PDB-6dzd: Crystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dzd

タイトル

Crystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH

要素

hypothetical protein YfiH

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Putative protein / Bacillus licheniformis

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-deoxyadenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / adenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Almeida, L.R. / Grejo, M.P. / Mulinari, E.J. / Santos, J.C. / Camargo, S. / Bernardes, A. / Muniz, J.R.C.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH
著者: Almeida, L.R. / Grejo, M.P. / Mulinari, E.J. / Santos, J.C. / Camargo, S. / Bernardes, A. / Muniz, J.R.C.

履歴

登録	2018年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dzd.cif.gz	264.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dzd.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t8hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sv6-4 2gg8-d 3hnq-6 3mat-d 1m9h-d 3ho6-2 1sv6-3 5ji0-2 2g18-2 5xnk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein YfiH

B: hypothetical protein YfiH

ヘテロ分子

62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein YfiH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein YfiH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.567, 69.464, 179.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...	A	A	4 - 20	4 - 20
1	2	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...	A	A	29 - 57	29 - 57
1	3	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...	A	A	60 - 276	60 - 276
2	4	TYR	TYR	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...	B	B	4 - 20	4 - 20
2	5	GLN	GLN	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...	B	B	29 - 57	29 - 57
2	6	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...	B	B	60 - 276	60 - 276

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	hypothetical protein YfiH 分子量: 31276.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5A677

-
非ポリマー , 5種, 178分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 200 mM calcium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.5 and 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→54.94 Å / Num. obs: 16046 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.76 Å² / CC_1/2: 0.951 / R_merge(I) obs: 0.247 / R_pim(I) all: 0.163 / R_rim(I) all: 0.297 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2073 / CC_1/2: 0.705 / R_pim(I) all: 0.441 / R_rim(I) all: 0.727 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
SAINT		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T8H

1t8h

解像度: 2.66→54.94 Å / SU ML: 0.3382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9589

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	778	4.86 %
R_work	0.2144	-	-
obs	0.2161	15993	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→54.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4173	0	5	173	4351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	4274
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0165	5797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527	641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.3041	3016

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.83	0.3262	138	0.2543	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.83-3.04	0.3014	119	0.2539	2500	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.35	0.2823	114	0.2418	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.84	0.2453	122	0.1949	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.83	0.1879	140	0.1633	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
4.83-54.95	0.2418	145	0.2312	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.17241472133	2.22249948656	1.43669262265	3.5017241102	-2.05015724948	6.63192609593	0.309167475765	-0.0249060770744	0.56320947287	0.67105212808	-0.422559876244	0.49950633319	-1.13415229406	-0.255946842947	0.432209486636	0.346277913993	0.106056200478	-0.06382405433	0.457946462354	-0.168527363029	0.448751514839	10.9162857864	21.1555587729	37.8699232621
2	1.28787486573	-0.230360087777	1.23687471446	1.89763472041	1.01168557322	3.14058756361	0.0465862605701	-0.168788085243	-0.14180144811	0.185097693369	-0.118811157725	0.135204158591	0.330116791492	-0.29979245514	0.0454631861343	0.107252130247	-0.0665382458773	0.0418071560076	0.190078083634	-0.00113522517788	0.161928783636	17.7018665663	5.95701739941	37.0277965253
3	4.23440731238	-1.13930959181	-0.593751632699	3.06842331937	-0.627275683456	1.39592817325	0.185475399061	1.00923123129	0.0765931219575	-0.734144283386	0.00160920838799	-0.0128248579864	0.223064861202	-0.318087605861	-0.189451733098	0.265885822932	-0.0551449740796	-0.0434233161316	0.302716512334	0.00155714351342	0.178279398673	31.9626172402	17.5520012878	19.1360089939
4	2.17133436063	0.593572501835	0.0110649365177	2.32516450308	0.779314094129	3.60341551777	-0.178620878634	0.0609728147453	0.420125130033	-0.207311234106	-0.0340838442739	-0.0936473750803	-0.309718094157	0.0253092979362	0.191165041083	0.166456356987	0.046991178087	-0.0264853057025	0.161842529238	0.0133320271288	0.180330257433	20.8869759793	16.9498545288	31.1177326556
5	4.52676315953	0.890560805423	0.254828177281	6.3896443944	1.49050836316	6.10900878367	-0.116739989555	0.17429245586	-0.467671183457	-0.101085129382	-0.174361652874	-1.61269786715	0.430524408467	1.00716033887	0.237369134681	0.322262470267	0.0627001160639	0.112894650651	0.432647421735	0.0600067070076	0.410022923276	53.0104089053	40.4703574675	22.9976290157
6	2.15398307534	0.111808978121	1.44945430844	2.43165936676	0.455919069105	2.95448016559	-0.0645221541089	-0.103666527506	0.250613637958	-0.057478993055	-0.00940435760412	0.0286148589604	-0.238319330818	0.171532668775	0.0729252200058	0.1148529465	-0.0141773352257	0.00480682970878	0.127396698845	-0.00745433069736	0.161340627795	43.2147996413	55.1031038325	18.233593614
7	1.58057442232	0.326586441582	-0.362497520767	0.91832686208	-0.621682054393	0.467668184643	0.0169349974125	0.290146151435	-0.025349872227	-0.206288107947	0.0426733166577	0.0877992570575	0.177988845385	-0.0821661757068	-0.0660394010416	0.220186031145	-0.060139424824	-0.0534265773674	0.228446323053	-0.0141438702025	0.203999303705	43.734111577	41.0881931283	7.54502139295
8	2.73636369393	1.34399484778	-0.331581848303	2.24485638121	-1.57875083406	1.68726120959	-0.0765027832203	0.652661299621	0.0971058164651	-0.45282872829	0.100772842206	0.383538827918	0.770525728839	-0.229245426658	-0.136687984805	0.406325530182	-0.127575131338	-0.122893103452	0.433666802528	0.11406792412	0.368028916291	26.4554884661	29.9643043318	10.8844362498
9	1.34305210324	-0.0965959321175	-0.183781027006	1.62210581763	-0.718164942075	2.74963360778	-0.0197550074091	-0.185824344103	-0.154540671028	-0.176901396862	0.0284192851292	0.0833403647688	0.121690516979	-0.14309958237	-0.0519589398395	0.169921030771	-0.00931644108737	-0.063303657933	0.119458689083	0.00396015601724	0.181031055643	38.7784761938	37.8884669388	18.5355393703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 2:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 29:183)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 184:225)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resseq 226:277)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resseq 4:21)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resseq 29:130)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resseq 131:190)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resseq 191:218)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resseq 219:277)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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