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万見
- PDB-3ery: Different thermodynamic binding mechanisms and peptide fine speci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ery
タイトルDifferent thermodynamic binding mechanisms and peptide fine specificities associated with a panel of structurally similar high-affinity T cell receptors
要素
  • 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide
  • H-2 class I histocompatibility antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / Peptide recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


: / olfactory bulb mitral cell layer development / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / Glycine degradation / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / succinyl-CoA metabolic process / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / oxoglutarate dehydrogenase complex ...: / olfactory bulb mitral cell layer development / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / Glycine degradation / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / succinyl-CoA metabolic process / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / oxoglutarate dehydrogenase complex / striatum development / 2-oxoglutarate metabolic process / pyramidal neuron development / thalamus development / : / thiamine pyrophosphate binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / tricarboxylic acid cycle / heat shock protein binding / Mitochondrial protein degradation / glycolytic process / generation of precursor metabolites and energy / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / hippocampus development / defense response / mitochondrial membrane / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / protein-folding chaperone binding / immune response / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Huang, R.H. / Jones, L.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Different thermodynamic binding mechanisms and peptide fine specificities associated with a panel of structurally similar high-affinity T cell receptors
著者: Jones, L.L. / Colf, L.A. / Bankovich, A.J. / Stone, J.D. / Gao, Y.G. / Chan, C.M. / Huang, R.H. / Garcia, K.C. / Kranz, D.M.
履歴
登録2008年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen
B: H-2 class I histocompatibility antigen
P: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide
Q: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0964
ポリマ－43,0964
非ポリマー00
水2,540141
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen
P: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5482
ポリマ－21,5482
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
2
B: H-2 class I histocompatibility antigen
Q: 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5482
ポリマ－21,5482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.163, 74.323, 53.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen


分子量: 20484.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01897*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 peptide / Alpha-ketoglutarate dehydrogenase


分子量: 1063.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It is found naturally in human.
参照: UniProt: Q02218
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5
詳細: Ammonium phosphate, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9785 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 23969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 1.95→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2150
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1694 6.6 %
Rwork0.232 --
obs-21819 85.2 %
溶媒の処理Bsol: 31.61 Å2
原子変位パラメータBiso max: 68.74 Å2 / Biso mean: 27.584 Å2 / Biso min: 8.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.883 Å20 Å2-4.843 Å2
2--3.111 Å20 Å2
3----4.994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 0 141 2947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.072
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2312
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2822.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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