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- PDB-6brr: Crystal structure of DNMT3A (R836A)-DNMT3L in complex with DNA co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6brr
タイトルCrystal structure of DNMT3A (R836A)-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNMT3A / DNMT3L / DNA methylation / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding ...retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / XY body / response to vitamin A / cellular response to ethanol / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / lncRNA binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / hepatocyte apoptotic process / male meiosis I / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / DNA methylation / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / response to cocaine / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / euchromatin / placenta development / neuron differentiation / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription corepressor activity / response to estradiol / cellular response to hypoxia / spermatogenesis / methylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNMT3, ADD PHD zinc finger / DNMT3, cysteine rich ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zhang, Z.M. / Song, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis for DNMT3A-mediated de novo DNA methylation.
著者: Zhang, Z.M. / Lu, R. / Wang, P. / Yu, Y. / Chen, D. / Gao, L. / Liu, S. / Ji, D. / Rothbart, S.B. / Wang, Y. / Wang, G.G. / Song, J.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
E: DNA (25-MER)
F: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7538
ポリマ－128,9856
非ポリマー7692
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13960 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area44890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)205.005, 205.005, 89.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / DNA methyltransferase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 32629.602 Da / 分子数: 2 / 変異: R836A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 24163.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7698.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
配列の詳細there is apparently an error in the reference sequence Q9Y6K1, as Ser 332 was not observed in any ...there is apparently an error in the reference sequence Q9Y6K1, as Ser 332 was not observed in any other published DNMT3L structures

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4 and 5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→20 Å / Num. obs: 28270 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.97→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 1.205

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QRV

2qrv


解像度: 2.97→19.955 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1994 7.05 %
Rwork0.1987 --
obs0.2017 28270 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→19.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7182 1020 52 0 8254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66511868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8693154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9701-3.04420.34361350.3311848X-RAY DIFFRACTION97
3.0442-3.12620.37321480.31541910X-RAY DIFFRACTION99
3.1262-3.21780.34011410.30571903X-RAY DIFFRACTION99
3.2178-3.32120.30821430.27531893X-RAY DIFFRACTION99
3.3212-3.43930.2971430.24091860X-RAY DIFFRACTION97
3.4393-3.57630.27141460.23321904X-RAY DIFFRACTION99
3.5763-3.73810.27321440.2151876X-RAY DIFFRACTION99
3.7381-3.93370.23281450.20131910X-RAY DIFFRACTION99
3.9337-4.17810.24741450.18881870X-RAY DIFFRACTION99
4.1781-4.49720.20071460.17271880X-RAY DIFFRACTION98
4.4972-4.94360.22521430.17311875X-RAY DIFFRACTION98
4.9436-5.64470.25391400.18821840X-RAY DIFFRACTION97
5.6447-7.0590.23951380.2031878X-RAY DIFFRACTION98
7.059-19.9550.1961370.16311829X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7149-2.3197-0.28864.8522.33061.9607-0.01740.1802-1.01170.24220.05460.57470.8185-0.5450.26070.9777-0.02380.03480.7918-0.03160.9811-13.8993-80.376119.8529
24.935-0.4317-0.45193.30550.43094.27920.16790.4914-0.5705-0.1331-0.2232-0.40540.5590.55560.06520.67380.112-0.03360.73870.00530.7385-1.2697-76.57513.2259
35.9786-2.59930.19144.29911.77223.8750.5311.3599-0.1258-0.8776-0.63550.3827-0.0517-0.35030.05550.72120.1401-0.01651.0431-0.04770.7248-17.8383-63.95241.8312
44.7167-0.808-0.81334.60420.14333.09490.30460.32210.0389-0.0617-0.22150.12520.1597-0.1430.00330.6172-0.0293-0.01130.8764-0.01130.5488-16.5476-65.032412.4621
54.5256-2.26151.55164.4415-0.152.82250.23140.5673-1.83461.7551-0.1635-0.25742.38531.5055-0.07651.92280.6779-0.32851.4077-0.06031.714126.094-107.521614.4607
60.57571.3370.2523.44651.21373.77430.88651.10530.3254-0.3187-0.9991-1.76621.41552.74450.02380.95840.55710.00891.75170.19791.60828.4624-90.8243.9043
74.0897-1.68810.12684.94430.42923.49330.25510.298-0.3682-0.4106-0.4855-0.37740.31750.45570.37970.73810.22410.03481.11960.04491.185819.5763-86.62788.5643
89.25954.44428.312.40693.95437.55130.20161.199-1.31931.1782-0.00520.2728-0.46871.9979-0.16840.76680.2505-0.09121.83960.10771.615532.4517-79.598516.5076
91.89210.6460.4352.26550.5730.2326-0.29650.1065-0.00280.0768-0.0193-0.89480.10440.49560.44931.3801-0.0868-0.06721.29130.3651.644131.7555-78.771120.2921
102.6494-3.64010.53824.2295-0.27590.4017-0.23080.4037-0.2273-0.03380.0591-0.80710.23040.91180.25661.32620.29660.03611.39910.27161.519233.9301-92.245312.0676
114.7041-1.11650.17162.24710.49262.99960.20970.19620.2119-0.10310.00910.0056-0.3866-0.3301-0.06750.7780.02860.0830.6978-0.03250.6631-38.9739-40.783618.9241
123.5524-0.26450.87941.99380.33412.183-0.0656-0.12631.12160.1485-0.1013-0.1068-0.6912-0.03790.05581.0990.03910.12210.6765-0.04440.9774-35.6231-29.082628.6289
134.2372-2.20542.55251.3101-1.4271.2031-0.9817-0.69180.3491.71331.09090.1596-1.1111-0.35640.01511.33960.04060.12740.8942-0.18240.9375-33.5975-29.510839.3048
145.7703-3.03270.55952.1236-1.54232.4467-0.1829-0.2446-0.23640.38770.25440.5738-0.3626-0.2214-0.08890.9982-0.10240.03560.8464-0.10260.8399-31.8799-46.256139.4425
153.3437-0.3304-0.194.0566-1.11232.8997-0.1935-0.37680.22180.67650.1409-1.1763-0.21450.4052-0.05660.8965-0.1051-0.05680.9076-0.13530.9617-11.6919-51.152836.7867
163.2451-2.12671.21323.03670.73091.9393-0.0093-0.39310.16780.20250.112-0.1238-0.5047-0.1254-0.02880.7244-0.03710.03510.6278-0.09170.5918-28.1416-48.22827.7322
170.6778-0.750.91561.0454-1.13521.33980.4569-0.61.8072-0.3325-0.0635-0.3328-1.0728-0.31660.02331.77980.31050.00161.0115-0.1832.184-48.4331-1.100830.4658
181.92510.07450.47833.44780.41473.94380.2480.05161.37690.16240.23970.1257-0.8202-0.213-0.24831.29540.16740.23790.669-0.00291.6183-41.2251-9.371927.0729
191.93512.04761.99082.0145-7.38034.7392-0.7131-0.12781.14760.10980.50872.56110.07432.2213-1.52321.72040.15260.59460.89630.32722.1158-34.8205-0.659714.9841
204.7387-3.10335.6278.8209-2.35627.24220.38952.35751.05-0.72321.40010.2907-2.3651-1.7831-0.23241.84470.25150.44782.01050.09721.4383-43.3438-2.243510.2538
214.89316.4047-2.04828.4845-2.60090.86641.01721.33420.4724-0.059-0.0753-1.2682-1.47070.0267-0.36372.0275-0.11220.5141.1140.43811.7129-24.1171-1.607110.9318
221.312-1.83460.96872.307-1.04741.59570.4747-0.8691-1.371-0.6819-0.1676-0.5462-0.6187-0.2232-0.2851.91860.22070.40630.9448-0.01481.7047-43.07554.034820.7668
230.94640.0015-0.07130.35660.42640.26362.2031-2.41940.50921.18191.4519-1.3265-0.12430.3542-0.33751.7237-0.1098-0.2321.4885-0.32471.4319-15.8014-33.702947.5066
241.4294-0.8117-0.40660.79020.4302-0.16690.6062-0.1140.949-0.1671-0.0416-1.1553-0.5230.4106-0.36631.0499-0.22390.13241.18090.03311.5533-4.9897-36.332623.9749
251.1773-0.5314-2.96041.59282.50537.78491.16570.74310.7864-0.26150.0091-0.6175-0.92930.4538-0.77131.0576-0.05730.18471.45770.15741.1661-5.3271-46.94355.8017
263.6272-4.4931-1.16226.55760.60165.56650.66310.48180.6052-2.1039-0.34290.4051-0.22060.0342-0.62461.36470.25840.14711.74750.0511.30032.0133-60.8387-7.8463
274.2527-1.6416-3.4314.3092-1.45285.40860.26170.82750.7751-0.3293-0.5027-0.4624-0.18620.49110.14620.77860.07520.20881.15320.20611.0323-1.8795-55.1659-1.2477
282.7217-1.2106-1.8033.16933.0251.29930.2556-0.4021.29260.63660.4296-1.0719-0.01330.1561-0.77421.4465-0.2279-0.07511.0406-0.15831.4531-10.1057-34.242631.8373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 628 through 656 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 657 through 784 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 785 through 852 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 853 through 912 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 179 through 191 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 192 through 205 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 206 through 311 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 312 through 325 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 326 through 349 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 350 through 379 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 628 through 698 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 699 through 762 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 763 through 784 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 785 through 818 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 819 through 857 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 858 through 912 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 186 through 201 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 202 through 309 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 310 through 325 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 326 through 339 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 340 through 348 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 349 through 378 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 422 through 426 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 428 through 435 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 436 through 440 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 441 through 446 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 422 through 433 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 434 through 446 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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