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- PDB-6bc8: Crystal structure of Rev7-R124A/Rev3-RBM2 (residues 1988-2014) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bc8
タイトルCrystal structure of Rev7-R124A/Rev3-RBM2 (residues 1988-2014) complex
要素
  • DNA polymerase zeta catalytic subunit
  • Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
キーワードREPLICATION / DNA damage tolerance / translesion DNA synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / JUN kinase binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition ...somatic diversification of immunoglobulins involved in immune response / DNA damage response, signal transduction resulting in transcription / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of isotype switching / positive regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / JUN kinase binding / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / telomere maintenance in response to DNA damage / error-prone translesion synthesis / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / actin filament organization / Translesion synthesis by POLI / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of cell growth / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of protein catabolic process / spindle / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / site of double-strand break / chromosome / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cell division / nucleotide binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / Mad2-like ...Domain of unknown function DUF4683 / Domain of unknown function (DUF4683) / DNA polymerase zeta catalytic subunit / : / DNA polymerase zeta catalytic subunit, N-terminal / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA polymerase zeta catalytic subunit / Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Rizzo, A.A. / Hao, B. / Li, Y. / Korzhnev, D.M.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1615866 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123239 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01-ES015818 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)P30-ES002109 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099948 米国
Connecticut Regenerative Medicine Research Fund15-RMA- UCHC-03 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Rev7 dimerization is important for assembly and function of the Rev1/Polζ translesion synthesis complex.
著者: Alessandro A Rizzo / Faye-Marie Vassel / Nimrat Chatterjee / Sanjay D'Souza / Yunfeng Li / Bing Hao / Michael T Hemann / Graham C Walker / Dmitry M Korzhnev /
要旨: The translesion synthesis (TLS) polymerases Polζ and Rev1 form a complex that enables replication of damaged DNA. The Rev7 subunit of Polζ, which is a multifaceted HORMA (Hop1, Rev7, Mad2) protein ...The translesion synthesis (TLS) polymerases Polζ and Rev1 form a complex that enables replication of damaged DNA. The Rev7 subunit of Polζ, which is a multifaceted HORMA (Hop1, Rev7, Mad2) protein with roles in TLS, DNA repair, and cell-cycle control, facilitates assembly of this complex by binding Rev1 and the catalytic subunit of Polζ, Rev3. Rev7 interacts with Rev3 by a mechanism conserved among HORMA proteins, whereby an open-to-closed transition locks the ligand underneath the "safety belt" loop. Dimerization of HORMA proteins promotes binding and release of this ligand, as exemplified by the Rev7 homolog, Mad2. Here, we investigate the dimerization of Rev7 when bound to the two Rev7-binding motifs (RBMs) in Rev3 by combining in vitro analyses of Rev7 structure and interactions with a functional assay in a Rev7 cell line. We demonstrate that Rev7 uses the conventional HORMA dimerization interface both to form a homodimer when tethered by the two RBMs in Rev3 and to heterodimerize with other HORMA domains, Mad2 and p31 Structurally, the Rev7 dimer can bind only one copy of Rev1, revealing an unexpected Rev1/Polζ architecture. In cells, mutation of the Rev7 dimer interface increases sensitivity to DNA damage. These results provide insights into the structure of the Rev1/Polζ TLS assembly and highlight the function of Rev7 homo- and heterodimerization.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
B: DNA polymerase zeta catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6896
ポリマ－29,3792
非ポリマー3104
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.691, 63.691, 116.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B / Mitotic arrest deficient 2-like protein 2 / MAD2-like protein 2 / REV7 homolog / hREV7


分子量: 26101.236 Da / 分子数: 1 / 変異: R124A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L2, MAD2B, REV7 / プラスミド: pETDuet / 詳細 (発現宿主): MCS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UI95
#2: タンパク質・ペプチド DNA polymerase zeta catalytic subunit / Protein reversionless 3-like / hREV3


分子量: 3278.004 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1988-2014 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REV3L, POLZ, REV3 / プラスミド: pETDuet / 詳細 (発現宿主): MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60673, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: well solution containing 100 mM sodium acetate, 200 mM NaCl, 1.4 M ammonium sulfate was mixed at 1:1 ratio with protein at 45 mg/mL in 5 mM HEPES, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, pH=7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K / Ambient temp details: stream of liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→116.27 Å / Num. obs: 31583 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 40.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ABD (Rev7 molecule only)

3abd


解像度: 1.68→116.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.099
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1486 4.7 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 31583 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.99 Å2 / Biso mean: 47.572 Å2 / Biso min: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20.9 Å20 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----5.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→116.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 18 140 2015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.9812624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.51534437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0225234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1152584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61515358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.456159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0814.261929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0614.253926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4236.3461158
LS精密化 シェル解像度: 1.683→1.726 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 104 -
Rwork0.335 2210 -
all-2314 -
obs--99.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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