[日本語] English
万見
- PDB-6bt9: Chitinase ChiA74 from Bacillus thuringiensis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bt9
タイトルChitinase ChiA74 from Bacillus thuringiensis
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Juarez-Hernandez, E. / Brieba, L.G. / Torres-Larios, A. / Jimenez-Sandoval, P. / Barboza-Corona, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: The crystal structure of the chitinase ChiA74 of Bacillus thuringiensis has a multidomain assembly.
著者: Juarez-Hernandez, E.O. / Casados-Vazquez, L.E. / Brieba, L.G. / Torres-Larios, A. / Jimenez-Sandoval, P. / Barboza-Corona, J.E.
履歴
登録2017年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6684
ポリマ－148,5882
非ポリマー802
水1,40578
1
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3342
ポリマ－74,2941
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3342
ポリマ－74,2941
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.827, 82.407, 101.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 40 - 673 / Label seq-ID: 36 - 669

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Chitinase


分子量: 74293.945 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 33-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: BK774_19500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A243G6Q6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % / 解説: Blade-cluster
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG 6000 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.0 200 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月25日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→62.76 Å / Num. obs: 63274 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.874 / Rmerge(I) obs: 0.301 / Rpim(I) all: 0.143 / Rrim(I) all: 0.335 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 2.26→2.31 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
4.90.48843810.8470.3320.59999.1
5.40.1557060.9650.0730.17299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å62.87 Å
Translation2.4 Å62.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Truncated to A, 1ITX

1itx


解像度: 2.26→62.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 10.021 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.231
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 3145 5 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.2398 60010 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.34 Å2 / Biso mean: 22.285 Å2 / Biso min: 3.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0 Å2-0.47 Å2
2--1.3 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→62.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9341 0 2 78 9421
Biso mean--15.46 11.79 -
残基数----1251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0149629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.65413190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9551.64918487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8351255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52524.231442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.196151307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021939
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19033 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 218 -
Rwork0.401 4397 -
all-4615 -
obs--99.76 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る