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- PDB-6bpp: E. coli MsbA in complex with LPS and inhibitor G092 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bpp
タイトルE. coli MsbA in complex with LPS and inhibitor G092
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードLIPID TRANSPORT / ABC transporter / inhibitor / LPS / MsbA
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / ABC-type oligopeptide transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / LAURIC ACID / Chem-E1M / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / ATP-dependent lipid A-core flippase / ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Ho, H. / Koth, C.M. / Payandeh, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis for dual-mode inhibition of the ABC transporter MsbA.
著者: Ho, H. / Miu, A. / Alexander, M.K. / Garcia, N.K. / Oh, A. / Zilberleyb, I. / Reichelt, M. / Austin, C.D. / Tam, C. / Shriver, S. / Hu, H. / Labadie, S.S. / Liang, J. / Wang, L. / Wang, J. / ...著者: Ho, H. / Miu, A. / Alexander, M.K. / Garcia, N.K. / Oh, A. / Zilberleyb, I. / Reichelt, M. / Austin, C.D. / Tam, C. / Shriver, S. / Hu, H. / Labadie, S.S. / Liang, J. / Wang, L. / Wang, J. / Lu, Y. / Purkey, H.E. / Quinn, J. / Franke, Y. / Clark, K. / Beresini, M.H. / Tan, M.W. / Sellers, B.D. / Maurer, T. / Koehler, M.F.T. / Wecksler, A.T. / Kiefer, J.R. / Verma, V. / Xu, Y. / Nishiyama, M. / Payandeh, J. / Koth, C.M.
履歴
登録2017年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年9月12日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,53620
ポリマ－128,9732
非ポリマー9,56318
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20020 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area50200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)256.286, 89.786, 72.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 64486.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌)
株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: msbA, c1054 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: Q8FJB1, UniProt: P60753*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[L-glycero- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)]L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1843.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3[DGlcpa1-6]DGlcpa1-3[LDmanHep1-7]LDmanHep1-3LDmanHep1-5[DKdopa2-4]DKdopa2-6DGlcpNb1-6DGlcpNa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,10,9/[a2122h-1a_1-5_2*N][a2122h-1b_1-5_2*N][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-3-3-4-4-5-5-5-4/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1_e3-f1_f3-g1_f7-j1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpN]{[(6+1)][b-D-GlcpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-E1M / (2E)-3-{6-[(1S)-1-(3-amino-2,6-dichlorophenyl)ethoxy]-4-cyclopropylquinolin-3-yl}prop-2-enoic acid


分子量: 443.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20Cl2N2O3
#4: 化合物
ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#6: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM NaCl, 19% PEG 550 MME, 4% PEG 400, 100 mM HEPES, pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→38.2 Å / Num. obs: 32865 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.81
反射 シェル解像度: 2.92→2.97 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 2137 / CC1/2: 0.507 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.92→38.167 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1630 4.96 %
Rwork0.258 --
obs0.2591 32865 91.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→38.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8513 0 338 0 8851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79212141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.535395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9204-3.00630.41341010.35882036X-RAY DIFFRACTION71
3.0063-3.10330.36691050.34542457X-RAY DIFFRACTION86
3.1033-3.21410.42151030.31582552X-RAY DIFFRACTION90
3.2141-3.34270.34671220.30162597X-RAY DIFFRACTION91
3.3427-3.49480.34691310.28082436X-RAY DIFFRACTION86
3.4948-3.67890.33951210.27422722X-RAY DIFFRACTION96
3.6789-3.90920.30681500.24442759X-RAY DIFFRACTION97
3.9092-4.21060.24961490.23322709X-RAY DIFFRACTION96
4.2106-4.63370.24981580.22012648X-RAY DIFFRACTION94
4.6337-5.30270.23491520.22692794X-RAY DIFFRACTION98
5.3027-6.6750.31131530.29912746X-RAY DIFFRACTION96
6.675-38.170.23521850.23532779X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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