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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b8x | ||||||
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タイトル | Multiconformer model of apo WT PTP1B with glycerol at 278 K | ||||||
![]() | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / protein tyrosine phosphatase / PTP / protein tyrosine phosphatase 1B / PTP1B / enzyme / allostery / multitemperature / multiconformer | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Keedy, D.A. / Hill, Z.B. / Biel, J.T. / Kang, E. / Rettenmaier, T.J. / Brandao-Neto, J. / von Delft, F. / Wells, J.A. / Fraser, J.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An expanded allosteric network in PTP1B by multitemperature crystallography, fragment screening, and covalent tethering. 著者: Keedy, D.A. / Hill, Z.B. / Biel, J.T. / Kang, E. / Rettenmaier, T.J. / Brandao-Neto, J. / Pearce, N.M. / von Delft, F. / Wells, J.A. / Fraser, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5qdeC ![]() 5qdfC ![]() 5qdgC ![]() 5qdhC ![]() 5qdiC ![]() 5qdjC ![]() 5qdkC ![]() 5qdlC ![]() 5qdmC ![]() 5qdnC ![]() 5qdoC ![]() 5qdpC ![]() 5qdqC ![]() 5qdrC ![]() 5qdsC ![]() 5qdtC ![]() 5qduC ![]() 5qdvC ![]() 5qdwC ![]() 5qdxC ![]() 5qdyC ![]() 5qdzC ![]() 5qe0C ![]() 5qe1C ![]() 5qe2C ![]() 5qe3C ![]() 5qe4C ![]() 5qe5C ![]() 5qe6C ![]() 5qe7C ![]() 5qe8C ![]() 5qe9C ![]() 5qeaC ![]() 5qebC ![]() 5qecC ![]() 5qedC ![]() 5qeeC ![]() 5qefC ![]() 5qegC ![]() 5qehC ![]() 5qeiC ![]() 5qejC ![]() 5qekC ![]() 5qelC ![]() 5qemC ![]() 5qenC ![]() 5qeoC ![]() 5qepC ![]() 5qeqC ![]() 5qerC ![]() 5qesC ![]() 5qetC ![]() 5qeuC ![]() 5qevC ![]() 5qewC ![]() 5qexC ![]() 5qeyC ![]() 5qezC ![]() 5qf0C ![]() 5qf1C ![]() 5qf2C ![]() 5qf3C ![]() 5qf4C ![]() 5qf5C ![]() 5qf6C ![]() 5qf7C ![]() 5qf8C ![]() 5qf9C ![]() 5qfaC ![]() 5qfbC ![]() 5qfcC ![]() 5qfdC ![]() 5qfeC ![]() 5qffC ![]() 5qfgC ![]() 5qfhC ![]() 5qfiC ![]() 5qfjC ![]() 5qfkC ![]() 5qflC ![]() 5qfmC ![]() 5qfnC ![]() 5qfoC ![]() 5qfpC ![]() 5qfqC ![]() 5qfrC ![]() 5qfsC ![]() 5qftC ![]() 5qfuC ![]() 5qfvC ![]() 5qfwC ![]() 5qfxC ![]() 5qfyC ![]() 5qfzC ![]() 5qg0C ![]() 5qg1C ![]() 5qg2C ![]() 5qg3C ![]() 5qg4C ![]() 5qg5C ![]() 5qg6C ![]() 5qg7C ![]() 5qg8C ![]() 5qg9C ![]() 5qgaC ![]() 5qgbC ![]() 5qgcC ![]() 5qgdC ![]() 5qgeC ![]() 5qgfC ![]() 6b8eC ![]() 6b8tC ![]() 6b8zC ![]() 6b90C ![]() 6b95C ![]() 6baiC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37345.562 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 変異: C32S, C92V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: well solution: 0.3 M magnesium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1% beta-mercaptoethanol, 16% PEG 8000, 2% ethanol, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.74→34.23 Å / Num. obs: 50498 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.923 % / Biso Wilson estimate: 19.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 17.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.47 Å2 / Biso mean: 31.4347 Å2 / Biso min: 5.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.74→34.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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