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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b9u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis complexed with NADH | ||||||
要素 | DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Brucella melitensis / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Brucella abortus (ウシ流産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis complexed with NADH 著者: Pierce, P.G. / Phan, J.N. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b9u.cif.gz | 197 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b9u.ent.gz | 154.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b9u_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b9u_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6b9u_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b9u_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3n74S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26821.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0975 / プラスミド: BrabA.00010.g.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YJS1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: BrabA.00010.g.A1.PS00350 at 20.22 mg/mL with 4 mM NAD was mixed 1:1 with Morpheus (b8): 12.5% (w/v) PEG1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03 M NaF, 0.03 ...詳細: BrabA.00010.g.A1.PS00350 at 20.22 mg/mL with 4 mM NAD was mixed 1:1 with Morpheus (b8): 12.5% (w/v) PEG1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03 M NaF, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI. Crystal was harvested direct from tray 271654b8 into puck mkn8-10. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→41.643 Å / Num. obs: 40952 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.45 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 26.72 / Num. measured all: 305083 / Scaling rejects: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3N74 解像度: 1.8→41.643 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.45 Å2 / Biso mean: 30.0632 Å2 / Biso min: 12.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→41.643 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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