PDB-6bek: Structure of sIHF bound to an 8bp palindromic DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bek

タイトル

Structure of sIHF bound to an 8bp palindromic DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')
SCO1480

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleic associated proteins / Streptomyces coelicolor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / chromosome condensation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / DNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Guarne, A. / Nanji, T.N. / Shen, Y.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Streptomyces IHF uses multiple interfaces to bind DNA.
著者: Nanji, T. / Gehrke, E.J. / Shen, Y. / Gloyd, M. / Zhang, X. / Firby, C.D. / Huynh, A. / Razi, A. / Ortega, J. / Elliot, M.A. / Guarne, A.

履歴

登録	2017年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bek.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bek.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bek_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bek_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	6bek_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	6bek_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6bek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6bek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4itqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2dat-d 2pxr-d 6nv6-4 3ery-1 6l9k-d 4j93-d 4m70-5 2qf4-1 1jkp-d 4e91-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SCO1480

B: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

D: SCO1480

E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

32.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SCO1480

B: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: SCO1480

E: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.260, 72.110, 103.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SCO1480 分子量: 11576.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: SCO1480 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KXR9
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPGPCPAPTPG)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.6, 0.2 M KSCN, 19% (w/v) PEG 3350, and 5% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月26日 / 詳細: Double silicon (111) crystal
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 35669 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.028 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1740 / CC_1/2: 0.977 / R_pim(I) all: 0.162 / Χ²: 0.695 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ITQ

4itq

解像度: 1.7→34.38 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	1665	4.76 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.2025	34996	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1369	644	2	338	2353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2133
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	2989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.247	877
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.285	136	0.2271	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.8065	0.2424	138	0.2192	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8711	0.2829	138	0.224	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.946	0.2532	140	0.2337	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-2.0345	0.2904	138	0.2278	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0345-2.1418	0.2497	141	0.2088	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.276	0.2551	138	0.2159	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.276-2.4516	0.2697	140	0.2105	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4516-2.6983	0.2375	141	0.2112	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6983-3.0885	0.2803	141	0.2229	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0885-3.8903	0.205	125	0.1913	2464	X-RAY DIFFRACTION	86
3.8903-34.3868	0.1967	149	0.1745	2996	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4717	0.2955	-2.3827	2.4904	-1.853	5.7269	-0.367	-1.1195	0.1435	0.8329	0.1698	-0.0748	-0.6938	0.37	-0.0864	0.5644	0.2974	-0.1856	0.6382	-0.2141	0.3045	47.9834	25.9586	161.2703
2	2.9694	-1.7296	-0.2826	3.5922	0.3525	3.0031	-0.1909	-0.2669	0.313	-0.1106	0.0163	-0.1152	-0.2099	0.056	0.1435	0.1843	0.0579	-0.0493	0.214	-0.0252	0.2245	49.0902	21.8071	145.9428
3	2.8203	0.3283	-2.1462	1.2496	-0.0471	4.1438	0.219	-0.1572	0.2778	-0.0517	-0.1854	-0.5577	-0.7655	0.7456	-0.1753	0.2922	0.0135	0.0669	0.2601	-0.0393	0.2957	55.9263	19.1017	139.9909
4	1.8969	-0.9319	-1.3894	1.9586	1.4947	4.0067	-0.0071	-0.2931	-0.0952	0.478	0.3276	0.2285	0.2688	-0.1676	-0.3633	0.2725	0.0926	-0.0153	0.3133	0.0345	0.2383	54.2462	0.9405	147.0957
5	1.0207	-0.7812	2.0446	2.4603	-0.7349	4.4029	0.0571	-0.1356	-0.1242	0.1205	0.4449	0.1689	0.5703	-0.6311	-0.4255	0.2704	0.0491	-0.0412	0.2924	0.038	0.2522	50.4006	2.0931	145.261
6	2.3051	-2.4606	1.8488	4.1522	-1.767	2.2385	-0.1259	-0.7078	0.1718	1.0592	0.2535	-0.0769	-0.2004	-0.1648	-0.006	0.3828	0.0398	-0.0119	0.3342	-0.0769	0.2852	70.0517	61.9155	157.4752
7	2.7749	-0.9714	0.101	4.3938	0.3472	2.9343	0.2188	0.1139	0.145	-0.2897	-0.1901	-0.0713	0.1265	0.1986	-0.0056	0.2533	0.0701	-0.0372	0.2097	-0.0057	0.1999	70.3932	57.3807	145.6625
8	0.6672	0.6795	-0.3296	1.7921	-0.4064	0.6299	0.0215	0.2961	-0.0714	-0.8917	0.0994	-0.2866	-0.4238	-0.0335	-0.0279	0.4844	0.061	0.0745	0.2346	-0.001	0.2208	76.4342	54.7036	139.7139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 13:33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 34:87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 88:103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 1:8
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resid 1:8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain D and resid 18:33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and resid 34:87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and resid 88:102

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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