PDB-6ba1: Purine-Preferring Ribonucleoside Hydrolase from Gardnerella vaginalis

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 6ba1
• タイトル: Purine-Preferring Ribonucleoside Hydrolase from Gardnerella vaginalis
• 要素: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase
• キーワード: HYDROLASE / Nucleoside Hydrolase Nitrogen Metabolism

機能・相同性

分子機能:

purine nucleosidase / purine nucleosidase activity / metabolic process

ドメイン・相同性:

Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta

構成要素:

Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

• 生物種: Gardnerella vaginalis 315-A (バクテリア)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
• データ登録者: Renner, N. / Jacques, D.A.

資金援助

オーストラリア, 1件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	GNT1036521	オーストラリア

• 引用: ジャーナル: To Be Published; タイトル: Inosine-Uridine Preferring Ribonucleoside Hydrolase from Gardnerella vaginalis; 著者: Renner, N. / Jacques, D.A.

履歴

登録	2017年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

E: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

F: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

G: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

H: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

I: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

J: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

K: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

L: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

M: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

N: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

O: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

P: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

Q: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

R: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 621 kDa, 18 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	620,576	36
ポリマ－	619,855	18
非ポリマー	721	18
水	0	0

1

A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

E: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: gel filtration
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2330 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22730 Å2
手法	PISA

2

B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2350 Å2
ΔGint	-40 kcal/mol
Surface area	22840 Å2
手法	PISA

3

C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

I: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2300 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22730 Å2
手法	PISA

4

F: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

H: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2400 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22610 Å2
手法	PISA

5

G: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

L: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2350 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22840 Å2
手法	PISA

6

J: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

P: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2390 Å2
ΔGint	-40 kcal/mol
Surface area	22660 Å2
手法	PISA

7

K: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

N: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2380 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22540 Å2
手法	PISA

8

M: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

R: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2360 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22560 Å2
手法	PISA

9

O: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

Q: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 69 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	68,953	4
ポリマ－	68,873	2
非ポリマー	80	2
水	0

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	2370 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	22720 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.270, 80.240, 223.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	A
2	14	O
1	15	A
2	15	P
1	16	A
2	16	Q
1	17	A
2	17	R
1	18	B
2	18	C
1	19	B
2	19	D
1	20	B
2	20	E
1	21	B
2	21	F
1	22	B
2	22	G
1	23	B
2	23	H
1	24	B
2	24	I
1	25	B
2	25	J
1	26	B
2	26	K
1	27	B
2	27	L
1	28	B
2	28	M
1	29	B
2	29	N
1	30	B
2	30	O
1	31	B
2	31	P
1	32	B
2	32	Q
1	33	B
2	33	R
1	34	C
2	34	D
1	35	C
2	35	E
1	36	C
2	36	F
1	37	C
2	37	G
1	38	C
2	38	H
1	39	C
2	39	I
1	40	C
2	40	J
1	41	C
2	41	K
1	42	C
2	42	L
1	43	C
2	43	M
1	44	C
2	44	N
1	45	C
2	45	O
1	46	C
2	46	P
1	47	C
2	47	Q
1	48	C
2	48	R
1	49	D
2	49	E
1	50	D
2	50	F
1	51	D
2	51	G
1	52	D
2	52	H
1	53	D
2	53	I
1	54	D
2	54	J
1	55	D
2	55	K
1	56	D
2	56	L
1	57	D
2	57	M
1	58	D
2	58	N
1	59	D
2	59	O
1	60	D
2	60	P
1	61	D
2	61	Q
1	62	D
2	62	R
1	63	E
2	63	F
1	64	E
2	64	G
1	65	E
2	65	H
1	66	E
2	66	I
1	67	E
2	67	J
1	68	E
2	68	K
1	69	E
2	69	L
1	70	E
2	70	M
1	71	E
2	71	N
1	72	E
2	72	O
1	73	E
2	73	P
1	74	E
2	74	Q
1	75	E
2	75	R
1	76	F
2	76	G
1	77	F
2	77	H
1	78	F
2	78	I
1	79	F
2	79	J
1	80	F
2	80	K
1	81	F
2	81	L
1	82	F
2	82	M
1	83	F
2	83	N
1	84	F
2	84	O
1	85	F
2	85	P
1	86	F
2	86	Q
1	87	F
2	87	R
1	88	G
2	88	H
1	89	G
2	89	I
1	90	G
2	90	J
1	91	G
2	91	K
1	92	G
2	92	L
1	93	G
2	93	M
1	94	G
2	94	N
1	95	G
2	95	O
1	96	G
2	96	P
1	97	G
2	97	Q
1	98	G
2	98	R
1	99	H
2	99	I
1	100	H
2	100	J
1	101	H
2	101	K
1	102	H
2	102	L
1	103	H
2	103	M
1	104	H
2	104	N
1	105	H
2	105	O
1	106	H
2	106	P
1	107	H
2	107	Q
1	108	H
2	108	R
1	109	I
2	109	J
1	110	I
2	110	K
1	111	I
2	111	L
1	112	I
2	112	M
1	113	I
2	113	N
1	114	I
2	114	O
1	115	I
2	115	P
1	116	I
2	116	Q
1	117	I
2	117	R
1	118	J
2	118	K
1	119	J
2	119	L
1	120	J
2	120	M
1	121	J
2	121	N
1	122	J
2	122	O
1	123	J
2	123	P
1	124	J
2	124	Q
1	125	J
2	125	R
1	126	K
2	126	L
1	127	K
2	127	M
1	128	K
2	128	N
1	129	K
2	129	O
1	130	K
2	130	P
1	131	K
2	131	Q
1	132	K
2	132	R
1	133	L
2	133	M
1	134	L
2	134	N
1	135	L
2	135	O
1	136	L
2	136	P
1	137	L
2	137	Q
1	138	L
2	138	R
1	139	M
2	139	N
1	140	M
2	140	O
1	141	M
2	141	P
1	142	M
2	142	Q
1	143	M
2	143	R
1	144	N
2	144	O
1	145	N
2	145	P
1	146	N
2	146	Q
1	147	N
2	147	R
1	148	O
2	148	P
1	149	O
2	149	Q
1	150	O
2	150	R
1	151	P
2	151	Q
1	152	P
2	152	R
1	153	Q
2	153	R

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 317 / Label seq-ID: 5 - 320

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	A	A
2	4	E	E
1	5	A	A
2	5	F	F
1	6	A	A
2	6	G	G
1	7	A	A
2	7	H	H
1	8	A	A
2	8	I	I
1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	A	A
2	12	M	M
1	13	A	A
2	13	N	N
1	14	A	A
2	14	O	O
1	15	A	A
2	15	P	P
1	16	A	A
2	16	Q	Q
1	17	A	A
2	17	R	R
1	18	B	B
2	18	C	C
1	19	B	B
2	19	D	D
1	20	B	B
2	20	E	E
1	21	B	B
2	21	F	F
1	22	B	B
2	22	G	G
1	23	B	B
2	23	H	H
1	24	B	B
2	24	I	I
1	25	B	B
2	25	J	J
1	26	B	B
2	26	K	K
1	27	B	B
2	27	L	L
1	28	B	B
2	28	M	M
1	29	B	B
2	29	N	N
1	30	B	B
2	30	O	O
1	31	B	B
2	31	P	P
1	32	B	B
2	32	Q	Q
1	33	B	B
2	33	R	R
1	34	C	C
2	34	D	D
1	35	C	C
2	35	E	E
1	36	C	C
2	36	F	F
1	37	C	C
2	37	G	G
1	38	C	C
2	38	H	H
1	39	C	C
2	39	I	I
1	40	C	C
2	40	J	J
1	41	C	C
2	41	K	K
1	42	C	C
2	42	L	L
1	43	C	C
2	43	M	M
1	44	C	C
2	44	N	N
1	45	C	C
2	45	O	O
1	46	C	C
2	46	P	P
1	47	C	C
2	47	Q	Q
1	48	C	C
2	48	R	R
1	49	D	D
2	49	E	E
1	50	D	D
2	50	F	F
1	51	D	D
2	51	G	G
1	52	D	D
2	52	H	H
1	53	D	D
2	53	I	I
1	54	D	D
2	54	J	J
1	55	D	D
2	55	K	K
1	56	D	D
2	56	L	L
1	57	D	D
2	57	M	M
1	58	D	D
2	58	N	N
1	59	D	D
2	59	O	O
1	60	D	D
2	60	P	P
1	61	D	D
2	61	Q	Q
1	62	D	D
2	62	R	R
1	63	E	E
2	63	F	F
1	64	E	E
2	64	G	G
1	65	E	E
2	65	H	H
1	66	E	E
2	66	I	I
1	67	E	E
2	67	J	J
1	68	E	E
2	68	K	K
1	69	E	E
2	69	L	L
1	70	E	E
2	70	M	M
1	71	E	E
2	71	N	N
1	72	E	E
2	72	O	O
1	73	E	E
2	73	P	P
1	74	E	E
2	74	Q	Q
1	75	E	E
2	75	R	R
1	76	F	F
2	76	G	G
1	77	F	F
2	77	H	H
1	78	F	F
2	78	I	I
1	79	F	F
2	79	J	J
1	80	F	F
2	80	K	K
1	81	F	F
2	81	L	L
1	82	F	F
2	82	M	M
1	83	F	F
2	83	N	N
1	84	F	F
2	84	O	O
1	85	F	F
2	85	P	P
1	86	F	F
2	86	Q	Q
1	87	F	F
2	87	R	R
1	88	G	G
2	88	H	H
1	89	G	G
2	89	I	I
1	90	G	G
2	90	J	J
1	91	G	G
2	91	K	K
1	92	G	G
2	92	L	L
1	93	G	G
2	93	M	M
1	94	G	G
2	94	N	N
1	95	G	G
2	95	O	O
1	96	G	G
2	96	P	P
1	97	G	G
2	97	Q	Q
1	98	G	G
2	98	R	R
1	99	H	H
2	99	I	I
1	100	H	H
2	100	J	J
1	101	H	H
2	101	K	K
1	102	H	H
2	102	L	L
1	103	H	H
2	103	M	M
1	104	H	H
2	104	N	N
1	105	H	H
2	105	O	O
1	106	H	H
2	106	P	P
1	107	H	H
2	107	Q	Q
1	108	H	H
2	108	R	R
1	109	I	I
2	109	J	J
1	110	I	I
2	110	K	K
1	111	I	I
2	111	L	L
1	112	I	I
2	112	M	M
1	113	I	I
2	113	N	N
1	114	I	I
2	114	O	O
1	115	I	I
2	115	P	P
1	116	I	I
2	116	Q	Q
1	117	I	I
2	117	R	R
1	118	J	J
2	118	K	K
1	119	J	J
2	119	L	L
1	120	J	J
2	120	M	M
1	121	J	J
2	121	N	N
1	122	J	J
2	122	O	O
1	123	J	J
2	123	P	P
1	124	J	J
2	124	Q	Q
1	125	J	J
2	125	R	R
1	126	K	K
2	126	L	L
1	127	K	K
2	127	M	M
1	128	K	K
2	128	N	N
1	129	K	K
2	129	O	O
1	130	K	K
2	130	P	P
1	131	K	K
2	131	Q	Q
1	132	K	K
2	132	R	R
1	133	L	L
2	133	M	M
1	134	L	L
2	134	N	N
1	135	L	L
2	135	O	O
1	136	L	L
2	136	P	P
1	137	L	L
2	137	Q	Q
1	138	L	L
2	138	R	R
1	139	M	M
2	139	N	N
1	140	M	M
2	140	O	O
1	141	M	M
2	141	P	P
1	142	M	M
2	142	Q	Q
1	143	M	M
2	143	R	R
1	144	N	N
2	144	O	O
1	145	N	N
2	145	P	P
1	146	N	N
2	146	Q	Q
1	147	N	N
2	147	R	R
1	148	O	O
2	148	P	P
1	149	O	O
2	149	Q	Q
1	150	O	O
2	150	R	R
1	151	P	P
2	151	Q	Q
1	152	P	P
2	152	R	R
1	153	Q	Q
2	153	R	R

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
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53
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56
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66
67
68
69
70
71
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80
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153

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P Q R
Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase

詳細:

分子量: 34436.387 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gardnerella vaginalis 315-A (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9435_1145 / プラスミド: pOPTG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F5LUS2, purine nucleosidase

#2: 化合物

A-400 B-400 C-400 D-400 E-400 F-400 G-400 H-400 I-400 J-400 K-400 L-400 M-400 N-400 O-400 P-400 Q-400 R-400
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

詳細:

分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.27 ų/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
• 結晶化: 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 ; 詳細: 23% (w/v) PEG 4000 0.2M Magnesium Chloride 0.05M TRIS

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
• 検出器: タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月14日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.9→80.24 Å / Num. obs: 122214 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 %; Data reduction details: The data were highly anisotropic accounting for the high Rmerge value generated in AIMLESS. The data were subsequently ellipsoidally truncated and anisotropically scaled using the anisotropy server to improve the maps. The discrepency between reflections used in refinement and those in data collection are the result of ellipsoidal truncation of the data.; CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.234 / R_pim(I) all: 0.095 / R_rim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 7.3

反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Num. unique obs	CC1/2	Rpim(I) all	Rrim(I) all	% possible all
2.9-2.95	6	2.797	5841	0.641	1.189	3.048	96.2
15.88-80.24	5.9	0.051	823	0.997	0.023	0.056	98.1

位相決定

• 位相決定: 手法: 分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.31 Å	78.27 Å
Translation	5.31 Å	78.27 Å

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOSFLM	7.2.1	データ削減
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPO

4kpo

解像度: 2.9→80.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.804 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.808 / SU B: 68.913 / SU ML: 0.52 / SU R Cruickshank DPI: 0.6118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.622
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.2816	4795	5 %	RANDOM
Rwork	0.2788	-	-	-
obs	0.2789	90434	76.98 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.3 Ų / B_iso mean: 43.388 Ų / B_iso min: 19.81 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	4.53 Å2	0 Å2	1.85 Å2
2-	-	-3.89 Å2	0 Å2
3-	-	-	-1.48 Å2

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→80.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	42451	0	18	0	42469
Biso mean	-	-	33.29	-	-
残基数	-	-	-	-	5688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	43207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	40976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.98	58928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	95030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.399	5	5670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.06	25.465	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.367	15	7054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13	15	157
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	7128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	48173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	7720

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20302	0.02
1	2	B	20302	0.02
2	1	A	20368	0.01
2	2	C	20368	0.01
3	1	A	20306	0.02
3	2	D	20306	0.02
4	1	A	20238	0.02
4	2	E	20238	0.02
5	1	A	20128	0.03
5	2	F	20128	0.03
6	1	A	20202	0.03
6	2	G	20202	0.03
7	1	A	20214	0.03
7	2	H	20214	0.03
8	1	A	20266	0.02
8	2	I	20266	0.02
9	1	A	20164	0.02
9	2	J	20164	0.02
10	1	A	20226	0.02
10	2	K	20226	0.02
11	1	A	20198	0.03
11	2	L	20198	0.03
12	1	A	20218	0.03
12	2	M	20218	0.03
13	1	A	20180	0.02
13	2	N	20180	0.02
14	1	A	20318	0.02
14	2	O	20318	0.02
15	1	A	20254	0.02
15	2	P	20254	0.02
16	1	A	20118	0.02
16	2	Q	20118	0.02
17	1	A	20082	0.03
17	2	R	20082	0.03
18	1	B	20340	0.02
18	2	C	20340	0.02
19	1	B	20324	0.02
19	2	D	20324	0.02
20	1	B	20268	0.01
20	2	E	20268	0.01
21	1	B	20200	0.02
21	2	F	20200	0.02
22	1	B	20264	0.02
22	2	G	20264	0.02
23	1	B	20236	0.02
23	2	H	20236	0.02
24	1	B	20276	0.01
24	2	I	20276	0.01
25	1	B	20230	0
25	2	J	20230	0
26	1	B	20282	0.01
26	2	K	20282	0.01
27	1	B	20262	0.02
27	2	L	20262	0.02
28	1	B	20220	0.02
28	2	M	20220	0.02
29	1	B	20244	0
29	2	N	20244	0
30	1	B	20334	0.01
30	2	O	20334	0.01
31	1	B	20324	0.01
31	2	P	20324	0.01
32	1	B	20196	0.02
32	2	Q	20196	0.02
33	1	B	20166	0.02
33	2	R	20166	0.02
34	1	C	20334	0.02
34	2	D	20334	0.02
35	1	C	20252	0.02
35	2	E	20252	0.02
36	1	C	20154	0.02
36	2	F	20154	0.02
37	1	C	20220	0.02
37	2	G	20220	0.02
38	1	C	20248	0.03
38	2	H	20248	0.03
39	1	C	20282	0.02
39	2	I	20282	0.02
40	1	C	20184	0.01
40	2	J	20184	0.01
41	1	C	20238	0.02
41	2	K	20238	0.02
42	1	C	20212	0.02
42	2	L	20212	0.02
43	1	C	20238	0.02
43	2	M	20238	0.02
44	1	C	20200	0.01
44	2	N	20200	0.01
45	1	C	20352	0.01
45	2	O	20352	0.01
46	1	C	20278	0.02
46	2	P	20278	0.02
47	1	C	20142	0.02
47	2	Q	20142	0.02
48	1	C	20110	0.02
48	2	R	20110	0.02
49	1	D	20294	0.02
49	2	E	20294	0.02
50	1	D	20238	0.02
50	2	F	20238	0.02
51	1	D	20242	0.01
51	2	G	20242	0.01
52	1	D	20318	0.02
52	2	H	20318	0.02
53	1	D	20332	0.02
53	2	I	20332	0.02
54	1	D	20238	0
54	2	J	20238	0
55	1	D	20298	0.01
55	2	K	20298	0.01
56	1	D	20286	0.02
56	2	L	20286	0.02
57	1	D	20266	0.02
57	2	M	20266	0.02
58	1	D	20244	0.01
58	2	N	20244	0.01
59	1	D	20360	0.01
59	2	O	20360	0.01
60	1	D	20282	0.02
60	2	P	20282	0.02
61	1	D	20184	0.02
61	2	Q	20184	0.02
62	1	D	20170	0.02
62	2	R	20170	0.02
63	1	E	20198	0.02
63	2	F	20198	0.02
64	1	E	20254	0.02
64	2	G	20254	0.02
65	1	E	20226	0.02
65	2	H	20226	0.02
66	1	E	20250	0.02
66	2	I	20250	0.02
67	1	E	20182	0.01
67	2	J	20182	0.01
68	1	E	20224	0.02
68	2	K	20224	0.02
69	1	E	20264	0.02
69	2	L	20264	0.02
70	1	E	20188	0.02
70	2	M	20188	0.02
71	1	E	20174	0.01
71	2	N	20174	0.01
72	1	E	20278	0.01
72	2	O	20278	0.01
73	1	E	20224	0.02
73	2	P	20224	0.02
74	1	E	20196	0.02
74	2	Q	20196	0.02
75	1	E	20152	0.02
75	2	R	20152	0.02
76	1	F	20218	0.01
76	2	G	20218	0.01
77	1	F	20168	0.03
77	2	H	20168	0.03
78	1	F	20210	0.01
78	2	I	20210	0.01
79	1	F	20158	0.01
79	2	J	20158	0.01
80	1	F	20234	0
80	2	K	20234	0
81	1	F	20242	0.01
81	2	L	20242	0.01
82	1	F	20144	0.01
82	2	M	20144	0.01
83	1	F	20152	0.01
83	2	N	20152	0.01
84	1	F	20194	0.02
84	2	O	20194	0.02
85	1	F	20200	0.01
85	2	P	20200	0.01
86	1	F	20160	0.01
86	2	Q	20160	0.01
87	1	F	20190	0.02
87	2	R	20190	0.02
88	1	G	20164	0.02
88	2	H	20164	0.02
89	1	G	20232	0.01
89	2	I	20232	0.01
90	1	G	20172	0.01
90	2	J	20172	0.01
91	1	G	20248	0
91	2	K	20248	0
92	1	G	20278	0.01
92	2	L	20278	0.01
93	1	G	20182	0.01
93	2	M	20182	0.01
94	1	G	20170	0.01
94	2	N	20170	0.01
95	1	G	20246	0.01
95	2	O	20246	0.01
96	1	G	20252	0.01
96	2	P	20252	0.01
97	1	G	20210	0.01
97	2	Q	20210	0.01
98	1	G	20166	0.01
98	2	R	20166	0.01
99	1	H	20286	0.03
99	2	I	20286	0.03
100	1	H	20184	0.02
100	2	J	20184	0.02
101	1	H	20238	0.02
101	2	K	20238	0.02
102	1	H	20186	0.02
102	2	L	20186	0.02
103	1	H	20198	0.03
103	2	M	20198	0.03
104	1	H	20198	0.02
104	2	N	20198	0.02
105	1	H	20288	0.02
105	2	O	20288	0.02
106	1	H	20220	0.02
106	2	P	20220	0.02
107	1	H	20104	0.02
107	2	Q	20104	0.02
108	1	H	20108	0.02
108	2	R	20108	0.02
109	1	I	20208	0.01
109	2	J	20208	0.01
110	1	I	20290	0.01
110	2	K	20290	0.01
111	1	I	20242	0.01
111	2	L	20242	0.01
112	1	I	20270	0.01
112	2	M	20270	0.01
113	1	I	20234	0.01
113	2	N	20234	0.01
114	1	I	20320	0.01
114	2	O	20320	0.01
115	1	I	20276	0.01
115	2	P	20276	0.01
116	1	I	20162	0.01
116	2	Q	20162	0.01
117	1	I	20156	0.01
117	2	R	20156	0.01
118	1	J	20240	0.01
118	2	K	20240	0.01
119	1	J	20176	0.01
119	2	L	20176	0.01
120	1	J	20190	0.01
120	2	M	20190	0.01
121	1	J	20240	0
121	2	N	20240	0
122	1	J	20222	0
122	2	O	20222	0
123	1	J	20212	0.01
123	2	P	20212	0.01
124	1	J	20180	0.01
124	2	Q	20180	0.01
125	1	J	20160	0.01
125	2	R	20160	0.01
126	1	K	20254	0
126	2	L	20254	0
127	1	K	20222	0.01
127	2	M	20222	0.01
128	1	K	20230	0.01
128	2	N	20230	0.01
129	1	K	20280	0.01
129	2	O	20280	0.01
130	1	K	20292	0
130	2	P	20292	0
131	1	K	20188	0
131	2	Q	20188	0
132	1	K	20180	0
132	2	R	20180	0
133	1	L	20178	0.01
133	2	M	20178	0.01
134	1	L	20194	0.01
134	2	N	20194	0.01
135	1	L	20238	0.01
135	2	O	20238	0.01
136	1	L	20252	0.01
136	2	P	20252	0.01
137	1	L	20212	0.01
137	2	Q	20212	0.01
138	1	L	20178	0.01
138	2	R	20178	0.01
139	1	M	20230	0.01
139	2	N	20230	0.01
140	1	M	20272	0.01
140	2	O	20272	0.01
141	1	M	20210	0.01
141	2	P	20210	0.01
142	1	M	20182	0.01
142	2	Q	20182	0.01
143	1	M	20150	0.01
143	2	R	20150	0.01
144	1	N	20234	0.01
144	2	O	20234	0.01
145	1	N	20224	0.01
145	2	P	20224	0.01
146	1	N	20176	0.01
146	2	Q	20176	0.01
147	1	N	20160	0.01
147	2	R	20160	0.01
148	1	O	20290	0.02
148	2	P	20290	0.02
149	1	O	20168	0.01
149	2	Q	20168	0.01
150	1	O	20152	0.02
150	2	R	20152	0.02
151	1	P	20178	0.01
151	2	Q	20178	0.01
152	1	P	20154	0
152	2	R	20154	0
153	1	Q	20174	0.01
153	2	R	20174	0.01

LS精密化 シェル

解像度: 2.902→2.978 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.272	26	-
Rwork	0.294	418	-
all	-	444	-
obs	-	-	4.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°2)	L12 (°2)	L13 (°2)	L22 (°2)	L23 (°2)	L33 (°2)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å2)	T12 (Å2)	T13 (Å2)	T22 (Å2)	T23 (Å2)	T33 (Å2)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.714	-0.2744	-0.3477	1.465	0.6022	1.753	-0.0422	0.1631	-0.0213	0.0329	-0.0678	0.0543	0.0156	-0.1077	0.1099	0.0232	-0.008	-0.0639	0.4922	-0.0562	0.2093	-15.33	-12.905	894.28
2	4.7508	-0.059	1.58	1.0832	0.016	1.085	-0.1828	0.1674	-0.3555	0.1405	0.333	0.0039	-0.3118	0.1531	-0.1502	0.1509	-0.0398	-0.0071	0.5233	-0.0546	0.2803	-59.867	-6.745	887.682
3	3.0873	-0.2035	1.7678	1.6882	-0.1758	1.1269	0.0294	-0.0825	0.0619	-0.0763	-0.0791	-0.2643	0.0631	0.0204	0.0497	0.0415	0.0487	-0.0556	0.5503	-0.045	0.2724	-63.144	-2.826	836.142
4	3.9573	-0.1404	1.3393	1.3569	0.7899	2.135	-0.0804	0.3262	0.0508	-0.0424	0.1056	0.0826	-0.416	-0.1094	-0.0252	0.131	0.0193	-0.0259	0.6097	0.1069	0.2363	-99.241	-3.438	872.53
5	3.251	0.356	0.4661	1.036	0.8248	0.9797	-0.0914	-0.1788	0.1954	-0.0886	0.055	-0.1585	-0.0351	0.0861	0.0364	0.0782	0.0654	-0.138	0.5343	-0.1326	0.5361	26.086	-9.555	902.587
6	4.34	0.1181	0.465	1.3263	0.7244	0.8683	-0.1047	0.1381	-0.0166	0.0647	0.1867	0.1693	0.1739	0.1297	-0.082	0.0856	0.076	-0.1149	0.6509	0.0527	0.3078	-19.515	-8.482	847.68
7	4.8931	0.8403	1.2167	0.7861	0.2513	1.9528	0.0079	-0.4338	0.0815	-0.205	-0.1562	0.0925	0.2669	-0.2021	0.1483	0.2955	-0.0267	-0.1355	0.4458	-0.0243	0.2737	-10.2	-17.398	937.423
8	4.4879	-0.747	0.3064	1.5598	0.0535	0.2071	0.0658	0.4779	-0.0012	-0.0327	-0.0739	0.0122	0.0595	0.2799	0.0081	0.1046	0.1422	-0.1489	0.8215	-0.0607	0.269	21.703	-8.104	856.439
9	2.6528	0.1365	1.0915	4.2134	-0.281	0.588	0.0704	-0.0967	-0.1327	-0.8281	0.0916	0.5983	0.0652	-0.012	-0.1619	0.2792	0.0321	-0.2758	0.453	-0.109	0.3963	-102.337	-5.532	820.076
10	6.2154	-0.0061	-0.542	0.9127	-0.9333	1.6533	0.251	0.1017	-0.0909	0.2026	-0.044	0.1571	-0.4991	-0.4031	-0.207	0.2233	0.1519	-0.0863	0.3954	0.0094	0.4529	-90.787	-16.628	966.561
11	4.4424	-0.3126	-0.1919	2.8587	-0.9813	0.9924	-0.3597	0.1471	-0.0901	0.4723	0.2981	-0.5077	0.0733	0.0173	0.0616	0.4189	0.0301	-0.4572	0.3656	-0.0584	0.5988	-45.859	-14.277	0.695
12	5.975	0.3056	2.0876	0.293	0.4771	1.877	-0.0899	0.0041	0.2674	-0.0175	-0.056	-0.124	0.2541	0.3634	0.146	0.1864	0.2057	0.0057	0.7756	0.1453	0.4231	30.278	-12.754	949.059
13	6.8326	1.0605	2.7852	2.0285	-0.6747	2.2604	0.1098	-0.2661	0.1634	0.209	-0.2768	0.0314	-0.1409	0.113	0.167	0.2097	-0.0105	-0.043	0.4593	-0.0654	0.3831	33.595	-11.22	997.672
14	3.6861	-0.2865	1.2054	1.1963	-0.0164	0.9147	0.1979	0.0434	-0.2024	0.2383	-0.0467	0.1124	0.2261	-0.4208	-0.1511	0.3668	-0.1703	-0.4079	0.4933	0.0846	0.6447	-86.887	-14.89	0.45
15	6.3195	-1.0311	1.5002	1.1177	-0.0801	1.1364	-0.0947	-0.4185	0.4981	-0.0554	-0.1087	0.0221	0.0566	-0.2511	0.2033	0.1047	0.0224	-0.0922	0.5615	-0.0649	0.3683	-95.225	-7.728	919.838
16	6.9031	-1.3231	-0.6664	1.1876	-0.1899	1.221	0.0597	-0.8441	-0.0116	-0.0534	0.0011	-0.2795	-0.1462	0.2312	-0.0608	0.1529	-0.0858	-0.1788	0.4299	0.0052	0.5597	-50.092	-22.434	975.368
17	6.0887	-1.4035	0.7532	0.4796	0.2369	1.3454	-0.2037	-0.5171	0.199	0.1596	0.1045	-0.0459	0.1311	-0.0071	0.0992	0.2076	-0.0298	-0.1017	0.661	-0.0342	0.4017	-55.272	-14.894	931.627
18	7.7968	0.4906	3.4679	0.7777	-0.2859	1.9128	0.0405	-0.7794	0.5038	-0.418	-0.1273	0.1094	0.3312	-0.3822	0.0868	0.2679	0.0169	-0.1897	0.4973	-0.2465	0.9599	-5.753	-15.988	983.356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	400
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	400
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 317
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	400
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	400
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 317
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	400
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 317
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	400
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 317
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	400
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 317
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	400
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 317
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	400
21	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 317
22	X-RAY DIFFRACTION	11	K	400
23	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 317
24	X-RAY DIFFRACTION	12	L	400
25	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 317
26	X-RAY DIFFRACTION	13	M	400
27	X-RAY DIFFRACTION	14	N	2 - 317
28	X-RAY DIFFRACTION	14	N	400
29	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 317
30	X-RAY DIFFRACTION	15	O	400
31	X-RAY DIFFRACTION	16	P	2 - 317
32	X-RAY DIFFRACTION	16	P	400
33	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	2 - 317
34	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	400
35	X-RAY DIFFRACTION	18	R	2 - 317
36	X-RAY DIFFRACTION	18	R	400