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- PDB-6bs5: Crystal structure of AMP-PNP-bound bacterial Get3-like A and B in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bs5
タイトルCrystal structure of AMP-PNP-bound bacterial Get3-like A and B in Mycobacterium tuberculosis
要素
  • Anion transporter
  • Putative ATPase Rv3679
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Probable anion transporter ATPase / ATPase BagA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Li, H. / Hu, K. / Kovach, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Characterization of Guided Entry of Tail-Anchored Proteins 3 Homologues in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Hu, K. / Jordan, A.T. / Zhang, S. / Dhabaria, A. / Kovach, A. / Rangel, M.V. / Ueberheide, B. / Li, H. / Darwin, K.H.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATPase Rv3679
B: Anion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9424
ポリマ－78,4122
非ポリマー5312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.129, 121.129, 120.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative ATPase Rv3679


分子量: 35893.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3679, MTV025.027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKX5
#2: タンパク質 Anion transporter


分子量: 42518.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6Y498
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG8000, calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.05969 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月20日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→28.282 Å / Num. obs: 18969 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.958 / Num. unique obs: 2594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6BS3

6bs3


解像度: 3.1→28.282 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 964 5.12 %
Rwork0.2148 --
obs0.2165 18832 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5144 0 32 0 5176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3217150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2583219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.26320.29481480.27862521X-RAY DIFFRACTION100
3.2632-3.46740.27991410.23892511X-RAY DIFFRACTION100
3.4674-3.73450.2861240.23292543X-RAY DIFFRACTION100
3.7345-4.10930.23271340.21642556X-RAY DIFFRACTION100
4.1093-4.70160.22931220.19142571X-RAY DIFFRACTION100
4.7016-5.91460.24291510.2152580X-RAY DIFFRACTION100
5.9146-28.28330.23281440.18942586X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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