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- PDB-6bk6: Crystal structure of Hendra virus matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bk6
タイトルCrystal structure of Hendra virus matrix protein
要素Hendra virus matrix protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Hendra virus / viral assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


virion assembly / virion component / structural constituent of virion / host cell cytoplasm / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Paramyxoviridae matrix protein C-terminal domain / Viral matrix protein / Viral matrix protein, C-terminal domain / Viral matrix protein, N-terminal domain / Paramyxoviridae matrix protein N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Matrix protein / Matrix protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hendra henipavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, Y.C.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Electrostatic Interactions between Hendra Virus Matrix Proteins Are Required for Efficient Virus-Like-Particle Assembly.
著者: Liu, Y.C. / Grusovin, J. / Adams, T.E.
履歴
登録2017年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hendra virus matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3032
ポリマ－42,2441
非ポリマー591
水1,11762
1
A: Hendra virus matrix protein
ヘテロ分子

A: Hendra virus matrix protein
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, The organisation of the dimeric Hendra matrix protein is similar to structurally characterised matrix proteins of paramyxoviruses, including RSV, NDV, and hMPV., gel filtration, Gel ...根拠: homology, The organisation of the dimeric Hendra matrix protein is similar to structurally characterised matrix proteins of paramyxoviruses, including RSV, NDV, and hMPV., gel filtration, Gel filtration chromatography analysis indicated higher oligomeric state of Hendra virus matrix protein.
  • 84.6 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6064
ポリマ－84,4872
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area4870 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.380, 60.380, 364.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Hendra virus matrix protein


分子量: 42243.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hendra henipavirus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F4YH69, UniProt: O89341*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ca-Acetate, 0.1 M imadazole pH 7.5, 5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953735 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→52.291 Å / Num. obs: 14447 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1583 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GIO

4gio


解像度: 2.5→52.291 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 708 4.9 %
Rwork0.2202 --
obs0.2216 14441 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→52.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 4 62 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.263161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.942889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.69310.29931210.27312680X-RAY DIFFRACTION99
2.6931-2.9640.31161400.26172682X-RAY DIFFRACTION99
2.964-3.39290.28941350.23172742X-RAY DIFFRACTION99
3.3929-4.27440.23111350.19632733X-RAY DIFFRACTION97
4.2744-52.3020.21781770.20972896X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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