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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bf9 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain | |||||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / IDE / amyloid beta / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / immunoglobulin complex / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / immunoglobulin complex / ubiquitin-modified protein reader activity / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process / amyloid-beta clearance / peroxisomal matrix / amyloid-beta metabolic process / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / Insulin receptor recycling / proteolysis involved in protein catabolic process / complement activation, classical pathway / Peroxisomal protein import / antigen binding / peptide binding / protein catabolic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / peroxisome / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / virus receptor activity / antibacterial humoral response / basolateral plasma membrane / adaptive immune response / endopeptidase activity / blood microparticle / Ub-specific processing proteases / external side of plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Liang, W.G. / Zhang, Z. / Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A. / Tan, Y.Z. / Wei, H. / Carragher, B. / Potter, S.C. / Tang, W.J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ensemble cryoEM elucidates the mechanism of insulin capture and degradation by human insulin degrading enzyme. 著者: Zhening Zhang / Wenguang G Liang / Lucas J Bailey / Yong Zi Tan / Hui Wei / Andrew Wang / Mara Farcasanu / Virgil A Woods / Lauren A McCord / David Lee / Weifeng Shang / Rebecca Deprez- ...著者: Zhening Zhang / Wenguang G Liang / Lucas J Bailey / Yong Zi Tan / Hui Wei / Andrew Wang / Mara Farcasanu / Virgil A Woods / Lauren A McCord / David Lee / Weifeng Shang / Rebecca Deprez-Poulain / Benoit Deprez / David R Liu / Akiko Koide / Shohei Koide / Anthony A Kossiakoff / Sheng Li / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Wei-Jen Tang / ![]() ![]() 要旨: Insulin degrading enzyme (IDE) plays key roles in degrading peptides vital in type two diabetes, Alzheimer's, inflammation, and other human diseases. However, the process through which IDE recognizes ...Insulin degrading enzyme (IDE) plays key roles in degrading peptides vital in type two diabetes, Alzheimer's, inflammation, and other human diseases. However, the process through which IDE recognizes peptides that tend to form amyloid fibrils remained unsolved. We used cryoEM to understand both the apo- and insulin-bound dimeric IDE states, revealing that IDE displays a large opening between the homologous ~55 kDa N- and C-terminal halves to allow selective substrate capture based on size and charge complementarity. We also used cryoEM, X-ray crystallography, SAXS, and HDX-MS to elucidate the molecular basis of how amyloidogenic peptides stabilize the disordered IDE catalytic cleft, thereby inducing selective degradation by substrate-assisted catalysis. Furthermore, our insulin-bound IDE structures explain how IDE processively degrades insulin by stochastically cutting either chain without breaking disulfide bonds. Together, our studies provide a mechanism for how IDE selectively degrades amyloidogenic peptides and offers structural insights for developing IDE-based therapies. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 483.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 398.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1017.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7093MC ![]() 7041C ![]() 7062C ![]() 7065C ![]() 7066C ![]() 7090C ![]() 7091C ![]() 7092C ![]() 5wobC ![]() 6b3qC ![]() 6b70C ![]() 6b7yC ![]() 6b7zC ![]() 6bf6C ![]() 6bf7C ![]() 6bf8C ![]() 6bfcC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111866.484 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 46-1011 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23057.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23087.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Insulin degrading enzyme / タイプ: COMPLEX 詳細: Cryo-EM structure of human Apo insulin degrading enzyme Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grids are homemade lacey gold nanowire grids / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: The cryo grids were made using Spotiton |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: The image was collected at 20-50 degree tilt | |||||||||
電子銃 | 電子線源: ![]() | |||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 46598 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 940 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE | |||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K / Residual tilt: 10 mradians | |||||||||
撮影 | Imaging-ID: 1 / 平均露光時間: 10 sec. / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
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画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3820 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 762283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110499 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 92 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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