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- PDB-6boi: Crystal Structure of LdtMt2 (56-408) with a panipenem adduct at t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6boi
タイトルCrystal Structure of LdtMt2 (56-408) with a panipenem adduct at the active site cysteine-354
要素Putative conserved lipoprotein LppS
キーワードTRANSFERASE / L / D-Transpeptidase 2 / Carbapenem / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E0Y / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Conserved lipoprotein LppS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Saavedra, H. / Bianchet, M.A.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures and Mechanism of Inhibition of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidase 2 by Panipenem
著者: Saavedra, H. / Bianchet, M.A.
#1: ジャーナル: BMC Biochem. / 年: 2017
タイトル: Structural insight into the inactivation of Mycobacterium tuberculosis non-classical transpeptidase LdtMt2 by biapenem and tebipenem.
著者: Bianchet, M.A. / Pan, Y.H. / Basta, L.A.B. / Saavedra, H. / Lloyd, E.P. / Kumar, P. / Mattoo, R. / Townsend, C.A. / Lamichhane, G.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Loss of a Functionally and Structurally Distinct ld-Transpeptidase, LdtMt5, Compromises Cell Wall Integrity in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Brammer Basta, L.A. / Ghosh, A. / Pan, Y. / Jakoncic, J. / Lloyd, E.P. / Townsend, C.A. / Lamichhane, G. / Bianchet, M.A.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Targeting the cell wall of Mycobacterium tuberculosis: structure and mechanism of L,D-transpeptidase 2.
著者: Erdemli, S.B. / Gupta, R. / Bishai, W.R. / Lamichhane, G. / Amzel, L.M. / Bianchet, M.A.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative conserved lipoprotein LppS
B: Putative conserved lipoprotein LppS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,58019
ポリマ－75,4462
非ポリマー2,13417
水8,791488
1
A: Putative conserved lipoprotein LppS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,01912
ポリマ－37,7231
非ポリマー1,29611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative conserved lipoprotein LppS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5617
ポリマ－37,7231
非ポリマー8386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.060, 94.060, 75.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative conserved lipoprotein LppS


分子量: 37722.855 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 56-407 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: lppS, MRA_2545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U5L6

-
非ポリマー , 5種, 505分子

#2: 化合物 ChemComp-E0Y / (3S,5R)-5-[(2R,3R)-1,3-dihydroxybutan-2-yl]-3-({(3R)-1-[(1E)-ethanimidoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-L-proline


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 345.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27N3O4S
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 17% v/v PEG mono-methyl ester 5000 and 180 mM ammonium sulfate, Crystals were soaked in 4 mM of panipenem for 15 minutes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.102→51.175 Å / Num. obs: 45570 / % possible obs: 91.94 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D7H

5d7h


解像度: 2.102→51.175 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2297 5.04 %
Rwork0.1618 --
obs0.1638 45570 91.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→51.175 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5316 0 134 488 5938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1347653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.643217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1019-2.14760.2618860.19521615X-RAY DIFFRACTION55
2.1476-2.19760.24581060.20111857X-RAY DIFFRACTION64
2.1976-2.25260.24171140.19692091X-RAY DIFFRACTION72
2.2526-2.31350.24541150.1942511X-RAY DIFFRACTION85
2.3135-2.38150.26391450.18722897X-RAY DIFFRACTION99
2.3815-2.45840.22811640.19192895X-RAY DIFFRACTION99
2.4584-2.54630.24051530.18632931X-RAY DIFFRACTION99
2.5463-2.64820.26741630.18672911X-RAY DIFFRACTION100
2.6482-2.76870.2351640.17812914X-RAY DIFFRACTION99
2.7687-2.91470.21991410.17612957X-RAY DIFFRACTION100
2.9147-3.09730.20151470.16342936X-RAY DIFFRACTION100
3.0973-3.33640.20161500.16022933X-RAY DIFFRACTION100
3.3364-3.67210.18831630.15092939X-RAY DIFFRACTION100
3.6721-4.20320.16941340.14242963X-RAY DIFFRACTION100
4.2032-5.29470.16681830.13082935X-RAY DIFFRACTION100
5.2947-51.19010.18921690.16592988X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22453.11160.2317.59613.0464.486-0.16720.097-0.088-0.01730.1851-0.02310.05080.14590.01510.24440.05050.01790.34990.03540.24411.462927.44220.337
21.95070.7079-1.34811.49-0.53954.8472-0.00160.0556-0.0537-0.1019-0.0096-0.0252-0.03310.20190.01570.20950.0313-0.02720.1583-0.00820.20629.158439.864530.9599
32.05710.19160.26792.0647-0.42841.6590.1453-0.34050.15150.2568-0.2784-0.1804-0.24110.12550.1310.3103-0.06140.00150.2648-0.01570.25613.916246.104754.4027
42.7156-2.6371-0.09746.39912.81393.3803-0.02130.04280.05970.1697-0.0067-0.17070.0490.08140.03770.2283-0.04020.02980.20820.0220.23969.560212.536735.6958
51.2567-0.73051.41161.5396-0.78425.1274-0.0596-0.0315-0.0654-0.00660.19330.0607-0.0868-0.0657-0.12480.2255-0.05430.03870.2843-0.0070.284610.98740.20224.9382
61.8485-0.2380.46493.2952-1.14941.25830.33280.119-0.1615-0.4247-0.3265-0.13340.20980.14770.00710.3694-0.0067-0.04040.3611-0.0150.303617.7827-6.1324-18.17
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 56:147))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 148:252))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 253:407))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 56:147))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 148:252))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resseq 253:407))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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