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- PDB-6bpd: Plasmodium vivax invasion blocking monoclonal antibody 10B12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bpd
タイトルPlasmodium vivax invasion blocking monoclonal antibody 10B12
要素
  • Monoclonal antibody 10B12 Fab heavy chain
  • Monoclonal antibody 10B12 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium vivax / invasion / malaria / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Gruszczyk, J. / Chan, L.J. / Tham, W.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of an essential Plasmodium vivax invasion complex.
著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / ...著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / Zhiheng Yu / Wai-Hong Tham /
要旨: Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. ...Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) and transferrin receptor 1 (TfR1). TfR1-deficient erythroid cells are refractory to invasion by P. vivax, and anti-PvRBP2b monoclonal antibodies inhibit reticulocyte binding and block P. vivax invasion in field isolates. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of a ternary complex of PvRBP2b bound to human TfR1 and transferrin, at 3.7 Å resolution. Mutational analyses show that PvRBP2b residues involved in complex formation are conserved; this suggests that antigens could be designed that act across P. vivax strains. Functional analyses of TfR1 highlight how P. vivax hijacks TfR1, an essential housekeeping protein, by binding to sites that govern host specificity, without affecting its cellular function of transporting iron. Crystal and solution structures of PvRBP2b in complex with antibody fragments characterize the inhibitory epitopes. Our results establish a structural framework for understanding how P. vivax reticulocyte-binding protein engages its receptor and the molecular mechanism of inhibitory monoclonal antibodies, providing important information for the design of novel vaccine candidates.
履歴
登録2017年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoclonal antibody 10B12 Fab heavy chain
B: Monoclonal antibody 10B12 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1822
ポリマ－52,1822
非ポリマー00
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.540, 42.660, 105.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Monoclonal antibody 10B12 Fab heavy chain


分子量: 25463.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Monoclonal antibody 10B12 Fab light chain


分子量: 26718.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% (w/v) PEG 4,000, 0.1 M sodium citrate/citric acid, 20% (v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50.25 Å / Num. obs: 19567 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1882 / CC1/2: 0.539 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Blu-Iceデータ収集
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.2.7データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
PHENIX1.11.1_2575モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EN2

5en2


解像度: 2.32→44.525 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 935 5.13 %
Rwork0.2108 --
obs0.2136 18236 92.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.16 Å2 / Biso mean: 40.7956 Å2 / Biso min: 10.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→44.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 0 178 3234
Biso mean---35.35 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9944266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5621836
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.32-2.44230.35421130.29942154226782
2.4423-2.59530.35491040.28262274237886
2.5953-2.79570.33621390.26042380251991
2.7957-3.0770.29561360.24252511264794
3.077-3.5220.27191350.20552634276998
3.522-4.43680.22131560.17092606276299
4.4368-44.5330.2141520.17952742289499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32742.53821.87712.8103-0.19115.3004-0.0089-0.38451.32060.96030.08080.3795-0.0487-0.4727-0.14610.3556-0.0076-0.0390.13210.07010.3992-7.733119.913139.2556
21.86280.0413-1.3061.6422-0.62841.68630.0914-0.08520.24420.04680.15430.2707-0.3814-0.342-0.1880.35660.04760.0180.1322-0.04120.2379-7.946315.192345.6858
36.71471.88810.49574.6955-1.1065.18080.06580.9601-0.195-0.4952-0.0187-0.0855-0.03670.0657-0.18950.2084-0.0075-0.01490.1887-0.08080.2046-7.2254.688237.5172
42.86090.3149-0.72462.53910.11942.80950.1483-0.33670.0170.10410.144-0.10150.10280.1138-0.14930.23990.02910.03250.14880.03090.2003-9.6845.526250.2276
56.4656-2.0461-2.68962.82971.16692.1542-0.1040.02320.09010.7559-0.1310.10730.20040.05720.06270.18680.08860.09210.02730.08340.2626-3.917113.100648.6091
65.8705-2.11020.56195.39341.07433.9435-0.25480.2202-0.4022-0.44790.3230.2596-0.0746-0.04150.00530.2751-0.0728-0.00880.08870.01730.1754-2.9458.532637.6652
73.22852.6408-4.133.5643-1.60878.5367-0.05820.31461.12510.70240.74070.8857-0.455-2.0503-0.03760.4290.06-0.10350.59450.07640.4355-13.021315.468135.7385
81.8027-0.4495-1.64650.85410.90572.4171-0.22630.188-0.4053-0.31170.0905-0.19060.06620.07350.18630.2259-0.06280.02220.2415-0.0150.196115.320514.872327.9697
90.91930.2446-0.87010.6941.09627.73290.02450.0476-0.0383-0.5620.08740.2616-0.5380.2145-0.0160.51110.0126-0.00720.21770.03070.174313.915617.268618.698
102.4288-0.84630.92133.84681.32376.2380.0396-0.145-0.0314-0.39490.12570.1208-0.1258-0.8511-0.16640.2985-0.0211-0.01760.21760.0030.23811.010613.270519.8342
117.5363.95-3.17118.45680.34671.97670.35241.18310.2372-0.7260.1944-0.42750.1246-0.1452-0.29390.9613-0.10550.06460.39320.05060.410815.637520.20261.9193
121.5840.65471.38711.0432-0.09891.9856-0.04810.20160.2563-0.73730.5397-0.1755-0.96750.2924-0.07330.6425-0.0560.06510.23110.06880.338718.760323.64119.0554
132.7453-1.1713-0.51352.9234-0.43352.337-0.03030.6279-0.0147-0.1455-0.3177-0.33650.52660.26110.2240.30160.0237-0.05240.473-0.07630.3591-11.9862-1.777521.7065
143.7528-0.911.42364.5688-2.26036.88760.65890.1525-0.4389-0.1550.39060.75610.8944-0.8759-0.45990.4423-0.0834-0.13460.36290.00750.3779-21.2461-3.507828.6075
154.2699-0.7119-0.53295.89463.58782.68250.4672-0.65721.1491-0.2438-0.44940.6191-1.4483-0.26780.23730.6104-0.146-0.1070.7333-0.06340.8029-14.817411.668229.6853
166.14211.7476-3.37219.2308-3.99975.54990.69160.25930.3983-0.1552-0.41291.6959-0.4405-0.4226-0.73390.55710.0286-0.11420.68810.2720.5222-26.58874.970828.2724
177.13572.2146-0.43264.4023-0.6856.26020.54540.82920.8048-0.0130.65560.7644-0.1079-0.9307-0.67340.43420.0791-0.00610.51190.07710.3973-21.67313.941419.3192
183.6593-1.5672.28433.06231.86214.73870.25090.0946-0.2169-0.29040.05310.01370.4952-0.108-0.25410.2559-0.0188-0.00420.1607-0.00460.2858-14.419-0.275331.4843
195.11220.32150.94221.51350.65352.63760.3661-0.153-0.55420.02490.0002-0.34990.3494-0.3053-0.36830.3985-0.0697-0.07760.3028-0.00540.191310.51316.015911.1086
205.7955-1.3722-2.54669.35551.68312.936-0.16460.2507-1.38150.3277-0.0358-1.35411.01050.1312-0.34560.841-0.0142-0.25290.2264-0.11830.810318.0573-5.919613.1808
214.79270.27170.88444.67190.91073.41090.0247-0.34880.31610.7012-0.2527-0.1226-0.1075-0.22850.04140.412-0.14210.10370.3313-0.03350.20535.24565.2515.0857
221.00380.10380.1743.0129-0.31333.80440.2922-0.3056-0.46390.5580.0985-1.10521.13870.5734-0.41740.67650.2433-0.30270.338-0.05170.695423.07251.507418.3685
231.56351.137-0.00851.26340.55241.19850.00320.4813-0.4185-0.39150.2856-0.95230.07130.499-0.64581.01760.1174-0.442-0.1464-0.79860.396320.9712-2.99110.1876
245.15440.95420.81112.5049-0.03583.5730.17210.0747-1.2122-0.02620.3891-0.48340.41960.1999-0.51120.551-0-0.09220.2987-0.09690.395412.434-2.64945.26
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 21:29)A21 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 30:53)A30 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 54:69)A54 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 70:92)A70 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 93:106)A93 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 107:117)A107 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 127:131)A127 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 132:151)A132 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 160:179)A160 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 180:206)A180 - 206
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 207:218)A207 - 218
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 219:236)A219 - 236
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 20:35)B20 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 36:62)B36 - 62
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 63:74)B63 - 74
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 75:83)B75 - 83
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 84:110)B84 - 110
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 111:129)B111 - 129
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 130:170)B130 - 170
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 171:178)B171 - 178
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 179:198)B179 - 198
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 199:214)B199 - 214
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 215:220)B215 - 220
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 221:236)B221 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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