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万見
- PDB-6bnf: Crystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bnf
タイトルCrystal structure of the intrinsic colistin resistance enzyme ICR(Mc) from Moraxella catarrhalis, catalytic domain, mono-zinc complex
要素Phosphoethanolamine transferase
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / colistin / polymyxin / phosphoethanolamine transferase / sulfatase fold / alpha/beta protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine transferase, N-terminal / Phosphoethanolamine transferase EptA/EptB / Phosphoethanolamine transferase / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Phosphoethanolamine transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Substrate recognition by a colistin resistance enzyme from Moraxella catarrhalis.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Zubyk, H.L. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoethanolamine transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,85813
ポリマ－37,9711
非ポリマー88712
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.272, 148.272, 148.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-882-

HOH

21A-898-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphoethanolamine transferase


分子量: 37971.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella sp. HMSC061H09 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF2573_04170 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: A0A1E9VP98

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非ポリマー , 6種, 216分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.2 M ammonium sulfate, soaking 2.5 mM zinc chloride for 30 minutes. Cryoprotectant 8% glycerol, 8% ethylene glycol, 8% sucrose.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.27424 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27424 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→104.84 Å / Num. obs: 24451 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 76.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 66.5 % / Rmerge(I) obs: 3.941 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1766 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.672 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXphenix.phaser位相決定
PHENIXphenix.autosolモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BNE

6bne


解像度: 2.33→60.532 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 2163 5.04 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2105 42891 95.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→60.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 53 204 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2743689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.095966
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3302-2.38440.46441450.40822852X-RAY DIFFRACTION99
2.3844-2.4440.43651410.38452751X-RAY DIFFRACTION96
2.444-2.51010.39721350.36792739X-RAY DIFFRACTION97
2.5101-2.58390.41491420.35682729X-RAY DIFFRACTION96
2.5839-2.66730.39961480.34322688X-RAY DIFFRACTION95
2.6673-2.76270.35271230.3172738X-RAY DIFFRACTION94
2.7627-2.87330.31191500.29742672X-RAY DIFFRACTION95
2.8733-3.0040.32761310.26982664X-RAY DIFFRACTION94
3.004-3.16240.31971810.24362598X-RAY DIFFRACTION93
3.1624-3.36050.25961280.22292667X-RAY DIFFRACTION93
3.3605-3.620.22241250.2012629X-RAY DIFFRACTION92
3.62-3.98420.20691770.16362635X-RAY DIFFRACTION93
3.9842-4.56060.17441340.13472742X-RAY DIFFRACTION96
4.5606-5.74510.19331540.14542766X-RAY DIFFRACTION98
5.7451-60.55220.2241490.19292858X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26660.83991.19154.52030.80911.43760.25270.2179-0.04870.2766-0.2186-0.19320.160.1877-0.0390.38470.15060.00130.5592-0.00460.4362-1.711633.473-22.7524
22.76841.96880.73592.97950.14463.63720.01920.42910.12160.19250.07460.3756-0.3267-0.3621-0.04060.40630.10090.07790.4610.02860.4616-6.985947.9952-23.9186
36.42831.9414-0.03393.0643-0.64121.14920.25880.9087-0.1171-0.0033-0.03610.1084-0.01410.2631-0.19880.35710.11510.01690.6693-0.05120.3766-15.649435.7948-33.6798
46.28511.7736-1.28552.8043-1.32972.10.1220.2105-0.50730.0508-0.1085-0.35130.13670.33660.01620.33230.1146-0.00750.5068-0.08230.4423-2.379128.767-23.1572
56.62034.2708-3.13728.53630.45988.84370.40820.37410.58111.1648-0.0195-1.9436-0.08121.191-0.34830.56780.1537-0.28160.9013-0.06011.227912.026431.1383-22.2775
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 243:342)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 343:383)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 384:488)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 489:566)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 567:578)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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