[日本語] English
万見
- PDB-6bbe: Structure of N-glycosylated porcine surfactant protein-D -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbe
タイトルStructure of N-glycosylated porcine surfactant protein-D
要素Pulmonary surfactant-associated protein D
キーワードSURFACTANT PROTEIN / innate immunity / surfactant / N-linked glycan / C-type lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Signal regulatory protein family interactions / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / surfactant homeostasis / lung alveolus development ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Signal regulatory protein family interactions / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / surfactant homeostasis / lung alveolus development / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / extracellular matrix organization / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Pulmonary surfactant-associated protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者van Eijk, M. / Rynkiewicz, M.J. / Khatri, K. / Leymarie, N. / Zaia, J. / White, M.R. / Hartshorn, K.L. / Cafarella, T.R. / van Die, I. / Hessing, M. ...van Eijk, M. / Rynkiewicz, M.J. / Khatri, K. / Leymarie, N. / Zaia, J. / White, M.R. / Hartshorn, K.L. / Cafarella, T.R. / van Die, I. / Hessing, M. / Seaton, B.A. / Haagsman, H.P.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Open Technology Program Grant10388 オランダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Lectin-mediated binding and sialoglycans of porcine surfactant protein D synergistically neutralize influenza A virus.
著者: van Eijk, M. / Rynkiewicz, M.J. / Khatri, K. / Leymarie, N. / Zaia, J. / White, M.R. / Hartshorn, K.L. / Cafarella, T.R. / van Die, I. / Hessing, M. / Seaton, B.A. / Haagsman, H.P.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6945
ポリマ－17,0441
非ポリマー1,6504
水1,20767
1
A: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,08115
ポリマ－51,1323
非ポリマー4,94912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.015, 66.015, 64.658
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein D / SP-D / Lung surfactant protein D


分子量: 17043.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: SFTPD / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9N1X4
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1317.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Crystallized in hanging drops by mixing 5 ul protein with 5 ul reservoir solution (0.1 M 2-[bis(2-hydroxyethyl)-amino]-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol, pH 6.5, 0.2 M MgCl2, 15% glycerol, and 22%-20% PEG 3350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 12220 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.64 / Net I/σ(I): 25.4 / Num. measured all: 79516
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.974.50.37610451.729182.2
1.97-2.055.80.31512401.777199
2.05-2.146.80.28812691.8241100
2.14-2.2570.22312611.814199.8
2.25-2.3970.16512731.7261100
2.39-2.587.10.12612681.5671100
2.58-2.837.10.09212711.596199.9
2.83-3.246.90.06712411.584198
3.24-4.076.40.04512061.475193.6
4.071-156.10.03711461.289187.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.898→14.699 Å / FOM work R set: 0.7634 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1184 10.17 %
Rwork0.2232 10453 -
obs0.2259 11637 91.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.237 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.73 Å2 / Biso mean: 47.45 Å2 / Biso min: 28.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.4814 Å2-0 Å2-0 Å2
2--9.4814 Å2-0 Å2
3----18.9627 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.898→14.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1193 0 108 67 1368
Biso mean--66.5 50.01 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8051867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.386546
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8979-1.98410.37761340.3106104475
1.9841-2.08840.28911420.243130992
2.0884-2.21880.26221460.231134695
2.2188-2.38950.25011520.238136896
2.3895-2.62870.28471560.2273135295
2.6287-3.00630.28171570.2269139097
3.0063-3.77690.24041550.2275136396
3.7769-150.21761420.2044128188

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る