanochko, D. / Halabelian, L. / Henderson, E. / Savitsky, P. / Jain, H. / Marcon, E. / Duan, S. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Filippakopoulos, P. / Greenblatt, J. / ...著者: Ivanochko, D. / Halabelian, L. / Henderson, E. / Savitsky, P. / Jain, H. / Marcon, E. / Duan, S. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Barsyte-Lovejoy, D. / Filippakopoulos, P. / Greenblatt, J. / Lima-Fernandes, E. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Histone-binding protein RBBP4
B: MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1
A: Histone-binding protein RBBP4
D: MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,46716
ポリマ－98,4674
非ポリマー012
水1,982110
1
C: Histone-binding protein RBBP4
B: MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2336
ポリマ－49,2332
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
2
A: Histone-binding protein RBBP4
D: MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,23310
ポリマ－49,2332
非ポリマー08
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.979, 59.822, 101.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 410 / Label seq-ID: 12 - 412

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CA
2AC

-
要素

#1: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 47853.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#2: タンパク質・ペプチド MDS1 and EVI1 complex locus protein MDS1 / Myelodysplasia syndrome 1 protein / Myelodysplasia syndrome-associated protein 1


分子量: 1379.699 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal residues 1-12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13465, UniProt: Q03112*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M BisTris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.95 Å / Num. obs: 46303 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.2740.99139520.6810.5591.14198.4
9.07-46.953.70.0217020.9310.0140.02597.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xu7

2xu7


解像度: 2.2→46.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.958 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24594 2217 4.8 %RANDOM
Rwork0.21521 ---
obs0.21671 44059 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.608 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å20.43 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→46.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5841 0 12 110 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9248220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.965312022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9315758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.88524.753263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21615896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.6973050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5361.6973049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.942.5373799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.942.5383800
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4171.6532961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4171.6532962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6952.4774420
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.31219.0386197
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.30518.9946190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23148 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1C
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 145 -
Rwork0.312 3198 -
obs--98.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49390.19610.28962.66860.51931.98540.0930.077-0.00580.10570.0126-0.1783-0.0272-0.0036-0.10570.37390.0157-0.16030.00730.00910.1441-6.097218.438-15.4722
20.14820.4488-1.13221.6348-4.117610.3953-0.06020.00870.0430.035-0.0284-0.0406-0.1022-0.01990.08860.29610.0002-0.00540.36010.03390.3692-8.762134.2203-21.7193
31.86370.13890.44513.0392-0.38352.1998-0.0792-0.2055-0.08540.58430.12770.0771-0.1256-0.2424-0.04850.50740.0466-0.14610.04440.01140.0774-32.5742-9.0462-34.3418
40.1213-0.4841-0.06112.11381.30238.40050.0019-0.00050.01620.0668-0.0348-0.0559-0.1968-0.93970.03290.39450.0088-0.02920.3634-0.03030.3589-34.60665.821-27.7814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C10 - 410
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3A9 - 410
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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