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万見
- PDB-6b9u: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b9u
タイトルCrystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis complexed with NADH
要素DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / Brucella melitensis / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Structural Genomics
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase from Brucella melitensis complexed with NADH
著者: Pierce, P.G. / Phan, J.N. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
B: DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9754
ポリマ－53,6442
非ポリマー1,3312
水6,017334
1
A: DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4872
ポリマ－26,8221
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4872
ポリマ－26,8221
非ポリマー6651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.130, 88.130, 111.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 DNA gyrase, subunit B:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase


分子量: 26821.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0975 / プラスミド: BrabA.00010.g.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YJS1
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BrabA.00010.g.A1.PS00350 at 20.22 mg/mL with 4 mM NAD was mixed 1:1 with Morpheus (b8): 12.5% (w/v) PEG1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03 M NaF, 0.03 ...詳細: BrabA.00010.g.A1.PS00350 at 20.22 mg/mL with 4 mM NAD was mixed 1:1 with Morpheus (b8): 12.5% (w/v) PEG1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03 M NaF, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI. Crystal was harvested direct from tray 271654b8 into puck mkn8-10.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.643 Å / Num. obs: 40952 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.45 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 26.72 / Num. measured all: 305083 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.857.6150.513.5929240.9150.54797.6
1.85-1.97.590.3824.8228860.950.4197.8
1.9-1.957.5920.2796.6628220.9730.29998
1.95-2.017.5630.2278.2327210.9810.24498.2
2.01-2.087.5710.17610.6126540.9890.18998.2
2.08-2.157.5510.14313.2325810.9920.15398.4
2.15-2.237.5440.10617.5524780.9960.11398.5
2.23-2.327.4980.08820.9224200.9970.09598.8
2.32-2.437.50.07524.0823120.9980.08198.8
2.43-2.557.4980.06528.0922250.9980.0798.8
2.55-2.687.4590.05532.0221200.9990.05999.3
2.68-2.857.4420.04737.6320250.9990.0599.2
2.85-3.047.3920.0443.2919010.9990.04399.2
3.04-3.297.3640.03349.5817810.9990.03699.4
3.29-3.67.3240.02857.3516420.9990.0399.6
3.6-4.037.2690.02561.3815160.9990.02799.5
4.03-4.657.2110.02364.9713440.9990.02599.8
4.65-5.697.0790.0246511480.9990.02599.7
5.69-8.056.8760.0236291710.02599.3
8.05-41.6436.0540.02362.185350.9990.02596.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2499精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MoRDa位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N74

3n74


解像度: 1.8→41.643 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 2076 5.07 %
Rwork0.1596 --
obs0.1616 40945 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.45 Å2 / Biso mean: 30.0632 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3441 0 88 334 3863
Biso mean--33.47 37.36 -
残基数----486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8384933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2442144
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84190.32311420.23132501264398
1.8419-1.88790.24841330.19852522265598
1.8879-1.9390.25441360.17692517265398
1.939-1.9960.19371410.16792527266898
1.996-2.06040.21871370.16552553269098
2.0604-2.13410.23641220.16652562268499
2.1341-2.21950.21371340.15932563269799
2.2195-2.32050.20611360.15692583271999
2.3205-2.44290.19011120.1652597270999
2.4429-2.59590.23721200.16592617273799
2.5959-2.79630.21911470.17212590273799
2.7963-3.07760.2051570.16992592274999
3.0776-3.52270.20111520.15222641279399
3.5227-4.43750.14211490.135226932842100
4.4375-41.65370.19511580.15632811296999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21220.465-0.28340.8041-0.04510.6430.06650.14650.28390.05140.10620.4394-0.0234-0.238-0.17710.18060.02530.03420.25840.11690.4085-27.64452.6135-27.1616
21.89560.8006-1.8412.7255-3.12589.1321-0.01140.0520.15520.04990.13660.30220.0706-0.0588-0.0990.10920.02770.03150.11040.02780.2478-12.99823.1788-26.8227
32.4234-0.13060.04823.03951.2181.88170.09570.52720.1957-0.44780.05650.3386-0.1705-0.2407-0.13650.20050.0166-0.04060.26380.07810.238-14.7844-6.6725-34.304
41.3350.5181-0.10711.486-0.08160.94840.00140.011-0.1915-0.02510.0290.0050.1377-0.0362-0.03330.18650.0199-0.01270.15440.01070.14783.2773-24.379-26.7854
52.4009-0.2755-1.32883.303-0.26720.864-0.0442-0.4036-0.04870.54640.1107-0.04790.16910.1563-0.08580.21720.0287-0.00020.20810.03530.1739-5.2891-14.3336-20.0002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 133 )A3 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 178 )A134 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 179 through 253 )A179 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 178 )B3 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 179 through 253 )B179 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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