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- PDB-6bly: Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.36A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bly
タイトルCryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.36A resolution
要素
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
  • pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
キーワードPROTEIN BINDING / polyadenylation / scaffolding protein / WD40
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / spermatogenesis / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Sun, Y. / Zhang, Y. / Hamilton, K. / Walz, T. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for the recognition of the human AAUAAA polyadenylation signal.
著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Keith Hamilton / James L Manley / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong /
要旨: Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA ...Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA polyadenylation signal (PAS), and the molecular mechanism of this recognition has been a long-standing problem. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a quaternary complex of human CPSF-160, WDR33, CPSF-30, and an AAUAAA RNA at 3.4-Å resolution. Strikingly, the AAUAAA PAS assumes an unusual conformation that allows this short motif to be bound directly by both CPSF-30 and WDR33. The A1 and A2 bases are recognized specifically by zinc finger 2 (ZF2) of CPSF-30 and the A4 and A5 bases by ZF3. Interestingly, the U3 and A6 bases form an intramolecular Hoogsteen base pair and directly contact WDR33. CPSF-160 functions as an essential scaffold and preorganizes CPSF-30 and WDR33 for high-affinity binding to AAUAAA. Our findings provide an elegant molecular explanation for how PAS sequences are recognized for mRNA 3'-end formation.
履歴
登録2017年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
B: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,6212
ポリマ－228,6212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area58750 Å2

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要素

#1: タンパク質 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 160 kDa subunit / CPSF 160 kDa subunit


分子量: 161074.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1, CPSF160 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10570
#2: タンパク質 pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / WD repeat-containing protein 33 / WD repeat-containing protein WDC146


分子量: 67546.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33, WDC146 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9C0J8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary complex of human CPSF-160-WDR33 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.225 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5mM DTT
緩衝液成分濃度: 0.38 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl
試料濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 225000 X / 倍率（補正後）: 46729 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2468
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
9PHENIXモデル精密化
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1144122
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 456310 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00812563
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.98317047
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8047478
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0591904
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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