PDB-1sq9: Structure of Ski8p, a WD repeat protein involved in mRNA degradat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sq9

タイトル

Structure of Ski8p, a WD repeat protein involved in mRNA degradation and meiotic recombination

要素

Antiviral protein SKI8

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / RECOMBINATION / WD repeat / beta-transducin repeat / WD40 repeat / beta propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / protein-containing complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Madrona, A.Y. / Wilson, D.K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: The structure of Ski8p, a protein regulating mRNA degradation: Implications for WD protein structure.
著者: Madrona, A.Y. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2004年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sq9.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sq9.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6yuw-d 1s4u-d 4uoo-2 2vrj-1 5u69-d 2j79-1 4uor-2 6tr7-d 4zh5-1 1p18-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antiviral protein SKI8

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.54, 67.64, 80.31
Angle α, β, γ (deg.)	90., 90., 90.
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Antiviral protein SKI8 分子量: 44283.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SKI8, REC103, YGL213C / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: Q02793
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, cacodylic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 0.9791, 0.9184, 0.9793

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月6日 / 詳細: Yale mirrors

放射

モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9184	1
3	0.9793	1

反射

解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 28833 / Num. obs: 28833 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -999 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 32

反射シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SCALEPACK	データスケーリング
SOLVE	位相決定
CNS	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.246	1438	random
R_work	0.191	-	-
obs	0.191	28769	-
all	-	28795	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2971	0	10	230	3211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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