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- PDB-4uor: Structure of lipoteichoic acid synthase LtaS from Listeria monocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uor
タイトルStructure of lipoteichoic acid synthase LtaS from Listeria monocytogenes in complex with glycerol phosphate
要素LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / LIPOTEICHOIC ACID SYNTHESIS / CELL WALL / LTAS / GRAM POSITIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #170 / Lipoteichoic acid synthase-like / : / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #170 / Lipoteichoic acid synthase-like / : / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl phosphate / Lmo0927 protein
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES EGD-E (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Campeotto, I. / Freemont, P. / Grundling, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and mechanistic insight into the Listeria monocytogenes two-enzyme lipoteichoic acid synthesis system.
著者: Campeotto, I. / Percy, M.G. / MacDonald, J.T. / Forster, A. / Freemont, P.S. / Grundling, A.
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Structure summary
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
B: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
C: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
D: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
E: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
F: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
G: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
H: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
I: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
J: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
K: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,12833
ポリマ－576,99011
非ポリマー2,13822
水53,9912997
1
A: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6483
ポリマ－52,4541
非ポリマー1942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.246, 119.625, 472.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9994, -0.0308, -0.0143), (-0.0314, 0.9987, 0.0403), (0.0131, 0.0407, -0.9991)-61.0785, 47.4423, -236.3995
3given(-0.5016, 0.8648, -0.0209), (0.8649, 0.5019, 0.0094), (0.0186, -0.0134, -0.9997)-14.6116, 76.5447, -157.8062
4given(0.8942, -0.4391, -0.087), (-0.4415, -0.8972, -0.0101), (-0.0736, 0.0474, -0.9962)-37.5205, -6.2993, -193.0551
5given(0.8682, -0.4893, -0.082), (-0.4866, -0.8721, 0.0521), (-0.097, -0.0053, -0.9953)19.3357, -13.8183, -202.7679
6given(-0.8463, 0.5229, 0.1018), (-0.5278, -0.8489, -0.0279), (0.0718, -0.0774, 0.9944)-16.0025, 38.2056, -38.0822
7given(0.0109, -0.9964, -0.0835), (-0.9994, -0.0137, 0.0325), (-0.0335, 0.0831, -0.996)-28.9028, -24.4397, -118.5679
8given(0.4916, -0.8706, 0.0168), (0.8702, 0.4905, -0.0467), (0.0324, 0.0376, 0.9988)13.9777, 14.7882, -80.3287
9given(0.0563, 0.9968, 0.057), (-0.9975, 0.0585, -0.0384), (-0.0416, -0.0547, 0.9976)-28.1606, 19.9534, -118.6142
10given(0.4788, -0.8777, 0.0202), (0.8779, 0.4789, -0.0007), (-0.009, 0.0181, 0.9998)-44.0658, 30.9776, -78.1212
11given(-0.5925, 0.8047, -0.0383), (0.8055, 0.5922, -0.0207), (0.0061, -0.0431, -0.9991)-77.9197, 50.1569, -157.5004

-
要素

#1: タンパク質
LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE / LMO0927 PROTEIN


分子量: 52453.633 Da / 分子数: 11 / 断片: EXTRACELLULAR CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 225-653 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES EGD-E (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q8Y8H6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GP9 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl phosphate


分子量: 170.058 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.64M NA ACETATE PH 4.6, 4% PEG3350, 100MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: K,H,-L / Fraction: 0
反射解像度: 2.2→48.71 Å / Num. obs: 335456 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UOO

4uoo


解像度: 2.194→48.71 Å / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: PHE K 282 AND LYSK 459 ARE C-BETA OUTLIERS. NO DENSITY FOR THESE RESIDUES. TPO307 WAS EXCLUDED FROM NCS IN EACH MONOMER BY PHENIX REFINEMENT WITH REFMAC DETECTS 9 PERCENT TWINNING WITH ...詳細: PHE K 282 AND LYSK 459 ARE C-BETA OUTLIERS. NO DENSITY FOR THESE RESIDUES. TPO307 WAS EXCLUDED FROM NCS IN EACH MONOMER BY PHENIX REFINEMENT WITH REFMAC DETECTS 9 PERCENT TWINNING WITH OPERATOR K,H,-L. FINAL REFINEMENT IN PHENIX DOES NOT DETECT ANY TWINNING. THIS DISCREPANCY IS PROBABLY DUE TO THE DISORDER OF MONOMER K.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 17158 5 %
Rwork0.1782 --
obs0.1799 335456 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37000 0 121 2997 40118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00738189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0751732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.17113966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1945-2.23240.23667590.208314061X-RAY DIFFRACTION82
2.2324-2.2730.21878520.195516194X-RAY DIFFRACTION95
2.273-2.31670.20988340.194216263X-RAY DIFFRACTION95
2.3167-2.3640.22148910.191616139X-RAY DIFFRACTION95
2.364-2.41540.21218490.192616220X-RAY DIFFRACTION95
2.4154-2.47150.22949060.198516177X-RAY DIFFRACTION95
2.4715-2.53330.20818540.192116257X-RAY DIFFRACTION95
2.5333-2.60180.2168480.186516257X-RAY DIFFRACTION95
2.6018-2.67840.23468560.194216226X-RAY DIFFRACTION95
2.6784-2.76480.23739010.197516138X-RAY DIFFRACTION94
2.7648-2.86360.24338980.197616288X-RAY DIFFRACTION95
2.8636-2.97830.24138630.194516268X-RAY DIFFRACTION95
2.9783-3.11380.26298190.198616317X-RAY DIFFRACTION95
3.1138-3.27790.23128400.188416351X-RAY DIFFRACTION95
3.2779-3.48330.23488780.181616372X-RAY DIFFRACTION95
3.4833-3.75210.2118000.167516495X-RAY DIFFRACTION95
3.7521-4.12950.18638500.14616347X-RAY DIFFRACTION95
4.1295-4.72660.17518550.139716519X-RAY DIFFRACTION95
4.7266-5.95330.18749010.162416634X-RAY DIFFRACTION95
5.9533-48.42330.21379040.188617044X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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