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万見
- PDB-4n3o: 2.4 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Sugar Kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3o
タイトル2.4 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Sugar Kinase from Campylobacter jejuni.
要素Putative D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glycero-alpha-D-manno-heptose-7-phosphate kinase / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate metabolic process / nucleotide-sugar biosynthetic process / galactokinase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / galactose metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S5; domain 2 - #120 / D,D-heptose 7-phosphate kinase / Galactokinase/homoserine kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold ...Ribosomal Protein S5; domain 2 - #120 / D,D-heptose 7-phosphate kinase / Galactokinase/homoserine kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glycero-alpha-D-manno-heptose 7-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.4 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Sugar Kinase from Campylobacter jejuni.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Gordon, E. / Onopriyenko, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate kinase
B: Putative D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4393
ポリマ－77,3992
非ポリマー401
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.609, 85.796, 77.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate kinase


分子量: 38699.352 Da / 分子数: 2 / 断片: Putative Sugar Kinase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: hddA, Cj1425c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q0P8I9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 1.5mg/mL, 0.3M Sodium cloride, 0.1M HEPES pH 7.5; Screen: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Na Cacodylate pH 6.0, 18% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 26058 / Num. obs: 26058 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 40.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1337 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.187
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23229 1317 5.1 %RANDOM
Rwork0.17693 ---
all0.17973 24593 --
obs0.17973 24593 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0 Å20.67 Å2
2---1.16 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 1 138 5227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9667105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7311616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6755653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.56123.95238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.78715915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2281529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.025978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1644.22603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1644.1992602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0196.2733259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0186.2733260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.514.4432668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.514.4442668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5616.513846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.45333.9276224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.42733.8326178
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 92 -
Rwork0.229 1822 -
obs-1822 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2428-0.24410.2351.87181.0761.71060.1272-0.3391-0.2710.20650.0761-0.33920.27190.3869-0.20330.06740.0599-0.0680.1930.0150.136318.860520.728117.1968
25.75182.4963-0.32199.57311.3510.68280.23260.2115-0.4335-0.3859-0.1299-0.22660.03490.315-0.10270.18340.1506-0.07390.3593-0.0740.268121.044616.2989.6048
33.609-0.91221.5831.6733-0.81741.45390.33330.3756-1.03350.0593-0.147-0.11080.38060.4226-0.18620.29880.1175-0.05780.2101-0.06160.48238.16667.81599.5929
41.611-1.3134-0.0462.1647-0.47234.581-0.0918-0.1156-0.6312-0.03090.20550.28470.4965-0.1747-0.11370.0686-0.0090.02850.03580.02470.3125-6.86529.325817.6952
53.88060.3018-0.79761.03430.38221.2784-0.1208-0.1524-0.16540.05090.12780.15870.1548-0.0459-0.0070.11930.07680.00120.10960.05230.0841-5.882421.483423.8229
62.2491-0.1287-0.53661.3138-0.62211.16620.0838-0.22960.1037-0.03850.0850.178-0.1831-0.2174-0.16880.05730.05340.01850.10990.01460.0545-21.314539.144914.7357
75.86930.19591.13262.98340.11082.49030.09450.24470.5064-0.30170.02060.0634-0.2702-0.2491-0.11510.11830.08330.07220.09620.07260.1193-20.236742.393510.2589
82.30710.00920.46161.4221-0.6651.85280.0199-0.21840.7857-0.08780.0627-0.0353-0.30410.0254-0.08260.1179-0.0040.09050.0562-0.07590.32750.641350.116710.4249
93.3976-0.1131.28966.9067-3.33454.88980.1539-0.7560.39660.5006-0.0321-0.1014-0.61990.0752-0.12170.1257-0.06430.03890.3356-0.23830.18427.662445.629327.3864
105.49711.01282.43091.40240.88723.44590.3853-0.5074-0.07710.0719-0.1449-0.08570.1597-0.1762-0.24040.06960.00170.01650.09040.0160.0394-4.462833.284518.8245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2A128 - 153
3X-RAY DIFFRACTION3A154 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4A180 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5A280 - 339
6X-RAY DIFFRACTION6B-2 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8B154 - 252
9X-RAY DIFFRACTION9B253 - 317
10X-RAY DIFFRACTION10B318 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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