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- PDB-6bjy: VSV Nucleocapsid with Polyamide Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bjy
タイトルVSV Nucleocapsid with Polyamide Bound
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (45-MER)
キーワードrna binding protein/rna / VSV / nucleocapisd / nucleocapsid-like particle / RNA BINDING PROTEIN / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleoprotein-like / Nucleoprotein / Rhabdovirus nucleoprotein-like fold / Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain / Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DV4 / URANYL (VI) ION / RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Gumpper, R.H. / Luo, M.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: A Polyamide Inhibits Replication of Vesicular Stomatitis Virus by Targeting RNA in the Nucleocapsid.
著者: Gumpper, R.H. / Li, W. / Castaneda, C.H. / Scuderi, M.J. / Bashkin, J.K. / Luo, M.
履歴
登録2017年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (45-MER)
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
E: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,91522
ポリマ－250,3966
非ポリマー4,51916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35190 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area96140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.480, 165.480, 234.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (45-MER)


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質
Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 47332.750 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (strain San Juan) (ウイルス)
株: San Juan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03521
#3: 化合物 ChemComp-DV4 / 4-{[4-(acetylamino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-N-{4-[(1-methyl-1H-pyrrol-3-yl)amino]-4-oxobutyl}-1H-imidazole-2-carboxamide


分子量: 468.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N8O4
#4: 化合物
ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 0.01% beta-OG, and 6% PEG 3350, 250 mM Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.46 Å / Num. obs: 38377 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.386 % / Biso Wilson estimate: 93.452 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 6.56 / Num. measured all: 168334 / Scaling rejects: 39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.46-3.554.3840.6662.7212368284628210.7160.75499.1
3.55-3.654.4310.5893.0312230278927600.7730.66699
3.65-3.754.4490.513.4511910271026770.820.57698.8
3.75-3.874.4380.4223.811535263425990.870.47798.7
3.87-44.4550.3624.3511289256725340.8920.40998.7
4-4.144.4270.2894.9810776247424340.9450.32698.4
4.14-4.294.4720.2355.8410483238423440.9620.26598.3
4.29-4.474.4040.2136.1610073233022870.960.24198.2
4.47-4.674.4210.1797.179584220721680.9680.20298.2
4.67-4.894.4380.167.859156211520630.970.18197.5
4.89-5.164.3790.1557.968684203219830.9730.17597.6
5.16-5.474.390.148.418311194518930.9810.15797.3
5.47-5.854.3810.1388.457706181117590.9780.15697.1
5.85-6.324.4130.1259.087237169416400.9840.14196.8
6.32-6.924.3530.1149.876612157615190.9870.12896.4
6.92-7.744.3030.10311.115874141513650.9850.11696.5
7.74-8.934.2570.09411.985160127212120.9880.10695.3
8.93-10.944.1630.09212.254363110310480.990.10395
10.94-15.474.1090.08812.133698748200.9890.09893.8
15.473.5790.111.0616145314510.9840.11384.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GIC

2gic


解像度: 3.46→46.295 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 33.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3107 1999 5.52 %
Rwork0.2656 --
obs0.2681 36199 92.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.46→46.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16517 900 49 0 17466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78924452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.26510694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4602-3.54670.36491310.31832252X-RAY DIFFRACTION87
3.5467-3.64250.31631320.3032259X-RAY DIFFRACTION87
3.6425-3.74970.36791350.28692297X-RAY DIFFRACTION88
3.7497-3.87060.34461350.27342307X-RAY DIFFRACTION89
3.8706-4.00890.35671390.2712365X-RAY DIFFRACTION90
4.0089-4.16930.31711390.26572397X-RAY DIFFRACTION92
4.1693-4.35890.30511430.26742436X-RAY DIFFRACTION93
4.3589-4.58850.33841450.25152468X-RAY DIFFRACTION94
4.5885-4.87570.28611460.24042526X-RAY DIFFRACTION96
4.8757-5.25170.32611480.24482538X-RAY DIFFRACTION96
5.2517-5.77930.28991490.262553X-RAY DIFFRACTION95
5.7793-6.61350.33341480.29652530X-RAY DIFFRACTION95
6.6135-8.32450.30661530.25882605X-RAY DIFFRACTION96
8.3245-46.29920.27511560.25752667X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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