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- PDB-6bea: Crystal structure of the autotransporter UpaB from E. coli strain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bea
タイトルCrystal structure of the autotransporter UpaB from E. coli strain CFT073
要素Autotransporter protein UpaB
キーワードPROTEIN BINDING / autotransporter protein / bacterial adhesin / virulence factor / fibronectin / glycosaminoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


Pertactin virulence factor family / : / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Autotransporter domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Paxman, J.J. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150102287 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100580 オーストラリア
Australian Synchrotron Research Program Fellowship オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Unique structural features of a bacterial autotransporter adhesin suggest mechanisms for interaction with host macromolecules.
著者: Jason J Paxman / Alvin W Lo / Matthew J Sullivan / Santosh Panjikar / Michael Kuiper / Andrew E Whitten / Geqing Wang / Chi-Hao Luan / Danilo G Moriel / Lendl Tan / Kate M Peters / Minh-Duy ...著者: Jason J Paxman / Alvin W Lo / Matthew J Sullivan / Santosh Panjikar / Michael Kuiper / Andrew E Whitten / Geqing Wang / Chi-Hao Luan / Danilo G Moriel / Lendl Tan / Kate M Peters / Minh-Duy Phan / Christine L Gee / Glen C Ulett / Mark A Schembri / Begoña Heras /
要旨: Autotransporters are the largest family of outer membrane and secreted proteins in Gram-negative bacteria. Most autotransporters are localised to the bacterial surface where they promote colonisation ...Autotransporters are the largest family of outer membrane and secreted proteins in Gram-negative bacteria. Most autotransporters are localised to the bacterial surface where they promote colonisation of host epithelial surfaces. Here we present the crystal structure of UpaB, an autotransporter that is known to contribute to uropathogenic E. coli (UPEC) colonisation of the urinary tract. We provide evidence that UpaB can interact with glycosaminoglycans and host fibronectin. Unique modifications to its core β-helical structure create a groove on one side of the protein for interaction with glycosaminoglycans, while the opposite face can bind fibronectin. Our findings reveal far greater diversity in the autotransporter β-helix than previously thought, and suggest that this domain can interact with host macromolecules. The relevance of these interactions during infection remains unclear.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autotransporter protein UpaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,66911
ポリマ－47,7311
非ポリマー93710
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, We also performed Sedimentation Velocity Analytical Ultracentrifugation experiments. SAXS and AUC showed that UpaB is monomeric in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.611, 68.611, 165.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Autotransporter protein UpaB


分子量: 47731.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: c0426 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: A0A0H2V5A3

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非ポリマー , 7種, 250分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 28% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 32914 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.97-2.046.80.88132191.105199.6
2.04-2.127.30.70132121.187199.8
2.12-2.227.60.50732801.1131100
2.22-2.347.60.38232021.0961100
2.34-2.487.60.34232801.1571100
2.48-2.677.60.27332601.151100
2.67-2.947.60.18632731.081100
2.94-3.377.50.1233101.0741100
3.37-4.247.40.09233591.0971100
4.24-5070.05635191.146199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.97→40.437 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 1667 5.08 %
Rwork0.1746 --
obs0.1768 32811 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.34 Å2 / Biso mean: 30.9616 Å2 / Biso min: 14.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→40.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3121 0 45 240 3406
Biso mean--54.74 40.41 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8964388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.8542521
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9675-2.02540.25091200.21792537265799
2.0254-2.09080.27131470.21125402687100
2.0908-2.16550.22951490.197225452694100
2.1655-2.25220.27621240.193925432667100
2.2522-2.35470.26111290.186125922721100
2.3547-2.47880.25481240.188425912715100
2.4788-2.63410.24051560.181725712727100
2.6341-2.83750.22211430.174625822725100
2.8375-3.12290.20391480.162525932741100
3.1229-3.57460.1981570.156525942751100
3.5746-4.50260.20041170.143826752792100
4.5026-40.44590.19551530.1882781293499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23580.2718-0.26470.53380.33630.5065-0.09860.09930.0186-0.04080.06190.0462-0.1031-0.001300.16330.0277-0.01440.20820.00430.16881.405644.7761-13.2683
2-0.0588-0.03790.03250.47-0.08580.28190.02380.01320.007-0.0059-0.04-0.0469-0.00470.0207-00.16870.02140.00110.190.01840.179510.059256.07813.0803
30.149-0.0021-0.03640.01240.00170.1092-0.0097-0.04330.0660.2257-0.0202-0.0321-0.06690.082300.3747-0.0097-0.05250.22220.01990.246617.43152.343943.7111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 191 )A40 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 192 through 420 )A192 - 420
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 421 through 472 )A421 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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