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- PDB-6bph: Crystal structure of the chromodomain of RBBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bph
タイトルCrystal structure of the chromodomain of RBBP1
要素AT-rich interactive domain-containing protein 4A
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Crystal structure of the chromodomain of RBBP1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell population maintenance / erythrocyte development / transcription repressor complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spermatogenesis ...establishment of Sertoli cell barrier / genomic imprinting / negative regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell population maintenance / erythrocyte development / transcription repressor complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spermatogenesis / Potential therapeutics for SARS / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain ...: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of chromo barrel domain of RBBP1.
著者: Lei, M. / Feng, Y. / Zhou, M. / Yang, Y. / Loppnau, P. / Li, Y. / Yang, Y. / Liu, Y.
履歴
登録2017年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,06818
ポリマ－8,0681
非ポリマー017
水43224
1
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4A

A: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,13636
ポリマ－16,1362
非ポリマー034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.493, 41.493, 81.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

UNX

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要素

#1: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 4A / ARID domain-containing protein 4A / Retinoblastoma-binding protein 1 / RBBP-1


分子量: 8068.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID4A, RBBP1, RBP1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P29374
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 17 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.97 Å / Num. obs: 7057 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 25.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 26.2 / Num. measured all: 92703 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8413.31.07751743900.9190.31.1193.398.8
9-36.978.70.0267288410.0090.02769.799.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LCC

2lcc


解像度: 1.85→36.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
詳細: ARP/WARP was used for automated model re-building. REFMAC during intermediate iterations of model refinement.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 312 4.79 %
Rwork0.206 --
obs0.207 6508 99.5 %
原子変位パラメータBiso max: 85.75 Å2 / Biso mean: 31.08 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1544 Å20 Å20 Å2
2---4.1544 Å20 Å2
3---8.3087 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数522 0 17 24 563
Biso mean--29.86 37.93 -
残基数----66
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d184SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes11HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes82HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it556HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion70SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact627SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d556HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg763HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.25
LS精密化 シェル解像度: 1.85→2.07 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 85 4.75 %
Rwork0.182 1703 -
all-1788 -
obs--98.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.7367 Å / Origin y: 19.7027 Å / Origin z: 4.4266 Å
111213212223313233
T-0.0358 Å20.015 Å20.0203 Å2--0.0123 Å20.0308 Å2---0.046 Å2
L1.2508 °2-0.319 °2-0.503 °2-1.877 °2-0.74 °2--2.9854 °2
S0.0648 Å °0.0399 Å °0.0995 Å °0.0721 Å °0.0514 Å °0.0566 Å °-0.2011 Å °-0.1689 Å °-0.1162 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|570 - A|635 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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